Аминокислоты всаа как принимать: Что Такое BCAA и как его Принимать

Содержание

Как правильно принимать BCAA аминокислоты

Каждый спортсмен тренируется , чтобы стать больше, быстрее и сильнее. В помощь спортсменам создано большое количество добавок, которые помогают нам достичь поставленных целей. Среди этих добавок одна из важнейших ролей отводится BCAA аминокислотам. ВСАА или branch chained amino acids — это аминокислоты с разветвленной боковой цепочкой. Их существует всего три: это лейцин, валин, и изолейцин. Одна из главных ролей в этой тройке принадлежит лейцину – именно он обеспечивает подавляющую часть тех преимуществ, которые сулит нам прием ВСАА. Почему же не принимать лейцин отдельно? Как оказалось, сам по себе, без «поддержки» валина и изолейцина лейцин работает гораздо слабее. Так что нам необходимы все три аминокислоты с разветвленной боковой цепочкой.

Основные свойства BCAA аминокислот

снижают выработку сератонина, тем самым снижая умственную усталость и утомленность после тренировки. Именно сератонин влияет на ощущение усталости.
составляют 1/3 от всех аминокислот в скелетной мускулатуре
единственные аминокислоты, которые метаболизируются, прежде всего, в скелетных мышцах и в гораздо меньшей степени в печени.
уменьшают потери других аминокислот из мышц во время физических упражнений и помогают организму усваивать белок
стимулируют выработку инсулина, который регулирует уровень сахара в крови
отличный антикатаболик, помогают предотвратить распад мышечной ткани, что важно для людей на строгой диете
являются стимуляторами синтеза лептина. Лептин – весьма интересный гормон, он регулирует метаболизм, вес тела и аппетит. Секреция лептина зависит от количества жира в организме – чем оно выше, тем больше лептина вырабатывает организм и наоборот. Когда вы сидите на диете и теряете жир, секреция лептина сокращается, что вызывает чувство голода. Лейцин повышает секрецию лептина, то есть, в условиях диеты с его помощью чувство голода притупляется.

Лейцин

Лейцин — одна из трёх аминокислот с разветвлёнными боковыми цепочками. Эта аминокислота наиболее важная и часто встречающаяся в комплексах аминокислот ВСАА. В меньшем количестве она содержится в концентратах сывороточного протеина. С тех пор, как стало известно, что лейцин повышает анаболическую реакцию мышечных клеток на аминокислоты, атлеты стали экспериментировать с приёмом лейциновых добавок.

Лейциновые добавки помогают предотвратить массированное разрушение мышц во время определённого периода бездействия. Оптимальная доза лейцина вызывает споры, но она вполне может быть высокой. Испытания на животных показали, что добавки с лейцином не только стимулируют рост мышечной ткани, но и усиливают синтез коллагена. Лейцин также может способствовать укреплению суставов. Эпидемиологические исследования показывают, что высокий уровень.

Валин

Валин – алифатическая аминокислота, обладающая неполярным характером. Тесно связана с лейцином и изолейцином, с которыми имеет ряд общих свойств. Эти гидрофобные вещества редко принимают участие в биохимических реакциях, но играют важнейшую роль в определении трехмерной структуры белков. Кроме того, валин способствует поглощению других аминокислот. Предотвращает повреждение мускул и снабжает ткани дополнительной глюкозой, необходимой для выработки энергии во время физической активности. В сочетании с изолейцином и лейцином, способствует нормальному росту, восстановлению тканей, регулирует уровень сахара в крови, а также обеспечивает организм энергией.

Эта незаменимая аминокислота значима для центральной и вегетативной нервной системы, важна для адекватного протекания когнитивных функций, необходима для правильной работы психики. Помимо этого, является веществом, ингибирующим транспортировку триптофана.

Изолейцин

Одна из основных функций изолейцина – производство протеинов. Это значит, что аминокислота является материалом-основой для белков. О значительности этой аминокислоты говорит уже то, что на пару с лейцином и валином, изолейцин составляет около 35 % всего мышечного волокна в организме. Эта аминокислота – неизменный участник процесса энергообмена, в том числе и на уровне клеток. Помимо этого, изолейцин защищает организм от чрезмерной выработки серотонина, путем ограничения триптофану доступа к клеткам мозга.

Как и когда принимать BCAA аминокислоты

Обычно принимают 5-10 г до и столько же после тренировки. Если есть желание, можете разделить эти 10-20 грамм на три равные части и принимать добавку не только до и после, но и во время тренировки. Но это совсем не обязательно. В дни отдыха можно принимать добавку утром до или во время завтрака, а также перед сном. Количество – все те же порции по 5-10 грамм. В период предсоревновательной подготовки, в условиях жесткой диеты прием ВСАА становится просто неизбежным. Причем, количество их в этот период времени может быть повышено до 30г в сутки.

Есть ли побочные эффекты?

Они полностью безопасны. При применении в рекомендуемых дозировках нет никаких побочных эффектов

Аминокислоты SiS BCAA Perform Powder 250 г

SiS BCAA Perform Powder — аминокислоты для спортсменов, желающих нарастить и поддерживать мышечную массу, улучшить рельеф и качественно восстанавливаться после тяжелых физических нагрузок. Также BCAA SiS используется мышцами, как источник энергии во время длительных тренировок на выносливость. В нём содержится множество полезных компонентов (аргинин, лейцин, глютамин, валин, витамины группы В и тд.), для улучшения мышечной работы на интенсивных тренировках. Аминокислоты BCAA перед тренировкой, во время и после — это лучшее спортивное питание для любого вида спорта.

Как принимать BCAA в порошке

BCAA Science in Sport требует регулярного приема, чтобы почувствовать эффект от его компонентов. Если вы ежедневно тренируетесь, то помимо продуктов богатых на белок, стоит употреблять и жидкие аминокислоты до, во время или после занятий спортом. А если вы хотите нарастить мышцы или сделать тело более рельефным, также добавьте BCAA в свою спортивную диету. Незаменимые аминокислоты надо употреблять правильно:

3 мерные ложки порошка (они идут в комплекте) разбавьте с 500 мл воды;
тщательно встряхните и смешайте;
пейте и получайте удовольствие от вкусного восстановления.

Формула аминокислот SiS BCAA Perform Powder 255

Аминокислота — это конечный продукт распавшегося белка. Именно она восстанавливает поврежденные мышечные волокна после интенсивных нагрузок. BCAA — крутое восстановительное средство с полезными для спортсмена компонентами.

L-глютамин (5 г) улучшает работу мышц, иммунной системы и ЖКТ за счет глютамина, он необходим при высокоинтенсивных тренировках.

L-аргинин (1,5 г) повышает кровоток в мышцах и обеспечивает их питательными веществами для продуктивной работы при нагрузке.
Валин (1,5 г) является источником энергии для мышечной системы и восстанавливает поврежденные волокна.
Изолейцин (1,5 г) способствует синтезу гемоглобина, регулирует уровень сахара в крови и процессы энергосбережения.
Лейцин (3 г) при занятиях спортом активирует процесс синтеза мышечного белка, прибавляет энергии и способствует росту мускулатуры.
Витамины группы B6, B9, B12 снижают усталость и утомляемость, что делает этот продукт идеальным напитком до, во время или после тренировки.

Аминокислоты с разветвленной цепью в порошке BCAA от SiS составляют 6 г на порцию в соотношении лейцина, изолейцина и валина 2: 1: 1, а также здесь присутствуют:

жиры: 0,8 г;
углеводы: 1,0 г;
протеины: 12 г.

Ассортимент вкусов

У нас банку SiS BCAA на 17 порций купить можно в 2 разных вкусах.

Ананас (pineapple) — легкая кислинка и освежающий вкусовой оттенок отлично сочетается с холодной водой и круто заходит в жаркие дни.
Летние фрукты (summer fruits) — сладкий, но не приторный напиток придаст энергии и новой порции бодрости.

У нас на сайте вы сможете приобрести SiS REGO Plus, где одновременно присутствует белок и аминокислоты, и который способствует восстановлению после продолжительных нагрузок.

Для чего нужны BCAA и как их принимать, польза и вред, отзывы

Для гармоничного развития тела, хороших результатов и устойчивого прогресса спортсмену необходимо не только крайне внимательно относиться к своему рациону, но и не пренебрегать специальными спортивными добавками. Рекордную популярность среди атлетов приобрели так называемые незаменимые аминокислоты ВСАА.

Все незаменимые аминокислоты чрезвычайно важны для человека, однако именно комплекс БЦАА имеет огромное значение для спортсменов. Главное — знать, как правильно принимать BCAA, чтобы сделать тренировки более эффективными, а результаты более наглядными.

Особенности незаменимых аминокислот

В организме человека насчитывается более двух десятков аминокислот, каждая из которых выполняет определенную функцию. Все их можно разделить на две группы: заменимые и незаменимые аминокислоты. Первые синтезируются организмом, а вторые могут поступать только с продуктами питания и специальными пищевыми добавками.

Именно во второй группе выделяется 3 аминокислоты, которые отличаются от других разветвленной молекулярной структурой – валин, лейцин и изолейцин, объединенные термином BCAA (от англ. Branched-Chain Amino Acids). По-русски произносится «БЦАА» или просто «БЦА».

Для чего нужны BCAA

Их действие весьма многогранно, поэтому они с успехом применяются спортсменами в разных целях.

Для роста мышц

Аминокислоты BCAA являются основным материалом для построения новой мышечной ткани. Они составляют более чем треть всех аминокислот в мышцах. У людей, не занимающихся спортом и не преследующих цель наращивания мышечной массы, потребность в этих аминокислотах покрывается за счет поступления из белка, входящего в ежедневный рацион.

При условии регулярных силовых тренировок запасы аминокислот быстро истощаются и, чтобы создать условия для эффективного восстановления и роста мышечных волокон, необходимы дополнительные источники их поступления. Таким образом, прием БЦА для набора мышечной массы приближает спортсмена к желаемой цели.

В качестве источника энергии

При силовых нагрузках в организме запускаются процессы окисления, высвобождающие глюкозу – источник энергии, необходимой для качественной тренировки. Плохо, что для этого организму приходится разрушать собственные мышцы, запуская катаболический процесс. Дополнительный прием BCAA тормозит катаболизм и поставляет лейцин, еще один мощный энергетик. А поскольку он работает по пути, отличному от глюкозы, у организма появляется целых два источника энергии при минимальном уровне катаболизма.

Для синтеза глютамина

BCAA — это ресурс для синтеза глютамина, еще одной аминокислоты, без которой невозможен качественный тренинг и восстановление. Вот к чему приводит дефицит глютамина:

Перетренированность;
Снижение иммунных функций;
Снижение выработки гормона роста;
Активизация катаболических процессов.

Достаточное количество валина, лейцина и изолейцина помогают синтезировать необходимый спортсмену глютамин прямо в мышцах.

Для жиросжигания

Аминокислоты BCAA стимулируют выработку таких гормонов как инсулин и лептин. С инсулином все более-менее понятно — он регулирует уровень глюкозы, контролирует аппетит и участвует в обменных процессах. Лептин — еще более сложный гормон, невероятно важный для человека, стремящегося к похудению.

Чем больше в организме жировых клеток, адипоцитов, тем выше уровень лептина. Как только человек меняет свой привычный рацион, снижает потребление углеводов, уменьшает суточную калорийность и подключает физические нагрузки, уровень лептина резко тает, что приводит к повышению аппетита и замедлению обмена веществ. То есть без этого гормона организм делает все, чтобы сохранить и приумножить свои жировые запасы. Лейцин восстанавливает уровень лептина в организме, что делает прием BCAA для похудения крайне важным.

Действенность этих незаменимых аминокислот подтверждена многочисленными исследованиями и научными работами. Производители спортивного питания часто предлагают продукцию, необходимость применения которой достаточно сомнительна, но комплекс из лейцина, изолейцина и валина действительно помогает значительно улучшить свои показатели. Источник энергии и силы, быстрое восстановление, наращивание сухой мышечной массы и помощь в жиросжигании – вот что такое BCAA.

Формы выпуска

При выборе добавок обращать внимание нужно, прежде всего, на надежность бренда и дозировку. Не стоит обманываться, что, взяв дешевый продукт с более низким содержанием действующего вещества, удастся сэкономить. Хорошо, если дозировка начинается с 5 граммов BCAA в порции.

Капсулы. Удобная форма и нейтральный вкус, достаточно быстрое растворение.
Таблетки. Имеют слегка горьковатый привкус, требуется некоторое время на растворение и всасывание. Ещё выпускаются жевательные таблетки с разными вкусовыми добавками.
Порошок. Может быть чистым или с фруктовым вкусом, очень быстро усваивается.
Жидкость. Выпускаются в порционных флаконах или в виде концентрата, растворяемого в воде. Имеют высокую скорость всасывания, но наименее выгодны из всех форм выпуска.

Особенности приема BCAA

Интенсивный тренинг истощает запасы незаменимых аминокислот в организме, что приводит к разрушению мышечных волокон, снижению силовых показателей и даже упадку сил. Эти процессы подсказывают, когда принимать BCAA будет наиболее правильным.

Время и частота приема в дни тренировок

Итак, вне зависимости от того, направлена ли тренировка на жиросжигание или на рост мышечной ткани, комплекс BCAA стоит принять в самом ее начале. Это обеспечит спортсмену качественный тренинг, а мышцам – необходимую поддержку и питание. Для того чтобы не тормозить процесс восстановления и роста мышечных волокон, следующую порцию следует принять сразу по окончании тренировки.

Важно: если спортсмен выбирает растворимые, а не таблетированные BCAA, их следует принимать также во время тренировки. Такой подход обеспечит мышцам постоянное и более равномерное поступление аминокислот и жидкости.

Поскольку активнее всего процессы регенерации происходят во время сна, целесообразно употребить порцию аминокислот на ночь. Кстати, после высокоинтенсивных силовых тренировок это поможет минимизировать болевые ощущения в мышцах.

При наборе мышечной массы можно комбинировать БЦАА с другими видами спортивного питания: протеином, гейнером или креатином.

Польза BCAA будет заметна тем, кто стремится похудеть. Добавка способствует подавлению аппетита и активизации процесса жиросжигания за счет выработки лептина. С этой целью можно устроить дополнительные приемы аминокислот в течение дня. Однако если стоит вопрос экономии, их можно заменить протеиновым коктейлем.

Время и частота приема в дни отдыха

Чтобы избежать такого явления как утренний катаболизм и зарядить мышцы энергией, в день отдыха рекомендуется принять порцию аминокислот сразу после пробуждения. Еще один прием не помешает перед сном, в особенности, если на следующий день спортсмена ждет утренняя тренировка.

Дозировка

Средняя порция приема БЦА колеблется от 5 до 10 граммов. Частота приема – до 3-4 раз в сутки в дни тренировок и 1-2 раза в дни отдыха. Такая дозировка покрывает потребности спортсмена в BCAA при условии достаточного содержания незаменимых аминокислот в продуктах его рациона.

Возможные противопоказания

Как не может навредить организму мясо или творог, так же не сделает этого и дополнительный прием БЦА. Эти вещества совершенно безопасны, могут приниматься вне зависимости от возраста и уровня подготовки спортсмена, а также не требуют перерывов в приеме.

Аминокислоты совместимы с другими видами спортивного питания и даже способны увеличивать его эффективность. Единственное, чего не стоит делать – совмещать BCAA и алкоголь. Употребление напитков даже с низким содержанием алкоголя пагубно влияет на анаболизм, способствует наращиванию жировой массы и замедляет обменные процессы, что сводит к нулю все старания и делает прием аминокислот бессмысленным.

Содержание BCAA в продуктах питания

Рекордсменами по количеству БЦА являются куриная грудка, яйца, говядина, тунец, лосось, индейка – наиболее популярные продукты в рационе спортсменов. Так, например, порция куриной грудки весом 150 граммов содержит порядка 6 граммов BCAA.

Кроме того, можно найти незаменимые аминокислоты в растительной пище. Наиболее богаты ими бобовые (фасоль, нут, чечевица, горох), орехи (кешью, арахис) и многие семена (тыквы, льна, подсолнуха).

Отзывы о ВСАА

Любой спортпит нужно использовать правильно, в правильных дозах, в правильное время, в правильном режиме, для соответствующих целей — тогда все работает. Цель аминок — пресечь катаболизм в процессе и сразу после трени, и с утра, например, главную ценность bcaa имеют на сушке. Аминки не протеин — цели разные у продуктов. Во время трени прот пить не будешь, а аминки пожлуйста — все всосется и жкт практически не работает, ничего не мешает. Всему своя цель и правила; не используешь для целей, для которых преднозначено и нарушаешь правила — результата ноль.
QR-Rorschach, https://www.drive2.ru/communities/4062246863888189395/forum/288230376153517986

Вывод 1: на собственном опыте могу сказать, что BCAA принимать лучше именно перед нормальной тренировкой в зале или на свежем воздухе, чтобы увеличить количество подходов и время самой нагрузки. Бытовая активность лишь только создаст иллюзию.
Вывод 2: беспроигрышным вариантом будет прием комплекса после низкой (либо интенсивной, но тогда нужно и до, и после принимать аминокислоты) нагрузки. Атлетический эффект достигается быстрее, белок усваивается лучше и самочувствие получше.
bluejeanswhiteshirt, https://irecommend.ru/content/khotite-zheleznyi-press-i-popu-v-forme-funduka-nu-kupite-poprobuite-i-uspokoites-otzyv-o-bca

Усваиваются аминокислоты Optimum Nutrition BCAA отлично и никаких побочных эффектов от данной добавки возникнуть не может. Что касательно эффективности, то Optimum Nutrition не нуждается в хвалебных отзывах. При регулярном потреблении чувствуется ускорение восстановления. Особенно работа BCAA чувствуется при похудении и сушке.
no debts, https://otzovik.com/review_8052291.html

Правила приема спортивного питания.

Продолжаем знакомить Вас с темой спортивного питания. В предыдущей статье «Что такое спортивное питание» мы говорили о необходимости и пользе спортивного питания, о противопоказаниях и общих функциях, разобрали основные классы препаратов. Сегодня мы подробно остановимся на каждой группе препаратов, обозначим, для чего нужна та или иная добавка, как правильно ее принимать в течение суток, до или после тренировки, и поможем рассчитать дозировку.

Нельзя просто купить банку, произвольно или приблизительно установить график приема и ждать чудодейственных результатов, а не получив их, разочароваться в спортивном питании, а заодно и разочаровать десяток друзей и знакомых, мол «не помогает».
Если грамотно и ответственно подходить к этому вопросу, то прежде чем начать принимать спортивное питание необходимо запастись основными знаниями в этом вопросе, и тогда Вы без труда подберете действительно нужные Вам препараты и установите индивидуальную дозировку. К тому же, Вы не потратите зря свои деньги и время.

Итак, разберемся.
ПРОТЕИН. Высокобелковые коктейли. Зачем и когда их употреблять спортсмену? Есть «медленные» белки и «быстрые». Одна из наиболее ценных белковых добавок – это сывороточный протеин. Он обладает высшей скоростью расщепления и максимально быстро снабдит мышцы аминокислотами. Наивысшей степенью усвояемости обладает яичный протеин, фаворит среди протеинов.

Белки медленного усвоения применяются как вспомогательные добавки. Усваиваются они в течении 6-8 часов. Их целесообразно принимать перед сном и в течении всей ночи организм будет принимать постоянный поток аминокислот, что предотвратит распад мышц во время сна. Казеин и соевый протеин являются «медленными» белками.

ПРОТЕИН когда?
Белки, которые усваиваются быстро, употребляют сразу после сна и в течение 30 минут после нагрузок. Когда мы просыпаемся, наш организм испытывает белковый голод, и чтоб восполнить этот баланс белок необходимо где-то взять, и если Вы не скормите белковый коктейль своему организму вовремя, то он заберет белок у мышц. Именно для того, чтоб организм не использовал собственный белок во время тренировок, за 30 минут до начала также употребляют «быстрый» протеин.
ПРОТЕИН сколько?
На один кг собственного веса суточная доза для спортсмена не менее 1,5 грамм.

А лучше 2,5 и до 5 грамм. Вы можете употреблять протеин не только после сна и после нагрузок, но и в течение всего дня в перерывах между приемом пищи. Рассчитайте, чтоб разовая доза была примерно 30-60 грамм на стакан молока/воды/сока. Не смешивайте с горячей жидкостью!

ГЕЙНЕР. Белково-углеводный микс. Покупая гейнер, смотрите на процентное соотношение белка и углеводов. Если есть склонность к полноте, то белки в гейнере должны преобладать, если с обменом веществ все хорошо, то выбирайте углеводный гейнер. Так же углеводный подойдет худощавым людям, которым трудно набрать мышечную массу. Содержание сахара не должно быть высоким. Помните, гейнер это не только сахар, но и множество других компонентов. Смотрите внимательно состав.

ГЕЙНЕР когда?
Гейнер можно принимать один раз в день, после тренировки, т.к. во время спортивных нагрузок Вы исчерпаете все запасы сложного углевода гликогена, и пополнить их в течении 30-40 минут после интенсивных занятий будет идеальным шагом.

Если Вам удобнее принимать меньшими дозами, то разбейте на два приема: первый – между завтраком и обедом, второй – после тренировки.
ГЕЙНЕР сколько?
На один кг собственного веса суточная доза спортсмена от 2 до 5 грамм. Все зависит от задачи: если «сушите» тело или худеете, тогда не более 2 грамм, для набора массы потребляйте 4-5 грамм на кг веса.
АМИНОКИСЛОТЫ. Защищают мышцы от разрушения, увеличивают «сухую» мышечную массу и силовые показатели мышц. Самые популярные, они же незаменимые аминокислоты BCAA: лейцин, изолейцин и валин. ВСАА способны преобразовываться в глютамин прямо в мышцах, а глютамин, в свою очередь увеличивает объем мышечных клеток и рост мышц. Так же роль аминокислот синтезировать белок и другие аминокислоты, продуцировать энергию, подавлять разрушение мышечной ткани и сжигать жировую массу. Это важнейший препарат для здоровья и результативности спортсмена.

АМИНОКИСЛОТЫ когда?
Организм особенно нуждается в аминокислотах во время и после тренировки. Принимать за 30-40 минут до тренировки и сразу после. Во время тренировки принимают аминокислоты в виде порошка, для быстрого усвоения. При похудении принимают ВСАА между приемами пищи и утром натощак, а так же до, во время и после тренинга. Скажем так, если Вы худеете, то промежутки времени между приемами аминокислот нужно сократить. При наборе мышечной массы аминокислоты лучше комбинировать с протеином.

АМИНОКИСЛОТЫ сколько?
Покупая ВСАА, смотрите на соотношение трех аминокислот. Обычно это стандартные показатели: 2:1:1. В таком случае на каждый килограмм собственного веса спортсмен должен получать около 33 мг(не путайте с граммами) лейцина за тренировку. Т.е если Ваш вес около 75-80 кг, то принять нужно 2475 мг лейцина, это около 5 грамм ВСАА. Если вес около 90 кг – до 6 грамм ВСАА.
ЖИРОСЖИГАТЕЛИ. Первое о чем следует предупредить – жиросжигатели не работают без интенсивных тренировок. Употребляйте жиросжигатели только в том случае, если проблема лишнего веса действительно существует! В остальных случаях с лишними отложениями прекрасно справятся аминокислоты.

Существует группы препаратов жиросжигателей: термогеники, блокаторы, липотропики, диуретики и аноректики. Термогеники повышают температуру тела, и организм расходует больше калорий. Блокаторы «захватывают» молекулы углеводов и белков и делают их неперевариваемыми, после чего вместе с углеводами выводятся из организма. Липотропики блокируют синтез жира в печени и расщепляют жировые ткани до кислот. Диуретики выводят лишнюю жидкость из организма, аноректики снижают аппетит.

ЖИРОСЖИГАТЕЛИ когда и сколько?

Жиросжигатели принимайте по инструкции, и помните, что на сон грядущий эти препараты не пьют, иначе сна не дождетесь.
Так же нельзя принимать их более 3 месяцев без перерыва, так как нарушится природный обмен веществ и тогда организм не сможет уже самостоятельно расщеплять жиры и углеводы. Чтоб не возникло привыкания, принимайте препарат 2-3 недели и сделайте перерыв на одну неделю. Продолжайте в таком режиме не более 3 месяцев, как и было уже сказано. Жиросжигатели рекомендуют принимать комплексно с витаминами.
Приведем правильные комбинации препаратов спортивного питания относительно нагрузок.
До тренировки: сывороточный протеин, аминокислоты креатин и глютамин, ВСАА.
После тренировки: гейнер, сывороточный протеин, аминокислоты лейцин и креатин, ВСАА
Это основные комбинации, которые Вы можете дополнять в зависимости от направления тренировок: силовые нагрузки, работа на рельеф, работа на массу, похудение. Дополнительно разобраться в назначении каждого отдельного препарата помогут характеристики к каждому из них на нашем сайте.

Если у Вас еще остались вопросы, Вы можете обратиться к консультантам интернет магазина Гранд Туризм по номерам телефонов (093) 771-65-23, (099) 093-99-01, (097) 356-59-33.

BCAA 2:1:1

ВСАА входит в тройку самых популярных продуктов спортивного питания. Представляет собой комплекс из трех незаменимых аминокислот в свободной форме: Л-лейцина, Л-Валина и Л-Изолейцина. Популярность продукта обусловлена его доказанными свойствами снижать темпы распада мышечного протеина, неизбежно возникающего при длительных физических нагрузках, а также прямым образом стимулировать синтез белка в мышечной ткани посредством влияния на специальные сигнальные системы. В результате дополнительного приема аминокислот ВСАА, спортсмены отмечают сокращение времени восстановления между тренировками и более интенсивный рост мышечной массы. При этом они могут применяться как непосредственно до, во время и после тренировки, так и в любое другое время дня вместе с белковой пищей. Спортивные диетологи рекомендуют принимать аминокислоты ВСАА представителям силовых и циклических видов спорта, а в последнее время они вошли и в рацион «игровиков», в частности активно применяют ВСАА хоккеисты, футболисты и регбисты.

(Степень мышечных повреждений в результате тренировок и болевых ощущений меньше в результате приема ВСАА)

Другой областью применения ВСАА, которую нельзя не отметить, является обогащение вегетарианских либо любых других диет с ограниченным числом протеина животного происхождения, так как именно дефицит лейцина, валина и изолейцина присущ всем без исключения растительным белкам, что делает их менее полноценными. Соотношение аминокислот в продукте классическое 2:1:1 (L-Лейцин, L-Валин и L-Изолейцин).

Характеристики:

Объем	150 каплет
Вкус	Без вкуса
Аминокислоты	L-Лейцин, L-Валин, L-Изолейцин
Вес	250 г

В одной порции (3 каплеты) содержится:

Аминокислоты	3 г
Жиры	0,03 г
Углеводы	0,03 г
Энергетическая ценность	12 ккал / 50 кДж

Витамины

Аминокислотный профиль

L-Лейцин, L-Валин, L-Изолейцин

3 г

Состав

L-лейцин, L-изолейцин, L-валин, крахмал картофельный, стеарат магния – эмульгатор, пиридоксин гидрохлорид, диоксид титана — краситель, полиэтиленгликоль -глазирователь, тальк — антислеживающий агент, гидроксипропилметилцеллюлоза — стабилизатор.

Показания к применению

Взрослым принимать по 3-6 каплет (таблетки в форме капсулы, облегчающей глотание целиком) перед и сразу после тренировки.

Условия хранения

В сухом месте при температуре не выше +25°С.

Ограничение аминокислот серы индуцирует π-класс экспрессии глутатион-S-трансферазы в первичных гепатоцитах крыс | Журнал питания

РЕФЕРАТ

Регулирование генов аминокислотами привлекает все большее внимание. В настоящем исследовании мы исследовали ограничение экспрессии π-класса глутатион S -трансферазы (GST Yp) серными аминокислотами. Гепатоциты, выделенные от самцов крыс Sprague-Dawley, культивировали на среде на основе L-15 с низким содержанием (LSAA; 0.1 ммоль / л L-метионина и 0,1 ммоль / л L-цистеина) или высокое (HSAA; 0,5 ммоль / л L-метионина и 0,2 ммоль / л L-цистеин) количества серосодержащих аминокислот на срок до 6 дней. Содержание клеточного белка не отличалось между клетками, обработанными LSAA и HSAA, в течение всего периода. Напротив, концентрации глутатиона подавлялись средой LSAA и на 6 день составляли только 20% от концентраций клеток, обработанных HSAA ( P <0,05). Как показал анализ иммуноблоттинга, уровни белка GST Yp были выше в клетках, обработанных LSAA, чем в клетках, обработанных HSAA ( P <0.05). На индукцию GST Yp L-метионином и рестрикцию L-цистеина не влияли инсулин и дексаметазон, но последний подавлял экспрессию GST Yp ( P <0,05). LSAA увеличивал уровни мРНК GST Yp и активность GST в отношении этакриновой кислоты ( P <0,05). Индукция GST Yp происходила только в клетках с ограниченным поступлением L-метионина; ограничение L-изолейцина, L-лейцина, L-лизина и L-фенилаланина не имело значительного эффекта. В отличие от индукции GST Yp, экспрессия изоформ GST Ya и Yb не изменялась при рестрикции аминокислот.В заключение, экспрессия гена GST Yp в печени повышается за счет ограниченной доступности серосодержащих аминокислот.

Аминокислоты выполняют множество функций, то есть действуют как глюконеогенные субстраты, как регуляторы белкового обмена, как нейротрансмиттеры и как предшественники сигнальных преобразователей (1). Достаточное количество аминокислот требуется для нормального роста клеток и физиологических реакций. Когда поступление аминокислот ограничено, некоторые физиологические функции изменяются за счет регуляции экспрессии многочисленных генов; такие изменения помогают организму адаптироваться к ограничению аминокислот.Задержка роста является одним из физиологических изменений, которые происходят при ограничении пищевого белка (2), и отчасти может быть отнесено на счет сверхэкспрессии белка, связывающего инсулиноподобный фактор роста 1 (IGFBP-1), ³, что снижает доступную концентрацию инсулиноподобный фактор роста (3).

Транскрипция гена в ответ на аминокислотное голодание хорошо изучена у бактерий, таких как Escherichia coli , и у эукариотических дрожжей. Для дрожжей было показано 2 процесса контроля, т.е.е., особый процесс контроля, который регулируется конкретными конечными аминокислотными продуктами, и общий процесс контроля, который активируется при дефиците какой-либо отдельной аминокислоты (4,5). Однако у млекопитающих молекулярные механизмы регуляции генов посредством аминокислотного голодания все еще плохо изучены (3,6,7). Гены-кандидаты, экспрессия которых регулируется аминокислотным голоданием, включают гены, участвующие в метаболизме аминокислот, такие как аспарагинсинтетаза (8) и переносчик катионных аминокислот cat-1 (9), а также гены, участвующие в регуляции роста клеток, такие как c- myc , c- jun (10) и гомологичный белок C / EBP (CHOP) (11).Гены, участвующие в метаболизме лекарств, также могут модулироваться во время белковой недостаточности. У крыс, получавших белково-калорийную диету, уровни белков печеночного цитохрома P ₄₅₀ 3A, 1A2, 2E1 и 2C1 были снижены более чем на 50% (12,13), и такое снижение могло быть полностью или частично нормализовано. просто пополнив рацион L-цистеином или L-метионином (12). В отличие от подавления экспрессии цитохрома P ₄₅₀, уровни мРНК глутатиона S -трансферазы (GST) Ya2 / 3/5 и Yb1 в печени крыс были увеличены за счет ограничения энергии белка, и это увеличение также было нормализовано L -цистеин или L-метионин (14).

GST — фермент фазы II, метаболизирующий лекарственные средства, который катализирует конъюгацию глутатиона (GSH) с различными электрофильными ксенобиотиками и облегчает их выведение. GST состоит из 6 различных семейств генов: 5 цитозольных групп (α, μ, π, θ и σ) и одна микросомальная форма (κ) (15). Семьи участвуют в аналогичной реакции детоксикации, но имеют разное сродство к субстрату. GST класса μ и θ участвуют в конъюгации GSH с эпоксидами бенз [ a ] антрацена и полициклическими ароматическими углеводородами, а также влияют на образование окислительного повреждения ДНК (16).Растет интерес к физиологическим свойствам класса π GST (GST Yp) не только из-за его активности по детоксикации лекарств, но и из-за его связи с трансформацией клеток, которая может иметь отношение к канцерогенезу (17,18). Активность GST Yp была использована для оценки эффективности химиопрофилактических агентов при раке, вызванном бензо [ a ] пиреном (19).

Как указано, индукция уровней мРНК GST Ya2 / 3/5 и Yb1 в печени путем ограничения энергии белка отменяется простым восполнением L-цистеина или L-метионина (14).Это говорит о том, что дефицит L-цистеина или L-метионина способствует активации транскрипции различных генов GST. Поэтому интересно узнать, модулируется ли также экспрессия других изоферментов GST в ответ на ограничение серных аминокислот. В настоящем исследовании мы исследовали активность и экспрессию GST Yp в первичных гепатоцитах крысы, культивируемых в среде с ограничением по аминокислотам.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Материалы.

Селенит натрия, метионин, цистеин, этакриновая кислота, HEPES и коллаген крысиного хвоста VII типа были получены от Sigma Chemical. Инсулин, трансферрин, фетальная бычья сыворотка и раствор пенициллин-стрептомицин были получены из лаборатории Gibco. Коллагеназу покупали в Worthington Biochemica. Перколл был из Amersham Biosciences. Тризол заказывали в Invitrogen.

Выделение и культивирование клеток.

самцов крыс Sprague-Dawley были приобретены в Национальном центре лабораторных животных и использовались для выделения гепатоцитов в возрасте 7-8 недель.Крыс лечили в соответствии с рекомендациями NIH (20). Гепатоциты выделяли методом двухэтапной перфузии коллагеназой, как описано ранее (21). Жизнеспособность клеток составляла> 90%, как определено по исключению трипанового синего. Выделенные гепатоциты суспендировали в среде для культивирования клеток L-15, содержащей 18 ммоль / л HEPES, 5 мг / л трансферрина, 5 мкг / л селена в виде селенита натрия, 1 г / л галактозы, 1 × 10 ⁵ / л пенициллина, 100 мг / л стрептомицина и 2,5% фетальной бычьей сыворотки. Клетки высевали на 60-миллиметровые пластиковые чашки для культивирования тканей (Falcon), предварительно покрытые коллагеном VII хвоста крысы с плотностью 2. 5 × 10 ⁶ клеток на чашку; чашки инкубировали в инкубаторе с увлажнением 37 ° C в атмосфере воздуха. Прикрепление клеток к культуральной чашке происходило через 4 часа после посева, после чего среду меняли. После этого среду меняли один раз в день, и клетки культивировали до 6 дней.

В Expt. 1 мы исследовали влияние ограничения серной аминокислоты на экспрессию GST Yp. В этом исследовании клетки культивировали либо в контрольной среде L-15, содержащей 0.5 ммоль / л L-метионина и 0,2 ммоль / л L-цистеина (среда с высоким содержанием серы с аминокислотами [HSAA]) или среда L-15, содержащая 0,1 ммоль / л L-метионин и 0,1 ммоль / л L-цистеин (с низким содержанием серы. аминокислотная среда [LSAA]). Кроме того, мы исследовали влияние на экспрессию GST Yp инсулина (5 мг / л) и дексаметазона (1 мкмоль / л), 2 обычно добавляемых факторов роста, которые способны модулировать экспрессию генов. Для всех обработок клетки собирали через 24, 48, 96 и 144 ч после посева.

В Expt. 2, 4 незаменимые аминокислоты в дополнение к L-метионину и L-цистеину (L-изолейцин, L-лейцин, L-лизин и L-фенилаланин) были протестированы, чтобы проверить, регулируется ли экспрессия GST Yp несерой аминогруппой. кислоты. В этом исследовании гепатоциты подвергались воздействию контрольной среды L-15 (0,5 ммоль / л Met, 0,2 ммоль / л Cys, 1 ммоль / л Ile, 1 ммоль / л Leu, 0,5 ммоль / л Lys, 0,75 ммоль / л. Phe) или среду, ограниченную одной аминокислотой (т. Е. 0,02 ммоль / л каждого из L-метионина, L-цистеина, L-изолейцина, L-лейцина, L-лизина или L-фенилаланина) на срок до 4 дней. .Использование 0,02 ммоль / л L-метионина было адаптировано из физиологической концентрации в сыворотке крови крыс, получавших диету с низким содержанием белка (3).

SDS-PAGE и иммунодетекция.

Клетки дважды промывали холодным PBS и затем собирали в 500 мкл 20 ммоль / л калий-фосфатного буфера (pH 7,0). Гомогенаты клеток центрифугировали при 10,000 × g в течение 30 мин при 4 ° C. Полученную надосадочную жидкость затем ультрацентрифугировали при 105000 × g в течение дополнительного 1 часа.Концентрации белка измеряли с помощью набора реагентов для анализа белка Coomassie plus (Pierce). Равные количества цитозольных белков каждого образца наносили на 10% SDS-PAGE гели и переносили электрофоретически на поливинилиденфторидные мембраны, как описано Towbin et al. (22). Сайты неспецифического связывания на мембранах блокировали при 4 ° C в течение ночи 50 г / л обезжиренного сухого молока в буфере, содержащем 15 ммоль / л Трис и 150 ммоль / л NaCl (pH 7,4). Затем мембраны инкубировали с антителами против GST Yp (Transduction Laboratories), Ya, Yb (Oxford Biomedical Research) или карбоангидразы III (CA III; любезно предоставлены Dr.Сюзанна Хендрих, Государственный университет Айовы). После инкубации с вторичным антителом, конъюгированным с пероксидазой, цвет проявлялся путем добавления пероксида водорода и тетрагидрохлорида диаминобензидина в качестве субстратов пероксидазы.

Нозерн-блоттинг.

Суммарная РНК была экстрагирована с использованием реагента Trizol. Зонд кДНК получали с помощью ОТ-ПЦР, как описано ранее (23). Две пары олигонуклеотидных праймеров (прямой: 5′-TTCAAGGCTCGCTCAAGTCCAC-3 ‘; обратный: 5′-CTTGAT-CTTGGGGCGGGCACTG-3’) были сконструированы на основе опубликованной последовательности GST Yp (23,24).Условия ПЦР были установлены следующим образом: денатурация при 94 ° C в течение 1 минуты, отжиг при 55 ° C в течение 1 минуты и удлинение при 72 ° C в течение 1 минуты в течение 35 циклов с последующим 7-минутным удлинением при 72 ° C. Полосу, соответствующую фрагменту ДНК GST Yp, метили α- ³² P-dCTP с использованием набора NEBlot (New England Biolabs) и использовали в качестве зонда. Для Нозерн-блоттинга 20 мкг каждого образца РНК разделяли электрофоретически на 1% -агарозном геле, содержащем 6% формальдегида, а затем переносили на мембрану HyBond N ⁺, как описано ранее (23). Мембрану предварительно гибридизовали в течение 2 ч при 42 ° C в растворе, содержащем 10X реактива Денхардта (0,2% фиколла, 0,2% поливинилпиролидона, 0,2% бычьего сывороточного альбумина), 5X SSPE (750 ммоль / л NaCl, 50 ммоль / л NaH _2). PO ₄, 5 ммоль / л EDTA), 20 г / л SDS, 50% формамид и 100 мг / л одноцепочечной ДНК спермы лосося. Затем мембрану гибридизовали в том же растворе с зондом кДНК GST Yp, меченным α- ³² P, при 42 ° C в течение ночи. После промывки проводили авторадиографию, экспонируя мембрану рентгеновской пленкой SuperRx (Kodak) при -80 ° C с усиливающим экраном.Полосы на рентгеновской пленке были измерены с помощью AlphaImager 2000 (Alpha Innotech).

Биохимические анализы.

Активность

GST определяли по методу Habig et al. (25) с использованием этакриновой кислоты в качестве субстрата из-за ее лучшей специфичности к классу Yp (26). Образцы для определения внутриклеточного GSH готовили путем добавления 1 мл 5% хлорной кислоты, содержащей 2,5 ммоль / л фенантролина, на каждый планшет. Планшеты соскребали и гомогенаты центрифугировали при 10,000 × g в течение 10 мин.После образования йодуксусной кислоты и развития окраски фтор-2,4-динитробензола растворимый в кислоте GSH и дисульфид глутатиона определяли с помощью ВЭЖХ, как описано Reed et al. (27).

Статистический анализ.

Данные были проанализированы с помощью однофакторного дисперсионного анализа, и тест Тьюки был использован для проверки значимости влияния времени культивирования или факторов роста в каждой группе, обработанной серной аминокислотой. Двусторонний дисперсионный анализ был использован для проверки взаимодействия серосодержащих аминокислот и факторов роста на уровне белка GST Yp.Группы LSAA и HSAA сравнивали с использованием теста Стьюдента t . Различия со значениями P <0,05 считались достоверными. Все статистические анализы были выполнены с помощью имеющегося в продаже программного обеспечения (SAS Institute).

РЕЗУЛЬТАТЫ

Влияние серных аминокислот на уровень белка GST Yp.

Независимо от содержания серы и аминокислот в среде, экспрессия белка GST Yp увеличивалась со временем инкубации (рис.1). Однако экспрессия GST Yp увеличивалась раньше в клетках, обработанных средой LSAA, и на 6 день относительный уровень GST Yp был на 94% выше в клетках, обработанных LSAA, чем в клетках, обработанных HSAA.

РИСУНОК 1

Влияние ограничения серной аминокислоты на уровни белка GST Yp в первичных гепатоцитах крысы. ( A ) После 4-часового периода прикрепления клетки оставляли для инкубации в контрольной среде (HSAA: 0,5 ммоль / л L-метионина и 0,2 ммоль / л L-цистеина) или переводили на LSAA (0.1 ммоль / л L-метионина и 0,1 ммоль / л L-цистеина) на срок до 6 дней. Для каждой дорожки 5 мкг цитозольного белка разделяли на 10% SDS-полиакриламидных гелях и проводили иммуноблоттинг. ( B ) Белок количественно определяли денситометрией, и уровень d 1 для клеток, обработанных HSAA, принимали за 1. Каждое значение представляло среднее ± стандартное отклонение, n = 4 независимых эксперимента. ^abc Группы на одном носителе, не использующие одну букву, различаются, P <0,05. ^# В отличие от HSAA во время инкубации, P <0.05.

РИСУНОК 1

Влияние ограничения серной аминокислоты на уровни белка GST Yp в первичных гепатоцитах крысы. ( A ) После 4-часового периода прикрепления клетки оставляли инкубироваться в контрольной среде (HSAA: 0,5 ммоль / л L-метионина и 0,2 ммоль / л L-цистеина) или переводили на LSAA (0,1 ммоль / Л L-метионина и 0,1 ммоль / л L-цистеина) на срок до 6 дней. Для каждой дорожки 5 мкг цитозольного белка разделяли на 10% SDS-полиакриламидных гелях и проводили иммуноблоттинг.( B ) Белок количественно определяли денситометрией, и уровень d 1 для клеток, обработанных HSAA, принимали за 1. Каждое значение представляло среднее ± стандартное отклонение, n = 4 независимых эксперимента. ^abc Группы на одном носителе, не использующие одну букву, различаются, P <0,05. ^# В отличие от HSAA во время инкубации P <0,05.

Влияние факторов роста на экспрессию белка GST Yp.

Затем мы изучили, влияет ли влияние серосодержащих аминокислот на экспрессию GST Yp инсулином и дексаметазоном 2, обычно добавляемыми факторами роста, которые модулируют экспрессию генов.Уровни GST Yp подавлялись дексаметазоном (рис. 2). Однако подавление дексаметазоном не изменяло повышающую регуляцию GST Yp за счет ограничения серной аминокислоты, предполагая, что модуляция экспрессии GST Yp не зависела от дексаметазона. Инсулин не влиял на экспрессию GST Yp.

РИСУНОК 2

Влияние инсулина и дексаметазона на изменение уровня белка GST Yp, опосредованное серной аминокислотой. Гепатоциты культивировали в среде HSAA или LSAA в отсутствие факторов роста (-) или в присутствии инсулина (Ins) или дексаметазона (Dex), соответственно, в течение 6 дней.( A ) Иммуноблот-анализ уровней белка GST Yp. ( B ) Белок количественно определяли денситометрией, и уровень на d 6 для клеток, обработанных HSAA без фактора роста, принимали за 1. Значения представляют собой средние значения ± стандартное отклонение, n = 3. ^ab Группы в одном и том же носитель не разделяет буквы отличаются, P <0,05. ^# В отличие от HSAA во время инкубации P <0,05.

РИСУНОК 2

Влияние инсулина и дексаметазона на изменение уровня белка GST Yp, опосредованное серной аминокислотой.Гепатоциты культивировали в среде HSAA или LSAA в отсутствие факторов роста (-) или в присутствии инсулина (Ins) или дексаметазона (Dex), соответственно, в течение 6 дней. ( A ) Иммуноблот-анализ уровней белка GST Yp. ( B ) Белок количественно определяли денситометрией, и уровень на d 6 для клеток, обработанных HSAA без фактора роста, принимали за 1. Значения представляют собой средние значения ± стандартное отклонение, n = 3. ^ab Группы в том же носитель не разделяет буквы отличаются, P <0. 05. ^# В отличие от HSAA в это время инкубации, P <0,05.

Уровень мРНК GST Yp и активность фермента.

Нозерн-блоттинг показал, что экспрессия мРНК GST Yp согласуется с экспрессией белка. Уровни мРНК увеличивались со временем до дня 6 и были выше в клетках, обработанных LSAA в отсутствие инсулина и дексаметазона, чем в клетках, обработанных HSAA (рис. 3). Экспрессия мРНК подавлялась дексаметазоном, но не зависела от инсулина.На 6 день активность фермента GST была значительно выше в клетках, инкубированных в среде LSAA, чем в клетках, инкубированных в среде HSAA [59,1 ± 15,3 против 43,8 ± 7,2 нмоль / (мин · мг белка)].

РИСУНОК 3

Уровни мРНК

GST Yp в первичных гепатоцитах крысы. Клетки культивировали в среде HSAA или LSAA в отсутствие факторов роста (-) или в присутствии инсулина (Ins) или дексаметазона (Dex), соответственно, в течение до 6 дней. Значения представляют собой средние значения ± стандартное отклонение, n = 3 или 4. ^ab Группы, не использующие одну букву, различаются, P <0,05.

РИСУНОК 3

Уровни мРНК

Изменения клеточного белка и содержания GSH.

Независимо от концентрации L-метионина и L-цистеина, содержание клеточного белка со временем уменьшалось (Таблица 1). В отсутствие инсулина и дексаметазона содержание клеточного белка после инкубации в среде HSAA или LSAA в течение 6 дней было на 36 и 45% ниже, соответственно, чем в свежевыделенных гепатоцитах (d 0). Инсулин в некоторой степени помогал поддерживать содержание белка в течение первых 3 дней инкубации как в среде HSAA, так и в среде LSAA. Однако дексаметазон не влиял на снижение содержания белка, происходившее в отсутствие факторов роста.

ТАБЛИЦА 1

Изменения содержания клеточного белка в гепатоцитах, инкубированных в нормальной среде L-15 (HSAA) или в среде с ограничением серных аминокислот (LSAA) ^{1, 2}

17 900

.	Время, д .
.	0 .	1 .	3 .	4 .	6 .
	мг протеина / пластина
HSAA
—
—	1.47 ± 0,318	1.47 ± 0,318 1,03 ± 0,20 ^bcy	1,02 ± 0,08 ^bcxy	0,94 ± 0,16 ^c
Ins	«> 1,47 ± 0,38 ^a	1.65 ± 0,24 ^a	1,40 ± 0,17 ^ax	1,33 ± 0,26 ^ax	0,84 ± 0,13 ^b
Dex	1,47 ± 0,38 ^a	1,42 ± 0,12 ± 0,12	1,11 ± 0,17 ^abxy	0,97 ± 0,17 ^по	0,85 ± 0,07 ^b
LSAA						7 ± 0,38 ^a	1,46 ± 0,22 ^a	1,28 ± 0,23 ^abxy	1,14 ± 0,25 ^abcxy	0,80 ± 0,23 ^c
Ins	1,61 ± 0,19 ^a	1,38 ± 0,20 ^abx	1,17 ± 0,25 ^bcxy	0,77 ± 0,15 ^c
Dex	1,47 ± 0.38 ^a	1,51 ± 0,31 ^a	1,11 ± 0,27 ^abcxy	1,02 ± 0,22 ^bcxy	0,82 ± 0,18 ^c

.17 900

Время, д .
0 .	1 .	3 .	4 .	6 .
	мг протеина / пластина
HSAA
—
—	1.47 ± 0,318	1.47 ± 0,318 1,03 ± 0,20 ^bcy	1,02 ± 0,08 ^bcxy	0,94 ± 0,16 ^c
Ins	1,47 ± 0,38 ^a	1.65 ± 0,24 ^a	1,40 ± 0,17 ^ax	1,33 ± 0,26 ^ax	0,84 ± 0,13 ^b
Dex	1,47 ± 0,38 ^a	1,42 ± 0,12 ± 0,12	1,11 ± 0,17 ^abxy	0,97 ± 0,17 ^по	0,85 ± 0,07 ^b
LSAA						7 ± 0,38 ^a	1,46 ± 0,22 ^a	1,28 ± 0,23 ^abxy	1,14 ± 0,25 ^abcxy	0,80 ± 0,23 ^c
Ins	1,61 ± 0,19 ^a	1,38 ± 0,20 ^abx	1,17 ± 0,25 ^bcxy	0,77 ± 0,15 ^c
Dex	1,47 ± 0.38 ^a	1,51 ± 0,31 ^a	1,11 ± 0,27 ^abcxy	1,02 ± 0,22 ^bcxy	0,82 ± 0,18 ^c

ТАБЛИЦА 1

Изменения содержания белков в клетках гепатоциты, инкубированные в нормальной среде L-15 (HSAA) или в среде с ограничением серных аминокислот (LSAA) ^{1, 2}

.	Время, д .
.	0 .	1 .	3 .	4 .	6 .
	мг протеина / пластина
HSAA
—
—	1.47 ± 0,318	1.47 ± 0,318 1.03 ± 0,20 ^bcy	1,02 ± 0,08 ^bcxy	0,94 ± 0,16 ^c
Ins	1,47 ± 0,38 ^a	1,65 ± 0,24 ^a	1,60	1,33 ± 0,26 ^ax	0,84 ± 0,13 ^b
Dex	1,47 ± 0,38 ^a	1,42 ± 0,14 ^a	1,11 ± 0,17 9023. Abxy25 ^{97 ± 0,17 ^по}	0,85 ± 0,07 ^b
LSAA
—	1,47 ± 0,38 ^0,25	1,28 ± 0,23 ^abxy	1,14 ± 0,25 ^abcxy	0,80 ± 0,23 ^c
Ins	1,47 ± 0,38 ^ab	1.61 ± 0,19 ^a	1,38 ± 0,20 ^abx	1,17 ± 0,25 ^bcxy	0,77 ± 0,15 ^c
Dex	1,47 ± 0,38 ^a	^a		1,11 ± 0,27 ^abcxy	1,02 ± 0,22 ^bcxy	0,82 ± 0,18 ^c

.	Время, д .
.	0 .	1 .	3 .	4 .	6 .
	мг протеина / пластина
HSAA
—
—	1.47 ± 0,318	1.47 ± 0,318 1.03 ± 0,20 ^bcy	1,02 ± 0,08 ^bcxy	0,94 ± 0,16 ^c
Ins	1,47 ± 0,38 ^a	1,65 ± 0,24 ^a	1,60	1,33 ± 0,26 ^ax	0,84 ± 0,13 ^b
Dex	1,47 ± 0,38 ^a	1,42 ± 0,14 ^a	1,11 ± 0,17 9023. Abxy25 ^{97 ± 0,17 ^по}	0,85 ± 0,07 ^b
LSAA
—	1,47 ± 0,38 ^0,25	1,28 ± 0,23 ^abxy	1,14 ± 0,25 ^abcxy	0,80 ± 0,23 ^c
Ins	1,47 ± 0,38 ^ab	1.61 ± 0,19 ^a	1,38 ± 0,20 ^abx	1,17 ± 0,25 ^bcxy	0,77 ± 0,15 ^c
Dex	1,47 ± 0,38 ^a	^a		1,11 ± 0,27 ^abcxy	1,02 ± 0,22 ^bcxy	0,82 ± 0,18 ^c

Потому что и L-цистеин, и L-метионин превращаются в L-цистеин посредством пути, являются лимитирующими аминокислотами для синтеза GSH, изучены изменения содержания GSH в печени.В среде HSAA внутриклеточная концентрация GSH постепенно увеличивалась и достигала максимума при d 3, а затем снижалась (рис. 4). По сравнению с исходным уровнем концентрации GSH были на 100% выше на день 3 (62,6 по сравнению с 30,6 нмоль / мг белка). В клетках, обработанных средой LSAA, GSH постепенно снижался в течение периода культивирования. На d 6 осталось только 18% GSH, измеренного на d 0.

РИСУНОК 4

Содержание GSH в гепатоцитах крысы, дополненное различными уровнями серосодержащих аминокислот.Клетки инкубировали в среде HSAA или LSAA до 6 дней. Содержание GSH определяли с помощью ВЭЖХ. Значения представляют собой средние значения ± стандартное отклонение, n = 5. ^abc Группы на одном носителе, не имеющие одинаковых букв, различаются, P <0,05. ^# В отличие от LSAA во время инкубации P <0,05.

РИСУНОК 4

Содержание GSH в гепатоцитах крысы, дополненное различными уровнями серосодержащих аминокислот. Клетки инкубировали в среде HSAA или LSAA до 6 дней.Содержание GSH определяли с помощью ВЭЖХ. Значения представляют собой средние значения ± стандартное отклонение, n = 5. ^abc Группы на одном носителе, не имеющие одинаковых букв, различаются, P <0,05. ^# В отличие от LSAA во время инкубации P <0,05.

Влияние ограничения аминокислот на экспрессию изоферментов GST.

Повышение уровня белка GST Yp (фиг. 5A) и мРНК (фиг. 5B) происходило только в клетках с ограниченным поступлением L-метионина.Ограничение L-цистеина, L-изолейцина, L-лейцина, L-лизина или L-фенилаланина оказало лишь незначительное влияние на экспрессию этого детоксикационного фермента или не имело никакого эффекта. Экспрессия белка GST Yp увеличивалась дозозависимо с увеличением ограничения L-метионина (фиг. 5C).

РИСУНОК 5

Влияние ограничения аминокислот на экспрессию изоформ GST и CA III в первичных гепатоцитах крысы. ( A ) После 4-дневного воздействия контрольной среды L-15 (-) или среды, ограниченной L-метионином (Met), L-цистеином (Cys), L-изолейцином (Ile), L-лейцином (Leu), L-лизин (Lys) или L-фенилаланин (Phe) (0.02 ммоль / л каждый), GST Ya, Yb, Yp и CA III были иммуностанизированы по активности пероксидазы, связанной с антителами. ( B ) Нозерн-блоттинг мРНК GST Yp. ( C ) Дозозависимое изменение уровня белка GST Yp в клетках, культивируемых в 0,02–0,5 ммоль / л L-метионина в течение 4 дней.

РИСУНОК 5

По сравнению с повышающей регуляцией GST Yp рестрикцией L-метионина, на изоферменты Ya и Yb GST не влияла ни одна из тестируемых аминокислот (фиг. 5A). Кроме того, количество CA III, обильного цитозольного белка в печени самцов крыс, не изменилось из-за ограничения поступления L-метионина или L-изолейцина, L-лейцина, L-лизина или L-фенилаланина.

ОБСУЖДЕНИЕ

Несколько линий доказательств указывают на то, что аминокислоты не только действуют как предшественники белков и нейротрансмиттеров, но также играют решающую роль в контроле экспрессии генов (28). В настоящем исследовании мы показали, что экспрессия π-класса GST, детоксикационного фермента фазы II, повышалась, когда гепатоциты культивировались в среде с ограниченным содержанием серы и аминокислот, и что такая модуляция не зависела от дексаметазона и инсулина.Кроме того, отсутствие эффекта других проверенных незаменимых аминокислот, например, L-изолейцина, L-лейцина, L-лизина и L-фенилаланина, предполагает, что индукция этого изофермента GST, вероятно, специфична для серной аминокислоты.

Аминокислоты необходимы для поддержания нормальной функции клеток. Перед лицом аминокислотного голодания происходит адаптация, которая усиливает биосинтез аминокислот за счет усиления экспрессии аспарагинсинтетазы (29) и замедляет скорость роста за счет усиления экспрессии IGFBP (3).Метаболизм лекарств в тканях печени также регулируется диетой с ограничением энергии (30). В отличие от подавления активности цитохрома P ₄₅₀, экспрессия мРНК GST Ya2 / 3/5 и Yb1 усиливается при таком недоедании. Более того, повышающая регуляция изоферментов GST снижается за счет пополнения рациона цистеином или метионином, открытие, которое предполагает критическую роль серосодержащих аминокислот в регуляции экспрессии GST за счет ограничения энергии белка (14). В настоящем исследовании мы также показали, что экспрессия изофермента Yp GST в гепатоцитах крысы увеличивается за счет ограничения поступления серосодержащих аминокислот в культуральную среду.Хотя усиление экспрессии Yp происходило в клетках, культивируемых в среде, ограниченной L-метионином, но не в среде, ограниченной L-цистеином, необходимо подчеркнуть, что нельзя исключить влияние ограничения L-цистеина на регуляцию экспрессии GST Yp. . Это отсутствие эффекта можно объяснить способностью гепатоцитов преобразовывать L-метионин в L-цистеин посредством пути транссульфурации. Этот недавно синтезированный L-цистеин сводит к минимуму нехватку L-цистеина в среде для культивирования клеток.Кроме того, L-цистеин в среде, вероятно, окислился до L-цистина, тем самым уменьшая доступность L-цистеина для клеток. По методу ВЭЖХ (28) через 24 ч приготовления среды оставалось 11,4 ± 3,9% L-цистеина ( n = 3). Эти ограничения затрудняют точное определение действительного эффекта L-цистеина на экспрессию Yp в этом исследовании.

Изофермент Yp GST, которого в нормальной печени крысы практически нет, непрерывно экспрессируется после выделения клеток, и эта экспрессия модулируется различными составляющими среды, такими как дексаметазон (21,31).Кроме того, ранее мы сообщали, что FBS положительно влияет на индукцию GST Yp (32). В этом исследовании мы также демонстрируем, что доступность серосодержащих аминокислот модулирует экспрессию GST Yp в первичных гепатоцитах крысы. В первичной культуре гепатоциты подвергаются дедифференцировке. Индукция этого фермента детоксикации, по-видимому, является результатом дедифференцировки, и эта ассоциация может повысить выживаемость клеток после изоляции. Экспрессия GST Yp сильно индуцируется химическими канцерогенами и обычно используется в качестве биохимического маркера во время гепатоканцерогенеза (33).Сильная ассоциация экспрессии GST Yp с опухолевыми клетками рассматривается как механизм выживания, который обеспечивает усиленную пролиферацию в токсичной среде (34).

В настоящем исследовании in vitro только GST Yp, а не Ya или Yb был активирован в ответ на ограничение серной аминокислоты. Это несоответствие в экспрессии изоферментов GST указывает на то, что генная регуляция GST Yp, вероятно, отличается от таковой Ya и Yb. Генная регуляция включает в себя каскад молекулярных событий, которые активируют факторы транскрипции, которые, в свою очередь, стимулируют экспрессию генов.В промоторных / энхансерных областях GST Ya были идентифицированы 2 важные консенсусные последовательности ДНК, элемент ответа на арилуглеводород и элемент ответа антиоксиданта (ARE) (35,36), ответственных за индукцию транскрипции, когда гепатоциты подвергаются воздействию различных ксенобиотики и прооксиданты, включая перекись водорода, менадион и трет -бутилгидрохинон (фенольный антиоксидант) (35).

Имеющиеся данные свидетельствуют о том, что семейства белков Nrf и малых Maf факторов транскрипции связываются с ARE и индуцируют нижестоящие гены (37,38).Было показано, что активация связывания Nrf-1,2 с ARE важна для активации мРНК GST Ya и Yb в печени у крыс, страдающих белково-энергетической недостаточностью (14). Было показано, что активация фосфатидилинозитол-3-киназы, вызванная истощением GSH, также важна для ARE-опосредованной индукции GST Ya2 в клетках гепатомы h5IIE, культивируемых в среде, лишенной метионина и цистеина (39). В настоящем исследовании уровень GST Ya не изменялся в гепатоцитах, обработанных LSAA, даже когда содержание клеточного GSH составляло 20% от содержания клеток, обработанных HSAA.Это повышает вероятность того, что активация ARE за счет истощения GSH является специфической для клеточного типа или что степень истощения GSH в гепатоцитах недостаточна для активации ARE-опосредованной экспрессии GST Ya.

По сравнению с таковым для GST Ya, доказательства молекулярной регуляции транскрипции GST Yp ограничены. Хотя в промоторной области GST Yp есть ARE-подобные элементы, их роль в транскрипции GST Yp еще полностью не изучена. Отсутствие нарушения экспрессии мРНК GST Yp, индуцированной олтипразом или 3H-1,2-дитиол-3-тионом, у мышей с нокаутом Nrf2 (40,41) предполагает, что экспрессия GST Yp не опосредуется путем Nrf2-ARE.Однако Икеда и др. (42) сообщили, что связывание Nrf2 с ARE-подобными сайтами связывания участвует в индукции гена GST Yp мыши. GST Yp крысы может быть активирован посредством Nrf2-опосредованной индукции в клетках гепатомы h5IIE, но не в нормальных клетках печени (43). Вместо этого ключевую роль может играть энхансер I GST Yp (GPEI), расположенный в -2,5 т.п.н. (44). GPEI содержит 2 форбол 12- O -тетрадеканот 13-ацетатный ответный элемент (TRE) -подобные элементы, которые имеют активирующий белок (AP) -1-подобные сайты связывания (45), и оба необходимы для базовой и индуцибельной экспрессии GST Yp (46,47).Например, TRE необходим для индукции транскрипции GST Yp 3,4,5,3 ‘, 4’-пента-хлорированным бифенилом в первичных гепатоцитах (46). Ингибирование мРНК GST Yp и экспрессии белка дексаметазоном, которое произошло в настоящем исследовании (рис. 2 и 3), также считалось происходящим через путь AP-1, поскольку дексаметазон действует как антагонист фактора транскрипции AP-1 (31). . Хотя фактический молекулярный механизм индукции серной аминокислотой экспрессии гена GST Yp неясен, TRE вряд ли является единственным ответом, поскольку дексаметазон, по-видимому, неэффективен в блокировании повышающей регуляции рестрикции серных аминокислот (рис.2). Возможными кандидатами являются пути, отличные от подавленного глюкокортикоидами связывания AP-1 с TRE, такие как ARE, активируемый истощением GSH, и другие неидентифицированные факторы.

CHOP и аспарагинсинтетаза (AS) — два наиболее изученных гена млекопитающих, экспрессия которых регулируется аминокислотами. Обнаружение того, что ограничение лейцина индуцирует CAT-активность репортерных конструкций, содержащих промоторную область CHOP или AS, подтверждает участие элементов ответа и транскрипционных факторов в индуцированной аминокислотами транскрипции CHOP и AS (29,48).Даже в этом случае характер экспрессии CHOP и AS в ответ на ограничение аминокислот несколько различается. CHOP сильно индуцируется недостатком метионина и лишь незначительно индуцируется недостатком гистидина, цистеина или аспарагина. Однако AS постоянно индуцируется в ответ на депривацию любой из этих аминокислот (49). Несоответствие в экспрессии CHOP и AS в ответ на ограничение аминокислот указывает на то, что регуляция генов CHOP и AS в некоторой степени различается. Поскольку индукция GST Yp происходила исключительно с ограничением серной аминокислоты, а не с ограничением L-лейцина, L-изолейцина, L-лизина или L-фенилаланина, механизм регуляции GST Yp с помощью серосодержащих аминокислот, вероятно, отличается от механизма регулирования ЧОП и АС.

У млекопитающих некоторые физиологические функции, участвующие в защите от аминокислотного голодания или адаптации к нему, регулируются посредством регуляции экспрессии многочисленных генов. Результаты настоящего исследования ясно показывают, что экспрессия гена GST Yp повышается в первичных гепатоцитах крысы за счет ограничения L-метионина и L-цистеина. Отсутствие реакции на другие протестированные аминокислоты предполагает, что такой эффект, вероятно, специфичен для серной аминокислоты. Требуются дальнейшие исследования молекулярных механизмов, участвующих в регуляции экспрессии гена GST Yp с помощью L-метионина и L-цистеина.

ЦИТИРОВАННАЯ ЛИТЕРАТУРА

van Sluijters

Dubbelhuis

Blommaart

Meijer

(

2000

)

Аминокислотно-зависимое преобразование сигнала .

Biochem. J.

351

545

—

550

. 2.

Fliesen

Maiter

Gerard

Underwood

Maes

Ketelslegers

(

1989

)

Снижение инсулиноподобного фактора роста в сыворотке крови -I по диетическому ограничению белка зависит от возраста

Педиатр. Res.

415

—

419

.3.

Jousse

Bruhat

Ferrara

Fafournoux

(

1998

)

Физиологическая концентрация аминокислот регулирует экспрессию белка 1, связывающего инсулиноподобный фактор роста

Biochem. J.

334

147

—

153

. 4.

Dever

T. E.

Feng

Wek

R. C.

Cigan

A. M.

Donahue

T. F.

Hinnebusch A.

HinnebuschG.

(

1992

)

Фосфорилирование фактора инициации 2 альфа протеинкиназой GCN2 опосредует ген-специфический контроль трансляции GCN4 в дрожжах

Ячейка

585

—

596

. 5.

Hinnebusch

A. G.

(

1994

)

Альфа-киназы eIF-2: регуляторы синтеза белка при голодании и стрессе

Семин. Cell Biol.

417

—

426

.6.

Entingh

Law

Moses

(

2001

)

Для индукции гомологичного белка C / EBP (CHOP) путем лишения аминокислот требуется инсулин. -подобный фактор роста I, фосфатидилинозитол-3-киназа и млекопитающее-мишень передачи сигналов рапамицина

Эндокринология

142

221

—

228

.7.

Averous

Bruhat

Mordier

Fafournoux

(

2003

)

Последние достижения в понимании аминокислотной регуляции экспрессии генов

J. Nutr.

133

2040S

—

2045S

.8.

Gong

S. S.

Guerrini

Basilico

(

1991

)

Регулирование экспрессии гена аспарагинсинтетазы путем аминокислотного голодания

Мол. Cell Biol.

6059

—

6066

.9.

Hyatt

Aulak

Malandro

Kilberg

Hatzoglou

(

1997

)

регуляция переносчика катионных аминокислот-1 (Cat-1) в клетках Fao

J. Biol. Chem.

272

19951

–

19957

.10.

Pohjanpelto

Holtta

(

1990

)

Лишение одной аминокислоты вызывает зависящее от синтеза белка увеличение c-jun, c-myc и орнитина. мРНК декарбоксилазы в клетках яичников китайского хомячка

Мол. Cell Biol.

5814

—

5821

. 11.

Marten

N. W.

Burke

E. J.

Hayden

J.M.

Straus

D. S.

(

1994

)

Влияние ограничения аминокислот на экспрессию 19 генов в клетках гепатомы крысы

FASEB J.

538

—

544

. 12.

Cho

Kim

Lee

Kim

(

1999

)

Подавление печеночного цитохрома P450 крыс за счет калорийной недостаточности : полное или частичное восстановление цистеином или метионином

Arch. Biochem. Биофиз.

372

150

—

158

. 13.

Cancino-Badias

Reyes

Nosti

Perez

Dorado

Caballero

Soria

Camacho-Carranza

Escobar

Espinosa-Aguirre

J.J.

(

2003

)

Модуляция цитохрома P450 печени крысы путем ограничения белка, оцененная с помощью методов биохимической и бактериальной мутагенности

Мутагенез

—

100

. 14.

Чо

Kim

Lee

Kim

(

2000

)

Влияние цистеина на измененное выражение класса альфа и гены мю-глутатион-S-трансферазы в печени крыс при белково-калорийной недостаточности

Биохим. Биофиз. Acta

1502

235

—

246

. 15.

van Iersel

M. L.

Verhagen

van Bladeren

P. J.

(

1999

)

Роль биотрансформации в диетическом (анти) канцерогенезе

Mutat. Res.

443

259

—

270

. 16.

Дусинская

М.

Фичек

А.

Horska

Raslova

Petrovska

Vallova

Drlickova

Wood

Ступакова

и др. (

2001

)

Глутатион S Полиморфизм -трансферазы влияет на уровень окислительного повреждения ДНК и антиоксидантную защиту у людей

Mutat.Res.

482

—

. 17.

Satoh

Kitahara

Soma

Inaba

Hatayama

Sato

(

1985

)

Очистка, индукция и распределение плацентарной глутатионтрансферазы: новый фермент-маркер для пренеопластических клеток в химическом гепатоканцерогенезе крыс

Proc. Natl. Акад. Sci. США

3964

—

3968

. 18.

Tsuchida

Sato

(

1992

)

Трансферазы глутатиона и рак

Crit. Rev. Biochem. Мол. Биол.

337

—

384

. 19.

Benson

P. J.

Srivastava

S. K.

Xia

Bleicher

Zaren

Awasthi

Singh

(

1997

)

Индукция глутатиона S -трансферазы pi в качестве биотеста для оценки эффективности ингибиторов рака, индуцированного бензо (а) пиреном, на мышиной модели

Внутр. J. Cancer

897

—

902

.20.

Национальный исследовательский совет

(

1985

)

Руководство по уходу и использованию лабораторных животных.

Публикация № 85–23 (rev.)

Национальные институты здравоохранения Bethesda

.21.

Wang

Chen

Sheen

Lii

(

1997

)

Метионин и цистеин влияют на уровень фермента глутатиона, глутатиона активности и экспрессии изоферментов глутатиона S -трансферазы в гепатоцитах крысы

J. Nutr.

127

2135

—

2141

. 22.

Towbin

Staehelin

Gordon

(

1979

)

Электрофоретический перенос белков из полиакриламидных гелей на нитроцеллюлозные листы: процедура и некоторые применения

Proc. Natl. Акад. Sci. США

4350

—

4354

. 23.

Чен

Х.W.

Yang

Tsai

Sheen

Lii

(

2001

)

Пищевой жир и чесночное масло независимо регулируют экспрессию цитохрома P (450) 2B1 печени и плацентарной формы глутатиона S -трансферазы у крыс

J. Nutr.

131

1438

—

1443

.24.

Suguoka

Kano

Okuda

Sakai

Kitagawa

Muramatsu

(

1985

)

Клонирование и нуклеотидная последовательность кДНК глутатиона крысы S -трансфераза P

Nucleic Acids Res.

6049

—

6057

0,25.

Habig

W.H.

Pabst

M. J.

Jakoby

W. B.

(

1974

)

Глутатион S -трансферазы. Первая ферментативная стадия образования меркаптуровой кислоты

J. Biol. Chem.

249

7130

—

7139

0,26.

Mannervik

Alin

Guthenberg

Jensson

Tahir

M.K.

Warholm

Jornvall

(

1985

)

Идентификация трех классов цитозольной глутатионтрансферазы, общей для нескольких видов млекопитающих: корреляция между структурными данными и ферментативными свойствами

Proc. Natl. Акад. Sci. США

7202

—

7206

0,27.

Рид

Д. Дж.

Бэбсон

Дж. Р.

Битти

П.W.

Brodie

Ellis

Potter

(

1980

)

Анализ методом высокоэффективной жидкостной хроматографии наномольных уровней глутатиона, дисульфида глутатиона и Родственные тиолы и дисульфиды

Анал. Biochem.

106

—

,28.

Jousse

Bruhat

Fafournoux

(

1999

)

Аминокислотная регуляция экспрессии генов

Curr. Opin. Clin. Nutr. Метаб. Уход

297

—

301

. 29.

Guerrini

Gong

Mangasarian

Basilico

(

1993

)

Cis — и транс -активные элементы, участвующие в аминокислотной регуляции экспрессии гена аспарагинсинтетазы

Мол. Cell Biol.

3202

—

3212

.30.

Энтони

L.E.

(

1973

)

Влияние белково-калорийной недостаточности на метаболизм лекарств в микросомах печени крыс

J. Nutr.

103

811

—

820

. 31.

Aoki

Matsumoto

Suzuki

(

1993

)

Экспрессия глутатиона S -трансфераза P-формы в паренхиматозной печени крыс клеток копланарными полихлорированными конгенерами бифенила подавляется ингибиторами протеинкиназы и дексаметазоном

FEBS Lett.

333

114

—

118

.32.

Lii

Wang

Chen

Sheen

(

1996

)

Активность глутатиона и связанных с глутатионом ферментов у мужчин и женщин гепатоциты крысы в различных условиях культивирования

Arch. Toxicol.

822

—

829

.33.

Dwivedi

Primiano

Novak

(

1993

)

Модулируемая ксенобиотиками экспрессия печеночного глутатиона S -трансферазы в генах первичной трансферазы посев гепатоцитов

Биохим. Биофиз. Acta

1174

—

. 34.

Hendrich

Pitot

H. C.

(

1987

)

Ферменты метаболизма глутатиона как биохимические маркеры гепатоканцерогенеза

Метастатический рак. Ред.

155

—

178

.35.

Rushmore

King

Paulson

Pickett

(

1990

)

Регулирование глутатиона S -субтрансферазы Ya экспрессия: идентификация уникального чувствительного к ксенобиотика элемента, контролирующего индуцибельную экспрессию планарными ароматическими соединениями

Proc. Natl. Акад. Sci. США

3826

—

3830

,36.

Rushmore

T. H.

Pickett

C. B.

(

1990

)

Регуляция транскрипции гена субъединицы Ya глутатиона крысы S -трансферазы. Характеристика чувствительного к ксенобиотика элемента, контролирующего индуцибельную экспрессию фенольными антиоксидантами

J. Biol. Chem.

265

14648

—

14653

.37.

Dhakshinamoorthy

Jaiswal

(

2000

)

Малые белки maf (MafG и MafK) отрицательно регулируют экспрессию, опосредованную элементами антиоксидантного ответа, и антиоксидантную индукцию NAD (P ) H: ген хинон оксидоредуктазы 1

J. Biol. Chem.

275

40134

—

40141

0,38.

Nguyen

Huang

H. C.

Pickett

C.B.

(

2000

)

Регуляция транскрипции элемента антиоксидантного ответа. Активация Nrf2 и репрессия MafK

J. Biol. Chem.

275

15466

—

15473

0,39.

Kang

Ryu

Kim

(

2000

)

Существенная роль фосфатидилинозитол-3-киназы и активации митоген-активированной протеинкиназы p38 в индукция rGSTA2, опосредованная элементом антиоксидантного ответа, за счет снижения глутатиона в клетках гепатомы h5IIE

Мол. Pharmacol.

1017

—

1025

.40.

Kwak

Itoh

Yamamoto

Sutter

Kensler

(

2001

)

фактора транскрипции Nrf2 в индукции печеночной фазы 2 и антиоксидантных ферментов in vivo химиопротекторным агентом против рака, 3H-1,2-диметиол-3-тионом

Мол. Med.

135

—

145

.41.

Рамос-Гомес

М.

Квак

МК

Долан

Ито

К.

Ямамото

М.

Талалай

Kensler

(

2001

)

Повышается чувствительность к канцерогенезу и теряется химиопротекторная эффективность индукторов ферментов у мышей с дефицитом транскрипционного фактора nrf2

Proc. Natl. Акад. Sci. США

3410

—

3415

. 42.

Ikeda

Serria

Kakizaki

Hatayama

Satoh

Tsuchida

Muramatsu

Nishi

Sakai

(

2002

)

Активация мышиного глутатиона Pi-класса S -трансферазный ген Nrf2 (фактор 2, связанный с NF-E2) и андроген

Biochem. J.

364

563

—

570

. 43.

Ikeda

Nishi

Sakai

(

2004

)

Фактор транскрипции Nrf2 / MafK регулирует гены глутатиона плаценты крысы S -трансферазы Гепатоканцерогенез

Biochem. J.

380

515

—

521

. 44.

Сакаи

М.

Okuda

Muramatsu

(

1988

)

Множественные регуляторные элементы и форбол 12- O -тетрадеканоат 13-ацетатная реакция гена плацентарной глутатионтрансферазы крысы

Proc. Natl. Акад. Sci. США

9456

—

9460

. 45.

Angel

Imagawa

Chiu

Stein

Imbra

Rahmsdorf

Jonat

Herrlich

Karin

(

1987

)

Гены, индуцируемые сложным эфиром форбола, содержат общий элемент цис , распознаваемый TPA-модулированным транс -действующим фактором

Ячейка

729

—

739

.46.

Matsumoto

Imagawa

Aoki

(

1999

)

Идентификация энхансерного элемента класса Pi глутатион S -трансфераза ген, необходимый для экспрессии копланарным полихлорированным бифенилом

Biochem. J.

338

599

—

605

0,47.

Окуда

А.

Имагава

М.

Maeda

Sakai

Muramatsu

(

1989

)

Структурный и функциональный анализ усилителя GPEI, имеющего форбол 12- O -тетрадеканоат 13-ацетатная последовательность, подобная чувствительному элементу, обнаруженная в гене

глутатионтрансферазы P крысы.

J. Biol. Chem.

264

16919

—

16926

. 48.

Брюа

А.

Jousse

Wang

Ron

Ferrara

Fafournoux

(

1997

)

Аминокислотное ограничение индуцирует экспрессию CHOP, гена, связанного с CCAAT / энхансер-связывающим белком, как на транскрипционном, так и на посттранскрипционном уровнях

J. Biol. Chem.

272

17588

—

17593

.49.

Jousse

Bruhat

Ferrara

Fafournoux

(

2000

)

Доказательства наличия нескольких путей передачи сигналов в регуляции экспрессии генов аминокислотами в клеточных линиях человека

J. Nutr.

130

1555

—

1560

Сокращения

AP
ARE
Элемент антиоксидантного ответа
AS
CA III
CHOP
CCAAT / энхансер-связывающий белок (C / EBP15)

глутатион S -трансфераза Yp-энхансер I

GSH
GST
глутатион S -трансфераза
HSAA
фактор связывания с фактором роста
1
LSAA
TRE
форбол 12- O -тетрадеканот 13-ацетатный ответный элемент

Заметки автора

HSAA> Главная> CWP

Всего 97 долларов — экономия более 400 долларов от розничной цены 529 долларов

Каждый год у вас появляется новая возможность обнаружить сердечные заболевания, диабет и другие состояния, которые могут угрожать вашему здоровью.Воспользуйтесь преимуществами нашего комплексного профиля здоровья (CWP), нашей наиболее полной панели общего оздоровления.

Общий анализ крови

WBC — Белые клетки крови являются основной защитой организма от болезней. Лейкоциты помогают бороться с инфекцией.
RBC — Красные кровяные клетки несут ответственность за перенос кислорода и углекислого газа от всех клеток. Дефицит железа снижает количество эритроцитов.
Гемоглобин — химическое соединение внутри эритроцитов, которое переносит кислород через кровоток ко всем клеткам тела.Кислород необходим для здоровья органов. Гемоглобин придает крови красный цвет.
Гематокрит — Гематокрит измеряет количество красных кровяных телец, попадающих в кровь. Сообщается в процентах.
Лимфоциты — По результатам этого исследования базофилы, эозинофилы, моноциты и нейтрофилы имеют дело с функцией белых кровяных телец. Важен для защиты организма от инфекций. Также важно при оценке статуса питания.
Моноциты — В результате базофилы, эозинофилы, лимфоциты и нейтрофилы влияют на функцию белых кровяных телец.Важен для защиты организма от инфекций. Также важно при оценке статуса питания.
MCH Mean —Корпускулярный гемоглобин — это один из способов измерения средней концентрации гемоглобина в эритроцитах, которая отличается от нормы при различных заболеваниях.
MCHC Среднее —Концентрация гемоглобина в мышцах.
MCV Среднее значение —Корпускулярный объем измеряет объем эритроцитов.
Нейтрофилы — В результате базофилы, эозинофилы, лимфоциты и моноциты влияют на функцию белых кровяных телец.Важен для защиты организма от инфекций, а также важен для оценки состояния питания.
Тромбоциты — Частицы кровяных клеток, участвующие в образовании тромбов.
RDW —Ширина распределения красных клеток (RDW) — это расчет изменения размера ваших эритроцитов. При некоторых анемиях, таких как злокачественная анемия, величина вариации (анизоцитоз) размера эритроцитов (наряду с вариацией формы — пойкилоцитоз) вызывает увеличение RDW.
к началу

Щитовидная железа

Щитовидная железа синтезирует, хранит и выделяет гормоны.Выделяемые гормоны — это йодсодержащие аминокислоты, тироксин (T4) и трийодотиронин (T3). Гормоны щитовидной железы влияют на множество метаболических процессов. Эти тесты помогают оценить гормоны щитовидной железы, которые контролируют скорость метаболизма в организме.
Общий Т-4 (тироксин)
Поглощение Т-3
Индекс свободного тироксина (FTI)
T-7
TSH
назад к началу

Липид

Холестерин, общий — стерол в крови.Знание своего холестерина может быть так же важно, как и знать свое кровяное давление. Повышенный уровень холестерина связан с повышенным риском ишемической болезни сердца.
ЛПВП —холестерин Липопротеины высокой плотности, как полагают, забирают холестерин из клеток и транспортируют его обратно в печень для обработки или удаления. Они стали известны как «хороший» холестерин, поскольку у людей с высоким уровнем ЛПВП может быть меньше сердечных заболеваний. Низкий уровень ЛПВП может быть результатом курения и отсутствия физических упражнений.
ЛПНП —холестерин Липопротеины низкой плотности содержат наибольший процент холестерина и могут отвечать за отложение холестерина на стенках артерий. По этой причине они известны как «плохой» холестерин.
Соотношение холестерин / ЛПВП — Рассчитано путем деления общего холестерина на холестерин ЛПВП. Коэффициент, используемый врачами для определения вашего относительного риска развития сердечно-сосудистых заболеваний.
Триглицериды — Триглицериды — это жир в крови, отвечающий за обеспечение энергией клеток организма.Уровень триглицеридов должен составлять менее 400 мг / дл даже при отсутствии голодания.
к началу

Печень

Аланинаминотрансфераза (ALT или SGPT) — Фермент, обнаруженный в основном в печени. Аномалии могут указывать на заболевание печени.
Альбуминовая сыворотка — Один из основных белков крови, отражающий общее состояние питания.
Соотношение альбумин / глобулин — рассчитывается путем деления альбумина на глобулин.
Щелочная фосфатаза — белок организма, важный для диагностики правильного функционирования костей и печени.
Аспартатаминотрансфераза (AST или SGOT) — фермент, обнаруженный в скелетных и сердечных мышцах, печени и других органах. Аномалии могут указывать на заболевание печени.
Билирубин, общий — химическое вещество, отвечающее за функции печени. Высокие концентрации могут вызвать желтуху.
Глобулин, общий — основная группа белков крови, включающая антитела, борющиеся с инфекцией.
Лактатдегидрогеназа (ЛДГ) — фермент, обнаруженный в основном в сердце, мышцах, печени, почках, головном мозге и эритроцитах.Когда орган тела поврежден, ЛДГ выбрасывается в кровоток в большем количестве.
Белок, всего — Вместе с альбумином это показатель состояния питания в организме.
GGT — Также известна как гамма-глутамилтранспептидаза, GGTP. Официальное название: гамма-глутамилтрансфераза помогает обнаруживать повреждение печени и желчных протоков. Некоторые врачи применяют его ко всем людям, у которых подозревают заболевание печени, другие используют его только для объяснения причин других изменений или при подозрении на злоупотребление алкоголем.
к началу

Почки

Азот мочевины (АМК) — Еще один побочный продукт метаболизма белков, выводимый через почки. АМК — индикатор функции почек.
Креатинин, сыворотка — индикатор функции почек.
Мочевая кислота — Еще один побочный продукт метаболизма белков, выводимый через почки. Мочевая кислота — индикатор функции почек.
BUN / креатинин — Соотношение, рассчитанное путем деления BUN на креатинин.
Клубочковая фильтрация (рСКФ) — Обеспечивает оценку фильтрующей способности почек.
к началу

Минералы и кость

I ron, Total — Аномально низкий результат теста может указывать на железодефицитную анемию.
Кальций — минерал, необходимый для развития и поддержания здоровья костей и зубов. Это важно также для нормальной работы мышц, нервов и свертывания крови.
Фосфор — Вместе с кальцием он необходим для здорового развития костей и зубов.Связан с гормональным дисбалансом, заболеваниями костей и почек. Он находится в основном в костях и зубах. ПРИМЕЧАНИЕ: временное падение уровня фосфора можно увидеть после еды.
к началу

Жидкости и электролиты

Хлорид, сыворотка — Подобно натрию, он помогает поддерживать электролитный баланс в организме.
Калий —Помогает контролировать нервы и мышцы.
Натрий, сыворотка — Одна из основных солей в жидкости организма, натрий играет важную роль в водном балансе организма и электрической активности нервов и мышц.
Двуокись углерода — Заказывается как часть электролитной панели. Панель электролита используется для обнаружения, оценки и мониторинга дисбаланса электролитов.
к началу

Диабет

Глюкоза — Уровень сахара в крови, самый прямой тест для выявления диабета, может использоваться не только для выявления диабета, но и для оценки того, как человек контролирует болезнь.
к началу

hsaA — Флавин-зависимая монооксигеназа, субъединица оксигеназы HsaA — Mycobacterium tuberculosis (штамм ATCC 25618 / h47Rv)

Этот подраздел раздела Имена и таксономия предназначен для записей, которые являются частью proteome , то есть набора белков, которые, как считается, экспрессируются организмами, чьи геномы были полностью секвенированы.

Подробнее …

Протеомы ⁱ

Этот подраздел Имена и таксономия содержит исчерпывающий список всех названий белка, от широко используемых до устаревших, чтобы можно было однозначно идентифицировать белок.

Подробнее …

Названия белков ⁱ

Рекомендуемое название:

Флавин-зависимая монооксигеназа, субъединица оксигеназы HsaA (EC: 1.14.14.12

Ручное утверждение на основе эксперимента в ⁱ

Цитируется по: X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2.0 АНГСТРОМЫ), ФУНКЦИЯ КАК ГИДРОКСИЛАЗА, КАТАЛИТИЧЕСКАЯ АКТИВНОСТЬ, БИОФИЗИКОХИМИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА, СПЕЦИФИЧНОСТЬ СУБСТРАТА, СУБЪЕКТ.

)

Альтернативное название (я):

3-гидрокси-9,10-секоандроста-1,3,5 (10) -триен-9,17-дион 4-гидроксилаза, субъединица оксигеназы

3-гидрокси -9,10-секоандроста-1,3,5 (10) -триен-9,17-дионмонооксигеназа

В этом подразделе раздела Имена и таксономия указаны названия гена. (ы), которые кодируют последовательность (и) белка, описанную в записи.Существует четыре различных токена: «Имя», «Синонимы», «Упорядоченные имена локусов» и «Имена ORF».

Подробнее …

Имена генов ⁱ

Имя: hsaA

Информация, подобранная вручную, основанная на утверждениях в научных статьях, для которых нет экспериментальной поддержки.

Дополнительно …

Ручное утверждение, основанное на заключении в ⁱ

Цитируется по: РЕНТГЕНОВСКАЯ КРИСТАЛЛОГРАФИЯ (2.0 АНГСТРОМЫ), ФУНКЦИЯ КАК ГИДРОКСИЛАЗА, КАТАЛИТИЧЕСКАЯ АКТИВНОСТЬ, БИОФИЗИКОХИМИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА, СПЕЦИФИЧНОСТЬ СУБСТРАТА, СУБЪЕКТ.

Упорядоченные имена локусов: Rv3570c

Этот подраздел раздела Имена и таксономия содержит информацию об именах организм, являющийся источником последовательности белка.

Подробнее…

Организм ⁱ

Mycobacterium tuberculosis (штамм ATCC 25618 / h47Rv)

В этом подразделе раздела Имена и таксономия показан уникальный идентификатор, присвоенный NCBI организм-источник белка. Это называется таксономическим идентификатором или taxid.

Подробнее…

Таксономический идентификатор ⁱ

83332 [NCBI]

Этот подраздел раздела Имена и таксономия содержит происхождение таксономической иерархической классификации источника. организм. В нем перечислены узлы так, как они появляются сверху вниз в таксономическом дереве, причем более общая группировка указывается первой.

Подробнее…

Таксономическая линия ⁱ

клеточных организмов ›Бактерии› Группа террабактерий ›Актинобактерии› Актиномицеты ›Коринебактерии› Mycobacteriaceae ›Mycobacterium› Mycobacterium tuberculosis complex ›Mycobacterium tuberculosis

UP000001584
протеом UniProt может состоять из нескольких компонентов.

Название компонента относится к геномный компонент, кодирующий набор белков.
Подробнее …
Компонент ⁱ: хромосома

Сравнительная геномика обнаруживает новую генетическую организацию печального кластера в штамме GP ‘Candidatus Leucobacter sulfamidivorax’ — деструкторе сульфаниламидов | BMC Genomics

Lykidis A, Chen C-L, Tringe SG, McHardy AC, Copeland A, Kyrpides NC, et al. Множественные синтрофические взаимодействия в метаногенном консорциуме, разрушающем терефталат.ISME J. 2011; 5: 122–30. https://doi.org/10.1038/ismej.2010.125.

CAS Статья PubMed Google ученый

Wu J-H, Wu F-Y, Chuang H-P, Chen W-Y, Huang H-J, Chen S-H, et al. Сообщество и протеомный анализ метаногенных консорциумов, разлагающих терефталат. Appl Environ Microbiol. 2013; 79: 105–12. https://doi.org/10.1128/aem.02327-12.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

Джеттен М., Шмид М., ван де Пас-Шунен К., Синнинге Дамсте Дж., Строус М. Организмы Anammox: обогащение, культивирование и анализ окружающей среды. Методы Энзимол. 2005; 397: 34–57. https://doi.org/10.1016/s0076-6879(05)97003-1.

CAS Статья PubMed Google ученый

Осики М., Авата Т., Киндаичи Т., Сато Х., Окабе С. Культивирование планктонных анаэробных бактерий окисления аммония (анаммокс) с использованием мембранного биореактора.Microbes Environ. 2013; 28: 436–43. https://doi.org/10.1264/jsm2.me13077.

Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

Пономарова О., Патил КР. Метаболические взаимодействия в микробных сообществах: распутывание гордиева узла. Curr Opin Microbiol. 2015; 27: 37–44. https://doi.org/10.1016/j.mib.2015.06.014.

Артикул PubMed Google ученый

Брайант Дж., Чеваприча С., Бентли SD. Изучение механизмов эволюции бактериальных патогенов на основе полногеномных последовательностей. Future Microbiol. 2012; 7: 1283–96. https://doi.org/10.2217/fmb.12.108.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

Моран Н.А. Прослеживание эволюции потери генов у облигатных бактериальных симбионтов. Curr Opin Microbiol. 2003. 6: 512–8. https://doi.org/10.1016 / j.mib.2003.08.001.

CAS Статья PubMed Google ученый

Силва Ф.Дж., Латорре А., Моя А. Уменьшение размера генома за счет множественных событий распада гена в Бухнера APS. Тенденции Genet. 2001; 17: 615–8. https://doi.org/10.1016/s0168-9525(01)02483-0.

CAS Статья PubMed Google ученый

Pham VHT, Kim J.Выращивание некультивируемых почвенных бактерий. Trends Biotechnol. 2012; 30: 475–84. https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2012.05.007.

CAS Статья PubMed Google ученый

10.

Вартукян С.Р., Адамовска А., Лоулор М., Моацзез Р., Дьюхерст Ф. Э., Уэйд РГ. In vitro культивирование «некультивируемых» бактерий полости рта, чему способствует культивирование в сообществе и добавление в среду сидерофоров. PLoS One. 2016; 11: e0146926.https://doi.org/10.1371/journal.pone.0146926.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

11.

Стюарт Э.Дж. Выращивание некультивируемых бактерий. J Bacteriol. 2012; 194: 4151–60. https://doi.org/10.1128/jb.00345-12.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

12.

Morris BEL, Henneberger R, Huber H, Moissl-Eichinger C.Микробная синтрофия: взаимодействие для общего блага. FEMS Microbiol Rev.2013; 37: 384-406. https://doi.org/10.1111/1574-6976.12019.

CAS Статья PubMed Google ученый

13.

Виддер С., Аллен Р.Дж., Пфайффер Т., Кертис Т.П., Виуф С., Слоан В.Т. и др. Проблемы микробной экологии: построение прогнозного понимания функций и динамики сообщества. ISME J. 2016; 10: 2557–68. https://doi.org/10.1038/ismej.2016.45.

Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

14.

Мерхей В., Ройер-Карензи М., Понтаротти П., Рауль Д. Массивный сравнительный геномный анализ показывает конвергентную эволюцию специализированных бактерий. Биол Директ. 2009; 4: 13. https://doi.org/10.1186/1745-6150-4-13.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

15.

Schloss PD, Handelsman J. Метагеномика для изучения некультивируемых микроорганизмов: разрубая гордиев узел. Genome Biol. 2005; 6: 229. https: // doi.org / 10.1186 / gb-2005-6-8-229.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

16.

Jetten MSM, Cirpus I, Kartal B, van Niftrik L, van de Pas-Schoonen KT, Sliekers O, et al. 1994–2004: 10 лет исследований анаэробного окисления аммония. Biochem Soc Trans. 2005; 33: 119–23. https://doi.org/10.1042/bst0330119.

CAS Статья PubMed Google ученый

17.

Kleindienst S, Higgins SA, Tsementzi D, Chen G, Konstantinidis KT, Mack EE, et al. ‘ Candidatus Dichloromethanomonas elyunquensis’ gen. Ноябрь, sp. nov., анаэроб, разлагающий дихлорметан, из семейства Peptococcaceae . Syst Appl Microbiol. 2017; 40: 150–9. https://doi.org/10.1016/j.syapm.2016.12.001.

CAS Статья PubMed Google ученый

18.

Farag IF, Youssef NH, Elshahed MS. Паттерны глобального распространения и пангеномное разнообразие кандидата филума « Latescibacteria » (WS3).Appl Environ Microbiol. 2017; 83: e00521–17. https://doi.org/10.1128/aem.00521-17.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

19.

Youssef NH, Farag IF, Rinke C, Hallam SJ, Woyke T., Elshahed MS. In silico анализ метаболического потенциала и нишевой специализации кандидата типа « Latescibacteria » (WS3). PLoS One. 2015; 10: e0127499. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0127499.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

20.

Киндаичи Т., Цусима I, Огасавара Й., Симокава М., Одзаки Н., Сато Х. и др. In situ активность и пространственная организация анаэробных аммонийокисляющих (анаммокс) бактерий в биопленках. Appl Environ Microbiol. 2007; 73: 4931–9. https://doi.org/10.1128/aem.00156-07.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

21.

Ма Б., Бао П., Вэй Й, Чжу Г., Юань З., Пэн Ю. Подавление роста нитритокисляющих бактерий для удаления азота из бытовых сточных вод с помощью анаммокса с использованием периодической аэрации с низким содержанием растворенного кислорода. Научный доклад 2015; 5: 13048. https://doi.org/10.1038/srep13048.

Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

22.

Ли Дж.Х., Карамычев В., Козявкин С., Миллс Д., Павлов А., Павлова Н. и др. Сравнительный геномный анализ кишечной бактерии Bifidobacterium longum выявил локусов , чувствительных к делеции во время роста чистой культуры.BMC Genomics. 2008; 9: 247. https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-247.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

23.

Макарова К., Слесарев А., Вольф Ю., Сорокин А., Миркин Б., Кунин Е. и др. Сравнительная геномика молочнокислых бактерий. Proc Natl Acad Sci U S. A. 2006; 103: 15611–6. https://doi.org/10.1073/pnas.0607117103.

Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

24.

Tripp HJ. Уникальный метаболизм водных бактерий SAR11. J Microbiol. 2013; 51: 147–53. https://doi.org/10.1007/s12275-013-2671-2.

CAS Статья PubMed Google ученый

25.

Thrash JC, Temperton B, Swan BK, Landry ZC, Woyke T., DeLong EF, et al. Одноклеточная сравнительная геномика глубоководного батитипа SAR11. ISME J. 2014; 8: 1440–51. https://doi.org/10.1038/ismej.2013.243.

CAS Статья PubMed Google ученый

26.

Reis AC, Čvančarová M, Liu Y, Lenz M, Hettich T, Kolvenbach BA, et al. Биоразложение сульфаметоксазола бактериальным консорциумом Achromobacter denitrificans PR1 и Leucobacter sp. GP Appl Microbiol Biotechnol. 2018; 102: 10299–314. https://doi.org/10.1007/s00253-018-9411-9.

CAS Статья PubMed Google ученый

27.

Glupczynski Y, Hansen W, Freney J, Yourassowsky E. In vitro чувствительность Alcaligenes denitrificans subsp. xylosoxidans до 24 противомикробных агентов. Антимикробные агенты Chemother. 1988. 32: 276–8. https://doi.org/10.1128/aac.32.2.276.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

28.

Igra-Siegman Y, Chmel H, Cobbs C. Клинические и лабораторные характеристики инфекции Achromobacter xylosoxidans . J Clin Microbiol 1980; 11: 141–145. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7358838. По состоянию на 9 ноября 2018 г.

29.

Неджидат А., Саади И., Ронен З. Влияние экспрессии жгутиков на адгезию Achromobacter piechaudii к меловым поверхностям. J Appl Microbiol. 2008; 105: 2009–14. https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2008.03930.x.

CAS Статья PubMed Google ученый

30.

Morais PV, Paulo C, Francisco R, Branco R, Paula Chung A, da Costa MS. Leucobacter luti sp. nov. и Leucobacter alluvii sp.nov., два новых вида из рода Leucobacter , выделенные в условиях хромового стресса. Syst Appl Microbiol. 2006; 29: 414–21. https://doi.org/10.1016/j.syapm.2005.10.005.

CAS Статья PubMed Google ученый

31.

Sturm G, Jacobs J, Sproer C., Schumann P, Gescher J. Leucobacter chromiiresistens sp. nov., хроматорезистентный штамм. Int J Syst Evol Microbiol. 2011; 61: 956–60. https://doi.org/10.1099 / ijs.0.022780-0.

CAS Статья PubMed Google ученый

32.

Vandamme PA, Peeters C., Inganäs E, Cnockaert M, Houf K, Spilker T, et al. Таксономическое расчленение Achromobacter denitrificans Coenye et al. 2003 г. и предложение Achromobacter agilis sp. ноя, ном. Rev., Achromobacter pestifer sp. ноя, ном. Rev., Achromobacter kerstersii sp. ноя и Achromobacter deleyi sp.ноя Int J Syst Evol Microbiol. 2016; 66: 3708–17. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.001254.

CAS Статья PubMed Google ученый

33.

Команда RC. R: язык и среда для статистических вычислений. Фонд R для статистических вычислений 2015. DOI: https: //doi.org/10.1007/978-3-540-74686-7.

Google ученый

34.

Parks DH, Imelfort M, Skennerton CT, Hugenholtz P, Tyson GW.CheckM: оценка качества микробных геномов, полученных из изолятов, отдельных клеток и метагеномов. Genome Res. 2015; 25: 1043–55. https://doi.org/10.1101/gr.186072.114.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

35.

Reis AC, Kroll K, Gomila M, Kolvenbach BA, Corvini PFX, Nunes OC. Полная последовательность генома Achromobacter denitrificans PR1. Объявление о геноме. 2017; 5: e00762–17.https://doi.org/10.1128/genomeA.00762-17.

Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

36.

Lowe TM, Chan PP. tRNAscan-SE on-line: интеграция поиска и контекста для анализа генов транспортной РНК. Nucleic Acids Res. 2016; 44: W54–7. https://doi.org/10.1093/nar/gkw413.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

37.

Bowers RM, Kyrpides NC, Stepanauskas R, Harmon-Smith M, Doud D, Reddy TBK и др. Минимум информации об одном амплифицированном геноме (MISAG) и геноме, собранном в метагеноме (MIMAG) бактерий и архей. Nat Biotechnol. 2017; 35: 725–31. https://doi.org/10.1038/nbt.3893.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

38.

Хант М., Де С. Н., Отто Т. Д., Паркхилл Дж., Кин Дж. А., Харрис С. Р.. Circlator: автоматическая циркуляризация сборок генома с использованием длинных считываний секвенирования.Genome Biol. 2015; 16: 294. https://doi.org/10.1186/s13059-015-0849-0.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

39.

Гарсильан-Барсиа М.П., Франсия М.В., де Ла Крус Ф. Разнообразие конъюгативных релаксаз и его применение в классификации плазмид. FEMS Microbiol Rev.2009; 33: 657–87. https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2009.00168.x.

CAS Статья PubMed Google ученый

40.

Mareuil F, Doppelt-Azeroual O, Ménager H, Mareuil F, Doppelt-Azeroual O, Ménager H. Общедоступная платформа Galaxy в Pasteur, используемая в качестве механизма выполнения для веб-сервисов. F1000 Исследования. 2017; 6. https://doi.org/10.7490/f1000research.1114334.1.

41.

Афган Э, Бейкер Д., Батут Б., ван ден Бик М., Бувье Д., Чех М. и др. Платформа Galaxy для доступных, воспроизводимых и совместных биомедицинских анализов: обновление 2018 г. Nucleic Acids Res. 2018; 46: W537–44. https://doi.org/10.1093/nar/gky379.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

42.

Guglielmini J, Néron B, Abby SS, Garcillán-Barcia MP, de la Cruz F, EPC R. Ключевые компоненты восьми классов систем секреции типа IV, участвующих в конъюгации бактерий или секреции белка. Nucleic Acids Res. 2014; 42: 5715–27. https://doi.org/10.1093/nar/gku194.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

43.

Smillie C, Гарсиллан-Барсия MP, Francia MV, Rocha EPC, de la Cruz F. Подвижность плазмид. Microbiol Mol Biol Rev.2010; 74: 434–52. https://doi.org/10.1128/mmbr.00020-10.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

44.

Martini MC, Wibberg D, Lozano M, Torres Tejerizo G, Albicoro FJ, Jaenicke S, et al. Геномика высокомолекулярных плазмид, выделенных из системы биочистки на ферме.Научный доклад 2016; 6: 28284. https://doi.org/10.1038/srep28284.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

45.

Ресурс NCBI. Координаторы. Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации. Nucleic Acids Res. 2017; 45: D12–7. https://doi.org/10.1093/nar/gkw1071.

CAS Статья Google ученый

46.

Чун Дж., Орен А., Вентоса А., Кристенсен Х., Арахал Д.Р., да Коста М.С. и др.Предложены минимальные стандарты использования данных генома для таксономии прокариот. Int J Syst Evol Microbiol. 2018; 68: 461–6. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.002516.

CAS Статья PubMed Google ученый

47.

Stackebrandt E, Goebel BM. Таксономическое примечание: место для реассоциации ДНК-ДНК и анализа последовательности 16S рРНК в настоящем определении видов в бактериологии. Int J Syst Evol Microbiol. 1994; 44: 846–9.https://doi.org/10.1099/00207713-44-4-846.

CAS Статья Google ученый

48.

Рихтер М., Росселло-Мора Р. Изменение геномного золотого стандарта для определения видов прокариот. Proc Natl Acad Sci U S. A. 2009; 106: 19126–31. https://doi.org/10.1073/pnas.02106.

Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

49.

Konstantinidis KT, Tiedje JM.К таксономии прокариот на основе генома. J Bacteriol. 2005; 187: 6258–64. https://doi.org/10.1128/jb.187.18.6258-6264.2005.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

50.

Qin Q-L, Xie B-B, Zhang X-Y, Chen X-L, Zhou B-C, Zhou J, et al. Предлагаемая родовая граница прокариот на основе геномных данных. J Bacteriol. 2014; 196: 2210–5. https://doi.org/10.1128/jb.01688-14.

Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

51.

Гудфеллоу М., О’Доннелл АГ. Корни бактериальной систематики. В: Goodfellow M, O’Donnell AG, редакторы. Справочник по новой бактериальной систематике. Лондон: Academic Press; 1993. стр. 3–54.

Google ученый

52.

Segata N, Börnigen D, Morgan XC, Huttenhower C. PhyloPhlAn — это новый метод улучшенного филогенетического и таксономического размещения микробов. Nat Commun. 2013; 4: 2304. https://doi.org/10.1038/ncomms3304.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

53.

Шимодаира Х. Примерно беспристрастный тест выбора филогенетического дерева. Syst Biol. 2002; 51: 492–508. https://doi.org/10.1080/106351502913.

Артикул PubMed Google ученый

54.

Контрерас-Морейра Б., Винуеса П. GET_HOMOLOGUES, универсальный пакет программного обеспечения для масштабируемого и надежного анализа микробных пангеномов. Appl Environ Microbiol. 2013; 79: 7696–701. https://doi.org/10.1128/aem.02411-13.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

55.

Huerta-Cepas J, Forslund K, Coelho LP, Szklarczyk D, Jensen LJ, von Mering C, et al. Быстрая функциональная аннотация по всему геному через назначение ортологии с помощью eggNOG-mapper. Mol Biol Evol. 2017; 34: 2115–22. https://doi.org/10.1093/molbev/msx148.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

56.

Канехиса М., Сато Й., Моришима К. BlastKOALA и GhostKOALA: инструменты KEGG для функциональной характеристики последовательностей генома и метагенома.J Mol Biol. 2016; 428: 726–31. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2015.11.006.

CAS Статья PubMed Google ученый

57.

Кунин Е.В., Гальперин М.Ю. Эволюция центральных метаболических путей: игровая площадка неортологичного смещения генов. В кн .: Кунин Э.В., Гальперин М.Ю., ред. Последовательность — Эволюция — Функция: Вычислительные подходы в сравнительной геномике. Бостон: Kluwer Academic; 2003. с. 295–355. https: //www.ncbi.nlm.nih.gov/books/nbk20266/. По состоянию на 26 ноября 2018 г.

Chapter Google ученый

58.

Percudani R. Микробный метагеном ( Leucobacter sp.) В последовательностях полного генома Caenorhabditis . Bioinform Biol Insights. 2013; 7: 55–72. https://doi.org/10.4137/bbi.s11064.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

59.

Фишер Р.М., Генри Л.М., Корнуоллис К.К., Кирс ЭТ, Западная Калифорния. Эволюция зависимости между хозяином и симбионтом. Nat Commun. 2017; 8: 15973. https://doi.org/10.1038/ncomms15973.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

60.

McCutcheon JP, Moran NA. Чрезвычайное сокращение генома у симбиотических бактерий. Nat Rev Microbiol. 2012; 10: 13–26. https://doi.org/10.1038/nrmicro2670.

CAS Статья Google ученый

61.

Ран Л., Ларссон Дж., Виджил-Стенман Т., Ниландер Дж.А.А., Ининбергс К., Чжэн В.В. и др. Эрозия генома у азотфиксирующей вертикально передающейся эндосимбиотической многоклеточной цианобактерии. PLoS One. 2010; 5: e11486. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011486.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

62.

Салем Х, Флорез Л., Херардо Н., Кальтенпот М. Опыт вне тела: внеклеточное измерение для передачи мутуалистических бактерий в насекомых.Proc R Soc B Biol Sci. 2015; 282: 20142957. https://doi.org/10.1098/rspb.2014.2957.

Артикул Google ученый

63.

Chen X, Hitchings MD, Mendoza JE, Balanza V, Facey PD, Dyson PJ, et al. Сравнительная геномика факультативных бактериальных симбионтов, выделенных из европейского вида Orius , выявляет наследственную симбиотическую ассоциацию. Front Microbiol. 2017; 8: 1969. https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.01969.

Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

64.

Лавиад С., Лапидус А., Коупленд А., Редди Т., Хантеманн М., Пати А. и др. Высококачественная черновая последовательность генома Leucobacter chironomi , штамм MM2LB ^T (DSM 19883 ^T), выделенная из Chironomus sp. яичная масса. Stand Genomic Sci. 2015; 10:21. https://doi.org/10.1186/s40793-015-0003-3.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

65.

Юн Дж.Х., Чо Й-Дж, Чун Дж, Хён Д-В, Пэ Дж-В.Последовательность генома хроматорезистентной бактерии Leucobacter salsicius , тип штамм M1-8 ^T. Stand Genomic Sci. 2014; 9: 495–504. https://doi.org/10.4056/sigs.4708537.

CAS Статья PubMed Google ученый

66.

Андерссон С.Г., Курляндия CG. Редуктивная эволюция резидентных геномов. Trends Microbiol. 1998. 6: 263–8. https://doi.org/10.1016/s0966-842x(98)01312-2.

CAS Статья PubMed Google ученый

67.

Wernegreen JJ. Эволюция эндосимбионтов: предсказания теории и сюрпризы геномов. Ann N Y Acad Sci. 2015; 1360: 16–35. https://doi.org/10.1111/nyas.12740.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

68.

Дентон Дж. Ф., Луго-Мартинес Дж., Такер А. Э., Шрайдер Д. Р., Уоррен В. К., Хан М. В.. Обширная ошибка в количестве генов, выведенная из черновых сборок генома. PLoS Comput Biol. 2014; 10: e1003998.https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003998.

Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

69.

Salzberg SL. Аннотации генома следующего поколения: мы все еще пытаемся понять это правильно. Genome Biol. 2019; 20:92. https://doi.org/10.1186/s13059-019-1715-2.

Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

70.

Дейли Х.А., Дейли Т.А., Гердес С., Ян Д., Ян М., О’Брайан М.Р. и др.Биосинтез прокариотического гема: несколько путей к общему жизненно важному продукту. Microbiol Mol Biol Rev.2017; 81: e00048–16. https://doi.org/10.1128/mmbr.00048-16.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

71.

Голдман Б.С., Габберт К.К., Кранц Р.Г. Чувствительные к температуре фенотипы роста и выживания штаммов Escherichia coli cyd DC и cyd AB обусловлены дефицитом цитохрома bd и корректируются экзогенной каталазой и восстановителями.J Bacteriol 1996; 178: 6348–6351. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/88. По состоянию на 15 ноября 2018 г.

CAS Статья Google ученый

72.

Георгиу С.Д., Фанг Х., Геннис РБ. Идентификация локуса cydC , необходимого для экспрессии функциональной формы концевого оксидазного комплекса цитохрома d в Escherichia coli . J Bacteriol 1987; 169: 2107–2112. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/3032907. По состоянию на 15 ноября 2018 г.

CAS Статья Google ученый

73.

Пул Р.К., Гибсон Ф., Ву Г. Продукт гена cyd D, компонент гетеродимерного переносчика ABC, необходим для сборки периплазматического цитохрома с и цитохрома bd в Escherichia coli . FEMS Microbiol Lett. 1994; 117: 217–23. https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.1994.tb06768.x.

CAS Статья PubMed Google ученый

74.

Питтман М.С., Коркер Х., Ву Дж., Бине МБ, Мойр А.Дж., Пул Р.К. Цистеин экспортируется из цитоплазмы Escherichia coli с помощью CydDC, АТФ-связывающего переносчика кассетного типа, необходимого для сборки цитохрома. J Biol Chem. 2002; 277: 49841–9. https://doi.org/10.1074/jbc.m205615200.

CAS Статья PubMed Google ученый

75.

Питтман М.С., Робинсон ХК, Пул РК. Бактериальный переносчик глутатиона ( Escherichia coli CydDC) экспортирует восстановитель в периплазму.J Biol Chem. 2005; 280: 32254–61. https://doi.org/10.1074/jbc.m503075200.

CAS Статья PubMed Google ученый

76.

Choby JE, Skaar EP. Синтез и приобретение гема бактериальными патогенами. J Mol Biol. 2016; 428: 3408–28. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2016.03.018.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

77.

Bhuiyan MNI, Takai R, Mitsuhashi S, Shigetomi K, Tanaka Y, Kamagata Y, et al.Цинкметилфирины и копропорфирины, новые факторы роста, выделяемые Sphingopyxis sp., Позволяют культивировать в лаборатории ранее некультивируемые Leucobacter sp. через межвидовой мутуализм. J Antibiot (Токио). 2015; 69: 97–103. https://doi.org/10.1038/ja.2015.87.

CAS Статья Google ученый

78.

Takai R, Shigetomi K, Kamagata Y, Ubukata M. Механизм роста некультивируемого штамма актинобактерий Leucobacter sp.ASN212 копропорфирином цинка. Гетероциклы. 2017; 95: 145–51. https://doi.org/10.3987/com-16-s(s)31.

CAS Статья Google ученый

79.

Miethke M, Monteferrante CG, Marahiel MA, van Dijl JM. Транспортер Bacillus subtilis EfeUOB необходим для получения с высоким сродством двухвалентного и трехвалентного железа. Biochim Biophys Acta — Mol Cell Res. 1833; 2013: 2267–78. https://doi.org/10.1016/j.bbamcr.2013.05.027.

CAS Статья Google ученый

80.

Létoffé S, Heuck G, Delepelaire P, Lange N, Wandersman C. Бактерии захватывают железо из гема, сохраняя нетронутым скелет тетрапиррола. Proc Natl Acad Sci U S. A. 2009; 106: 11719–24. https://doi.org/10.1073/pnas.02106.

Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

81.

Morris JJ, Johnson ZI, Szul MJ, Keller M, Zinser ER.Зависимость Cyanobacterium Prochlorococcus от микробов, поглощающих перекись водорода, для роста на поверхности океана. PLoS One. 2011; 6: e16805. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0016805.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

82.

Beacham IR. Тихие гены у прокариот. FEMS Microbiol Lett. 1987. 46: 409–17. https://doi.org/10.1016/0378-1097(87)

-2.

CAS Статья Google ученый

83.

Laskos L, Dillard JP, Seifert HS, Fyfe JA, Davies JK. Патогенные neisseriae содержат неактивный ген rpoN и не используют промотор pilE σ54. Ген. 1998. 208: 95–102. https://doi.org/10.1016/s0378-1119(97)00664-1.

CAS Статья PubMed Google ученый

84.

Рикен Б., Колвенбах Б.А., Бергеш С., Бенндорф Д., Кролл К., Стрнад Н. и др. FMNH ₂-зависимые монооксигеназы инициируют катаболизм сульфаниламидов у Microbacterium sp.штамм BR1, питающийся сульфонамидными антибиотиками. Научный доклад 2017; 7: 15783. https://doi.org/10.1038/s41598-017-16132-8.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

85.

Велтри Д., Уайт М.М., Крауч Д.А. SimpleSynteny: веб-инструмент для визуализации микросинтении у нескольких видов. Nucleic Acids Res. 2016; 44: W41–5. https://doi.org/10.1093/nar/gkw330.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

86.

Bosdriesz E, Magnúsdóttir S, Bruggeman FJ, Teusink B, Molenaar D. Связывающие белки увеличивают удельную скорость поглощения за счет увеличения скорости встречи субстрата с переносчиком. FEBS J. 2015; 282: 2394–407. https://doi.org/10.1111/febs.13289.

CAS Статья PubMed Google ученый

87.

Тамура К., Стечер Г., Петерсон Д., Филипски А., Кумар С. MEGA6: анализ молекулярной эволюционной генетики, версия 6.0. Mol Biol Evol. 2013; 30: 2725–9.https://doi.org/10.1093/molbev/mst197.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

88.

Waterhouse A, Bertoni M, Bienert S, Studer G, Tauriello G, Gumienny R, et al. SWISS-MODEL: моделирование гомологии белковых структур и комплексов. Nucleic Acids Res. 2018; 46: W296–303. https://doi.org/10.1093/nar/gky427.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

89.

Huijbers MME, Montersino S, Westphal AH, Tischler D, van Berkel WJH. Флавинзависимые монооксигеназы. Arch Biochem Biophys. 2014; 544: 2–17. https://doi.org/10.1016/j.abb.2013.12.005.

CAS Статья PubMed Google ученый

90.

Кугель С., Баунах М., Баер П., Исида-Ито М., Сундарам С., Сюй З. и др. Скрытое гидроксилирование индола неканонической терпеноидциклазой аналогично детоксикации бактериальных ксенобиотиков. Nat Commun.2017; 8: 15804. https://doi.org/10.1038/ncomms15804.

CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

91.

Pearson WR. Введение в поиск сходства («гомологии») последовательностей. Curr Protoc Bioinforma. 2013; 42: 3.1.1–8. https://doi.org/10.1002/0471250953.bi0301s42.

Артикул Google ученый

92.

Sander C, Schneider R. База данных гомологичных белковых структур и структурного значения выравнивания последовательностей.Proteins Struct Funct Genet. 1991; 9: 56–68. https://doi.org/10.1002/prot.3400.

CAS Статья PubMed Google ученый

93.
Бенкерт П., Биазини М., Шведе Т. К оценке абсолютного качества моделей структуры отдельных белков. Биоинформатика. 2011; 27: 343–50. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq662.
CAS Статья PubMed Google ученый

94.
Рикен Б., Корвини PFX, Цихока Д., Паризи М., Ленц М., Висс Д. и др. Ipso -гидроксилирование и последующая фрагментация: новая микробная стратегия устранения сульфонамидных антибиотиков. Appl Environ Microbiol. 2013; 79: 5550–8. https://doi.org/10.1128/aem.00911-13.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

95.
Reis PJM, Reis AC, Ricken B, Kolvenbach BA, Manaia CM, Corvini PFX, et al.Биоразложение сульфаметоксазола и других сульфонамидов Achromobacter denitrificans PR1. J Hazard Mater. 2014; 280: 741–9. https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2014.08.039.
CAS Статья PubMed Google ученый

96.
Рикен Б., Феллманн О., Колер Н-ПЭ, Шеффер А., Корвини ПФ-Х, Колвенбах Б.А. Разложение сульфонамидных антибиотиков под действием Microbacterium sp. штамм BR1 — выяснение нисходящего пути.New Biotechnol. 2015; 32: 710–5. https://doi.org/10.1016/j.nbt.2015.03.005.
CAS Статья Google ученый

97.
Murray RGE, Stackebrandt E. Таксономическое примечание: реализация предварительного статуса Candidatus для не полностью описанных прокариот. Int J Syst Bacteriol. 1995; 45: 186–7. https://doi.org/10.1099/00207713-45-1-186.
CAS Статья PubMed Google ученый

98.
Константинидис К.Т., Росселло-Мора Р., Аманн Р. Не культивируемые микробы, нуждающиеся в собственной систематике. ISME J. 2017; 11: 2399–406. https://doi.org/10.1038/ismej.2017.113.
Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

99.
Команда рупий. RStudio: комплексная разработка для R. 2015. http://www.rstudio.com/.

100.
де Mendiburu F. Agricolae: статистические процедуры для сельскохозяйственных исследований. 2013.https://cran.r-project.org/package=agricolae.

101.
Schindelin J, Arganda-Carreras I, Frize E, Kaynig V, Longair M, Pietzsch T., et al. Фиджи: платформа с открытым исходным кодом для анализа биологических изображений. Нат методы. 2012; 9: 676–82. https://doi.org/10.1038/nmeth.2019.
CAS Статья Google ученый

102.
Bushnell B. Устройство выравнивания короткого чтения BBMap и другие биоинформатические инструменты. https://sourceforge.net/projects/bbmap/.По состоянию на 24 января 2019 г.

103.
Банкевич А., Нурк С., Антипов Д., Гуревич А.А., Дворкин М., Куликов А.С. и др. SPAdes: новый алгоритм сборки генома и его приложения для секвенирования отдельных клеток. J Comput Biol. 2012; 19: 455–77. https://doi.org/10.1089/cmb.2012.0021.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

104.
Boetzer M, Henkel CV, Jansen HJ, Butler D, Pirovano W. Предварительно собранные контиги для строительных лесов с использованием SSPACE.Биоинформатика. 2011; 27: 578–9. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq683.
CAS Статья PubMed Google ученый

105.
Вик Р. Поречоп. https://github.com/rrwick/Porechop. По состоянию на 24 января 2019 г.

106.
Салмела Л., Соперники Е. LoRDEC: точное и эффективное исправление ошибок длительного чтения. Биоинформатика. 2014; 30: 3506–14. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu538.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

107.
Корен С., Валенц Б.П., Берлин К., Миллер-младший, Бергман Н.Х., Филлиппи А.М. Canu: масштабируемая и точная сборка с длинным считыванием за счет адаптивного взвешивания k-mer и разделения повторов. Genome Res. 2017; 27: 722–36. https://doi.org/10.1101/gr.215087.116.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

108.
Zhang Z, Schwartz S, Wagner L, Miller W. Жадный алгоритм для выравнивания последовательностей ДНК. J Comput Biol. 2000; 7: 203–14.https://doi.org/10.1089/10665270050081478.
CAS Статья PubMed Google ученый

109.
Сович И., Шикич М., Вильм А., Фенлон С. Н., Чен С., Нагараджан Н. Быстрое и точное картирование считываний секвенирования нанопор с помощью GraphMap. Nat Commun. 2016; 7: 11307. https://doi.org/10.1038/ncomms11307.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

110.
Li H, Durbin R. Быстрое и точное согласование коротких считываний с преобразованием норроуз-уиллера. Биоинформатика. 2009; 25: 1754–60. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

111.
Уокер Б.Дж., Абил Т., Ши Т., Прист М., Абуэллиэль А., Сактикумар С. и др. Pilon: интегрированный инструмент для комплексного обнаружения вариантов микробов и улучшения сборки генома.PLoS One. 2014; 9: e112963. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0112963.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

112.
Татусова Т., ДиКуччио М., Бадретдин А., Четвернин В., Навроцкий Е.П., Заславский Л. и др. Конвейер аннотации прокариотического генома NCBI. Nucleic Acids Res. 2016; 44: 6614–24. https://doi.org/10.1093/nar/gkw569.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

113.
Бреттин Т., Дэвис Дж. Дж., Дис Т., Эдвардс Р. А., Гердес С., Олсен Дж. Дж. И др. RASTtk: модульная и расширяемая реализация алгоритма RAST для создания пользовательских конвейеров аннотации и аннотирования пакетов геномов. Научный доклад 2015; 5: 8365. https://doi.org/10.1038/srep08365.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

114.
Лю Б., Поп М. ARDB — база данных генов устойчивости к антибиотикам. Nucleic Acids Res.2009; 37 (выпуск базы данных): D443–7. https://doi.org/10.1093/nar/gkn656.
CAS Статья PubMed Google ученый

115.
Jia B, Raphenya AR, Alcock B., Waglechner N, Guo P, Tsang KK, et al. CARD 2017: расширение и модельно-ориентированное лечение всеобъемлющей базы данных по устойчивости к антибиотикам. Nucleic Acids Res. 2017; 45: D566–73. https://doi.org/10.1093/nar/gkw1004.
CAS Статья PubMed Google ученый

116.
Джонсон М, Зарецкая Я, Райцелис Ю, Мережук Ю, МакГиннис С, Мэдден ТЛ. NCBI BLAST: лучший веб-интерфейс. Nucleic Acids Res. 2008; 36 (выпуск веб-сервера): W5–9. https://doi.org/10.1093/nar/gkn201.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

117.
Оконечников К., Конеса А., Гарсия-Алькальде Ф. Qualimap 2: расширенный контроль качества нескольких образцов для данных высокопроизводительного секвенирования. Биоинформатика.2015; 32: btv566. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv566.
CAS Статья Google ученый

118.
Финн Р.Д., Коггилл П., Эберхардт Р.Й., Эдди С.Р., Мистри Дж., Митчелл А.Л. и др. База данных семейств белков Pfam: к более устойчивому будущему. Nucleic Acids Res. 2016; 44: D279–85. https://doi.org/10.1093/nar/gkv1344.
CAS Статья PubMed Google ученый

119.
Финн Р.Д., Бейтман А., Клементс Дж., Коггилл П., Эберхардт Р.Й., Эдди С.Р. и др. Pfam: база данных семейств белков. Nucleic Acids Res. 2014; 42 (выпуск базы данных): D222–30. https://doi.org/10.1093/nar/gkt1223.
CAS Статья PubMed Google ученый

120.
Marchler-Bauer A, Derbyshire MK, Gonzales NR, Lu S, Chitsaz F, Geer LY, et al. CDD: база данных сохраненных доменов NCBI. Nucleic Acids Res. 2015; 43: D222–6. https: // doi.org / 10.1093 / nar / gku1221.
CAS Статья Google ученый

121.
Percudani R. Leucobacter sp. AEAR — черновик генома https://github.com/Percud/Leucobacter. По состоянию на 24 января 2019 г.

122.
Edgar RC. MUSCLE: метод множественного выравнивания последовательностей с уменьшенной временной и пространственной сложностью. BMC Bioinformatics. 2004; 5: 113. https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-113.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

123.
Тамура К., Неи М. Оценка количества замен нуклеотидов в контрольной области митохондриальной ДНК у человека и шимпанзе. Mol Biol Evol. 1993; 10: 512–26. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040023.
CAS Статья PubMed Google ученый

124.
Цена МН, Дехал П.С., Аркин А.П. FastTree 2 — деревья приблизительно максимального правдоподобия для больших трасс. PLoS One. 2010; 5: e9490. https: // doi.org / 10.1371 / journal.pone.0009490.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

125.
Рамбаут А. ФигТри. http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/. По состоянию на 24 января 2019 г.

126.
Yoon S-H, Ha S-M, Kwon S, Lim J, Kim Y, Seo H, et al. Представляем EzBioCloud: таксономически объединенную базу данных последовательностей генов 16S рРНК и полногеномных сборок. Int J Syst Evol Microbiol. 2017; 67: 1613–7.https://doi.org/10.1099/ijsem.0.001755.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

127.
Rodriguez-R LM, Konstantinidis KT. Коллекция энвеомики: набор инструментов для специализированного анализа микробных геномов и метагеномов. PeerJ Prepr. 2016; 4: e1900v1. https://doi.org/10.7287/peerj.preprints.1900v1.
Артикул Google ученый

128.
Harris HMB, Bourin MJB, Клаэссон MJ, O’Toole PW. Филогеномика и сравнительная геномика Lactobacillus salivarius , кишечного комменсала млекопитающих. Геномика микробов. 2017; 3: e000115. https://doi.org/10.1099/mgen.0.000115.
Артикул Google ученый

129.
Moose A. Расчет POCP для двух геномов. https://figshare.com/articles/POCP_calculation_for_two_genomes/4577953/1. По состоянию на 24 января 2019 г.

130.
Kaas RS, Friis C, Ussery DW, Aarestrup FM. Оценка вариабельности генов и определение филогении 186 секвенированных различных геномов Escherichia coli . BMC Genomics. 2012; 13: 577. https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-577.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

131.
Канехиса М., Фурумичи М., Танабе М., Сато Й., Моришима К. КЕГГ: новые взгляды на геномы, пути, болезни и лекарства.Nucleic Acids Res. 2017; 45: D353–61. https://doi.org/10.1093/nar/gkw1092.
CAS Статья PubMed Google ученый

132.
Карп П., Латендресс М., Палей С., Крамменакер М., Онг К., Биллингтон Р. и др. Обновление версии 19.0 Pathway tools: программное обеспечение для информатики путей / генома и системной биологии. Краткий биоинформ. 2016; 17: 877–90. https://doi.org/10.1093/bib/bbv079.
CAS Статья PubMed Google ученый

133.
Thorvaldsdóttir H, Robinson JT, Mesirov JP. Средство просмотра интегративной геномики (IGV): высокопроизводительная визуализация и исследование данных геномики. Краткий биоинформ. 2013; 14: 178–92. https://doi.org/10.1093/bib/bbs017.
CAS Статья PubMed Google ученый

134.
Marchler-Bauer A, Bo Y, Han L, He J, Lanczycki CJ, Lu S, et al. CDD / SPARCLE: функциональная классификация белков по архитектуре подсемейных доменов. Nucleic Acids Res.2017; 45: D200–3. https://doi.org/10.1093/nar/gkw1129.
CAS Статья PubMed Google ученый

135.
Дарриба Д., Табоада Г.Л., Доалло Р., Посада Д. ProtTest 3: быстрый выбор наиболее подходящих моделей эволюции белка. Биоинформатика. 2011; 27: 1164–5. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr088.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

136.
Le SQ, Gascuel O. Улучшенная матрица замещения общих аминокислот. Mol Biol Evol. 2008; 25: 1307–20. https://doi.org/10.1093/molbev/msn067.
CAS Статья PubMed Google ученый

137.
Уилан С., Голдман Н. Общая эмпирическая модель эволюции белков, полученная из нескольких семейств белков с использованием подхода максимального правдоподобия. Mol Biol Evol. 2001; 18: 691–9. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a003851.
CAS Статья PubMed Google ученый

138.
Джонс Д. Т., Тейлор В. Р., Торнтон Дж. М.. Быстрое создание матриц данных о мутациях из белковых последовательностей. Comput Appl Biosci 1992; 8: 275–282. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1633570. По состоянию на 28 июня 2019 г.
CAS Статья Google ученый

139.
Suchard MA, Lemey P, Baele G, Ayres DL, Drummond AJ, Rambaut A.Байесовская филогенетическая и филодинамическая интеграция данных с использованием BEAST 1.10. Virus Evol. 2018; 4. https://doi.org/10.1093/ve/vey016.

140.
Rambaut A, Drummond AJ, Xie D, Baele G, Suchard MA. Апостериорное обобщение в байесовской филогенетике с использованием индикатора 1.7. Syst Biol. 2018; 67: 901–4. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy032.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

141.
Овербек Р., Олсон Р., Пуш Г. Д., Олсен Г. Дж., Дэвис Дж. Дж., Дис Т. и др.SEED и быстрое аннотирование микробных геномов с использованием технологии подсистем (RAST). Nucleic Acids Res. 2014; 42 (выпуск базы данных): D206–14. https://doi.org/10.1093/nar/gkt1226.
CAS Статья PubMed Google ученый

142.
Мидха С., Бансал К., Шарма С., Кумар Н., Патил П.П., Чаудри В. и др. Геномный ресурс бактерий, ассоциированных с семенами риса. Front Microbiol. 2016; 6: 1551. https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.01551.
Артикул PubMed PubMed Central Google ученый

143.
Леангапичарт Т., Готрет П., Нгуен Т.Т., Армстронг Н., Ролайн Дж.М. Последовательность генома Leucobacter massiliensis sp. ноя изолирован из глотки человека после поездки в хадж 2014 г. Новые микробы. Новый зараз. 2018; 21: 42–8. https://doi.org/10.1016/j.nmni.2017.10.007.
CAS Статья PubMed Google ученый

144.
Clark LC, Hodgkin J. Leucobacter musarum subsp. musarum sp. nov., subsp. nov., Leucobacter musarum subsp. japonicus subsp. nov. и Leucobacter celer subsp. astrifaciens subsp. nov., три нематопатогенных бактерии, выделенные из Caenorhabditis , с измененным описанием Leucobacter celer . Int J Syst Evol Microbiol. 2015; 65: 3977–84. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.000523.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

145.
Sun LN, Pan DD, Wu XW, Yang ED, Hua RM, Li QX. Leucobacter triazinivorans sp. nov., бактерия, разлагающая прометрин гербицида s -триазин, выделенная из ила. Int J Syst Evol Microbiol. 2018; 68: 204–10. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.002483.
CAS Статья PubMed Google ученый

146.
Abby SS, Néron B, Ménager H, Touchon M, Rocha EPC. MacSyFinder: программа для анализа геномов молекулярных систем с приложением к системам CRISPR-Cas.PLoS One. 2014; 9: e110726. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0110726.
CAS Статья PubMed PubMed Central Google ученый

147.
Мартина Киселкова, Ян Копецки, Тамаш Фелфельди, Ладислав Чермак, Марек Омелька, Женевьева Л. Грундманн, Иван Моенне-Локкоз, Маркета Сагова-Маречкова на основе прототипа генотипа микрочастицы 16 RNA, (2008 г.) выявление отобранных родов актиномицетов. Антони ван Левенгук 94 (3): 439–453.
Артикул Google ученый

148.
H. Sanguin, B. Remenant, A. Dechesne, J. Thioulouse, TM Vogel, X. Nesme, Y. Moenne-Loccoz, GL Grundmann, (2006) Потенциал таксономического микрочипа на основе 16S рРНК для анализа ризосферного воздействия кукурузы на Agrobacterium spp. и бактериальные сообщества. Прикладная и экологическая микробиология 72 (6): 4302–4312.
CAS Статья Google ученый

149.
Шредингер Л. Система молекулярной графики PyMOL. https://pymol.org/. На 24 января 2019 г. был конъюгирован с гемоцианином лимфы улитки (KLH) с малеимидным реагентом через его N-концевой цистеин (KLH-Cys-Aβ21–34; NH ₂ -KLH-C-AEDVGSNKGAIIGL-COOH).Кролика иммунизировали смесью 1: 1 (об. / Об.) Иммуногена (100-200 мкг) и полного адъюванта Фрейнда и трижды вакцинировали неполным адъювантом Фрейнда. Сыворотку очищали аффинной хоматографией против пептида Aβ _21–34, иммобилизованного на колонке с антиген-связанной сефарозой, которую затем промывали и элюировали 0,1 М глицин-HCl (pH 2,5) с последующей быстрой нейтрализацией. Все это было сделано в Агрисере (Агрисера, Вяннес, Швеция, этическое разрешение № A146–12).
Непрямой ELISA для Aβ
Планшеты MaxiSorp (Nunc, ThermoFischer, Waltham, MA, USA) покрывали в течение ночи (включенной) 0,9 пмоль / лунку иммунизирующего антигена, Aβ _21–34, другого Aβ-пептида, скремблированного Aβ только пептид или носитель в течение ночи (включенной) при 4 ° C. Были использованы следующие пептиды (Aβ _15–28, Aβ _16–24, Aβ _18–26, Aβ _21–31, Aβ _21–34, Aβ _21–35, Aβ _35–40, Aβ _37–42, Innovagen, Лунд, Швеция, Aβ _21–35; Eurogentec, Бельгия, Aβ _{1–42 скремблированный} # A-1004-1, rPeptide, Уоткинсвилл, Джорджия, США) .Большинство пептидов, используемых для покрытия, содержат N-концевой цистеин с Ahx-спейсером. Все пептиды растворяли в диметилсульфоксиде (ДМСО) и разводили в фосфатно-солевом буфере (PBS; 137 мМ NaCl, 2,7 мМ KCl, 10 мМ Na ₂ HPO ₄, 2 мМ KH ₂ PO ₄, pH 7,4). На следующий день лунки блокировали 1% (мас. / Об.) Бычьим сывороточным альбумином (BSA) в PBS в течение 1 ч при 37 ° C. Блокирующий раствор заменяли на ab338 (0,5 мкг / мл), и планшеты инкубировали в течение 30 мин при комнатной температуре (RT).Затем лунки инкубировали с конъюгированными с пероксидазой хрена (HRP) вторичными козьими антикроличьими антителами (0,125 мкг / мл; # P0448; Dako, Glostrup, Дания) в течение 30 минут при комнатной температуре. Оба антитела растворяли в 0,1% BSA в PBS. Все инкубации проводили с вращением, и между каждым этапом жидкость аспирировали, а планшеты трижды промывали PBS с 0,1% (об. / Об.) Tween-20 (PBS-T), за исключением случаев блокирования. Планшеты для ELISA проявляли с субстратом K-Blue TMB (# 331177; ANL-produkter, Швеция) при комнатной температуре в течение 5 минут, и реакцию останавливали с равным объемом 0.4 M H ₂ SO ₄. Планшеты считывали при 450 нм на спектрофотометре SpectraMax 190 и результаты анализировали с помощью программного обеспечения SoftMax Pro (Molecular Devices, Пало-Альто, Калифорния, США).
Для оценки средней аффинности антитела ab338 проводили непрямой ELISA, как описано выше, с некоторыми корректировками. Планшеты MaxiSorp покрывали KLH-Cys-Aβ _21–34 (1 нг / лунку; Innovagen, Лунд, Швеция), разведенным в PBS o.n. при 4 ° C. После блокирования планшетов лунки инкубировали с ab338 в возрастающих концентрациях (6.67 × 10 ^–12 –6,67 × 10 ^–8 M; 0,001–10 мкг / мл). Затем планшеты инкубировали с конъюгированным с HRP антителом против кролика (0,125 мкг / мл, как описано выше) и, наконец, проявили с субстратом K-Blue TMB, как описано выше. Планшеты считывали при 640 нм с помощью спектрофотометра, как описано ранее.
ELISA для конкурентного Aβ
Планшеты MaxiSorp покрывали KLH-Cys-Aβ _21–34 (1 нг / лунку) в PBS o.n. при 4 ° C. На следующий день их блокировали 1% (мас. / Об.) BSA в PBS в течение 3 часов при комнатной температуре.Между тем, конкурирующие Aβ-пептиды (Aβ _1–34, Aβ _21–34, Aβ _21–31, Aβ _21–35, Aβ _1–40, Aβ _1–42, последние два из American Peptide Company, Саннивейл, Калифорния, США) в возрастающих концентрациях (5 × 10 ^–11 –5 × 10 ^–5 М) инкубировались в течение 2 ч с антителом ab338 (3 нМ) в 0,1% БСА в PBS в лунках планшета без связывания (# 655901-GBO; Greiner Bio-One, Фриккенхаузен, Германия). Блокирующий раствор аспирировали и смесь ab338-Aβ-пептид переносили в планшеты MaxiSorp для инкубации в течение 15 минут.Затем образцы заменяли вторичным конъюгированным с HRP антителом против кролика (0,125 мкг / мл, как описано выше) в течение 1 ч инкубации. На каждом этапе пластинам позволяли вращаться, и между каждым этапом, за исключением блокировки, жидкость отсасывали и планшеты трижды промывали PBS-T. Все инкубации проводили при комнатной температуре, если не указано иное. ELISA был разработан путем инкубации с субстратом K-Blue Substrate TMB (описанным выше) и остановкой реакции с помощью H ₂ SO ₄ (0.4 М). Планшеты считывали и анализировали с помощью спектрофотометра (450 нм), как описано для непрямого ELISA.
Картирование эпитопов пептидами, синтезированными пятнами
16 Aβ-пептидов, каждый длиной 10 аминокислот с последовательными последовательностями, начинающимися с Aβ _13–22 и заканчивающимися Aβ _28–37, были ковалентно синтезированы напрямую до целлюлозного β-пептида. аланин-мембрана с N-концевым ацетилом (JPT Peptide Technologies, Берлин, Германия). Мембрану замачивали в метаноле перед инкубацией с ab338 (0.1 мкг / мл). Затем мембрану инкубировали с HRP-конъюгированными козьими антикроличьими антителами (0,16 мкг / мл, # 31460 Pierce, Thermo Fischer, Waltham, MA, USA) и проявляли с LumiGLO (# 547100, KPL, Kirkegaard & Perry Laboratories (KPL ), Гейтерсбург, США). Между каждым этапом мембрану трижды промывали забуференным трисом физиологическим раствором (100 мМ Трис, 150 мМ NaCl) с 0,1% Tween-20, но заменяли промывочным раствором LumiGLO в последних двух промывках перед нанесением раствора субстрата LumiGLO.Оптическую плотность иммунореактивных сигналов определяли с помощью программного обеспечения ImageJ (Национальный институт психического здоровья, Бетесда, Массачусетс, США).
Агрегация пептидов и β-поворот
Сворачивание белка пептидов, включая общую оценку β-поворота, α-спиральную оценку и оценку β-цепи различных Aβ-пептидов, рассчитывали с помощью программного обеспечения Tango ⁵³.
Трансгенные мыши
Трансгенные мыши со сверхэкспрессией человеческого APP, несущие арктическую (E693G) и шведскую (K670M / N671L) двойную мутацию (tgArcSwe) или только шведскую двойную мутацию (tgSwe), использовали для исследования локализации Aβ в микроглии или головном мозге. макрофаги, в дальнейшем именуемые микроглией.Гомозиготную трансгенную мышь, экспрессирующую CX3CR1-GFP (инвентарный № 005582, Jackson Laboratory, Bar Harbor, Maine, USA) ⁷⁶, разводили с гемизиготным tgSwe для получения двойной трансгенной мыши tgSwe x CX3CR1-GFP. Использование и обращение с животными было одобрено Комитетом по этике биологических исследований в Норвегии (Норвежское управление по исследованиям животных (NARA), ID: 5693, 6006 и 7240.
Мышей кормили ad libitum и содержали в стандартных условиях с 12-часовым освещением. / темный цикл ДНК из ушного хряща использовали для обнаружения трансгена с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР), как описано ранее ⁷⁷.Мышей TgArcSwe- и tgSwe умерщвляли в возрасте 12 и 18 месяцев соответственно для исследования локализации Aβ в микроглии. Вкратце, мышам давали ZRF-коктейль (золазепам; 18,7 мг / мл, тилетамин; 18,7 мг / мл ксилазина; 0,45 мг / мл; фентанил; 2,6 мкг / мл, 0,75 мл / г массы тела) или смесь кетамина ( 300 мг / кг массы тела) и медетомидин (4 мг / кг массы тела) для анестезии. Когда у мышей отсутствовали болевые рефлексы, им производили транскардиальную перфузию, декапитировали и быстро препарировали мозг.Для светового микроскопического анализа мышей перфузировали 0,9% (мас. / Об.) Физиологическим раствором и мозг фиксировали в 4% параформальдегиде (PFA) в фосфатном буфере Соренсона (SPB; 23 мМ KH ₂ PO ₄, 70 мМ Na _{). 2} HPO ₄ * 2H ₂ 0,5 мМ NaN ₃, pH 7,4) на при 4 ° C. Для ультраструктурного анализа мышей перфузировали смесью 4% PFA и 0,1% глутаральдегида в 0,1 М фосфатном буфере в течение 15 минут после промывания 2% декстрансульфатом в фосфатном буфере.
Микроскопия и иммуноокрашивание
Иммуногистохимия на уровне светового микроскопа
Для иммунофлуоресценции мозг tgArcSwe залили парафином и приготовили коронарные срезы (6 мкм). Перед иммуноокрашиванием срезы депарафинизировали путем последовательного погружения в ксилол, 96% этанол, 70% этанол и, наконец, воду. Все шаги повторяли дважды по 3 мин. Иммуноокрашивание проводили, как описано ранее ⁷⁷ с модификациями. Для визуализации Aβ и микроглии в мозге tgArcSwe срезы погружали в PBS перед извлечением антигена с помощью микроволновой обработки в цитратном буфере (25 мМ) и 70% (об. / Об.) Муравьиной кислоте (5 мин).Ткань делали проницаемой путем погружения в 0,4% Triton X-100 в PBS (об. / Об.) На 5 мин. Срезы блокировали блоком белка Dako (# X0909, Dako, Glostrup, Дания) и после этого инкубировали с первичным антителом (0,5 мкг / мл ab338, кроличьи поликлональные) в PBS-T o.n. при 4 ° C. В экспериментах с отрицательным контролем использовали только PBS-T. На следующий день срезы промывали в PBS перед инкубацией в течение 30 минут при комнатной температуре в темноте с козьими антикроличьими антителами, конъюгированными с Alexa-Fluor 488 (2 мкг / мл, # A-11034, Thermo Fischer, Waltham, USA). отдельно или в комбинации с DyLight 594, меченным Lycopersicon Esculentum Tomato Lectin (2 мкг / мл, # DL-1177, Vector Laboratories, Burlingame, CA, USA) в PBS-T.Срезы помещали в SlowFade Gold Antifade Reagent с DAPI (# S36942 Molecular Probes, ThermoFischer, Waltham, USA) и герметизировали с помощью лака для ногтей.
Мозги TgSwe и tgSwe x CX3CR1-GFP были подвергнуты криозащите путем последовательного погружения в 10%, 20% и, наконец, 30% (мас. / Об.) Сахарозы в 0,1xSPB, на каждом этапе. при 4 ° C. Коронарный срез (20 мкм) вырезали с помощью санного микротома и хранили в 10 мМ азиде натрия в 0,1xSPB. Для иммунофлуоресцентного окрашивания с помощью ab338 и CD68 (крысиное моноклональное антитело, # 137001, BioLegend, Сан-Диего, Калифорния, США) срезы помещали на предметные стекла SuperFrost Plus (# 631-9483, VWR) и обрабатывали, как описано выше, но извлечение антигена было опущено.Вслед за o.n. инкубации с CD68-антителом (1 мкг / мл) отдельно или вместе с антителом ab338 (0,5 мкг / мл), срезы промывали в PBS и инкубировали с соответствующими вторичными антителами, меченными флуорофорами Alexa в концентрации 2 мкг / мл (козье антитело против кролика связанный с Alexa Fluor 594, # A-11037 и ослиным антителом против крысы, связанным с Alexa Fluor 488, # A-21208, Thermo Fischer, Waltham, USA). При окрашивании мозга tgSwe × CX3CR1-GFP антителом к CD68 использовали ослиное антитело против крысы, связанное с Alexa Fluor 594, в концентрации 2 мкг / мл (# A-21209, Thermo Fischer, Waltham, USA).Наконец, срезы помещали в реагент ProLong Diamond Antifade с DAPI (# P36966, Molecular Probes, ThermoFischer, Waltham, USA) или контрастировали 1 мкг / мл Hoecht33432 (# BTIU40047, VWR).
Конфокальные изображения были получены с использованием конфокального микроскопа LSM 510 Meta (Zeiss) и 40- или 63-кратных масляных иммерсионных объективов. Z-суммирование было выполнено с использованием объектива 63 × с интервалами 0,4 мкм и 1,0 мкм для срезов мозга tgArcSwe и tgSwe соответственно. Флуорофоры возбуждали на длинах волн 405 нм, 488 нм и 561 нм при одинаковом размере точечного отверстия.Обнаружение флуорофоров DAPI, Alexa Fluor 488, Alexa Fluor 594 и Dylight 594 было выполнено последовательно, и изображения были объединены для определения локализации флуорофора. Инвертированный микроскоп Carl Zeiss (Axio Observer Z1), оснащенный камерой Hamamatsu ORCA Flash 4.0, применяли для получения дополнительных обычных флуоресцентных изображений. Для получения изображений с помощью DAPI, 38 HE Alexa и 63 HE кубиков красного флуоресценции с установленным временем экспозиции для различных фильтров сопоставимых срезов использовали 5-кратный флуоресцентный или 40-кратный масляный иммерсионный объектив.Вся последующая обработка изображений проводилась в программе ZEN Blue (ZEN 2012, Carl Zeiss Microscopy, Германия).
Встраивание и иммуноцитохимия для электронной микроскопии
Кусочки коры головного мозга мыши (1,0 × 0,5 × 0,5 мм ³) были вырезаны из срезов толщиной 500 мкм и заключены в Lowicryl HM 20, как описано ранее ^72,78. Криозащита и криозамещение были двумя основными этапами подготовки ткани. Криозащита осуществлялась путем погружения тканей в глюкозу с фосфатным буфером с последующим увеличением концентрации глицерина (10, 20, 30% (об. / Об.)) Перед помещением образцов ткани в жидкий пропан при -190 ° C в охлаждаемом жидким азотом устройстве KF80 ( Райхерт, Вена, Австрия).Криозамещение проводили в 0,5% уранилацетате в безводном метаноле при -90 ° C в течение 24 ч в установке для криозамещения (AFS, Reichert). Температуру постепенно повышали до -45 ° C и постепенно замещали Lowicryl HM20 метанолом. Полимеризация образцов проводилась в УФ-свете в течение 48 ч при -45 ° C.
Ультратонкие срезы (90 нм) вырезали и переносили на покрытые формваром решетки с одним отверстием и проводили мечение иммунным золотом после заливки. Вкратце, срезы инкубировали в 50 мМ глицине в забуференном Трис солевом растворе с 0.1% Trition X-100 (TBS-T), а затем 2% сывороточного альбумина человека (HSA) в TBS-T (мас. / Об.). Первичные антитела, разведенные в 2% HSA TBS-T (ab338; 1: 2000, Iba-1; 1: 500), наносили на срезы на 2 часа. Срезы дважды промывали TBS-T перед инкубацией с козьими антикроличьими антителами, связанными с частицами золота 15 нм в 2% HSA TBS-T в течение 1 часа. Для усиления контраста последовательно использовали уранилацетат (Fluorochem) и цитрат свинца. Микрофотографии были получены в цифровом виде с помощью просвечивающего электронного микроскопа (Technai 12, Hillsboro, Oregon, USA).
Статистический анализ
Программное обеспечение GraphPad Prism (версия 7.4, Graph Pad Software, La Jolla, США) применялось для статистического анализа и создания графиков. Оценка константы равновесной диссоциации (K _D) и концентрации половинного ингибирования (IC ₅₀) была сделана с помощью общей функции по одному участку и аппроксимации кривой путем адаптации результатов к сигмоидальной функции доза-ответ, соответственно.
Использование экспериментальных животных
(я)
Использование и обращение с животными было одобрено Комитетом по этике биологических исследований в Норвегии (Норвежское управление по исследованиям животных (NARA), id: 5693, 6006 и 7240).
(ii)
Все эксперименты проводились в соответствии с соответствующими инструкциями и правилами.
Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie
Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности. Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.
Настройка вашего браузера для приема файлов cookie
Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:
В вашем браузере отключены файлы cookie. Вам необходимо сбросить настройки своего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались. Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, нажмите кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
Дата на вашем компьютере в прошлом. Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie. Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie. Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.
Почему этому сайту требуются файлы cookie?
Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.
Что сохраняется в файле cookie?
Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.
Как правило, в файле cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.
% PDF-1.4 % 1 0 объект > эндобдж 10 0 obj /Заголовок / Автор /Режиссер / Ключевые слова / CreationDate (D: 20210828085726-00’00 ‘) / ModDate (D: 20081118095257Z00’00 ‘) / SPDF (1116) >> эндобдж 2 0 obj > эндобдж 3 0 obj > эндобдж 4 0 obj > эндобдж 5 0 obj > эндобдж 6 0 obj > эндобдж 7 0 объект > транслировать конечный поток эндобдж 8 0 объект > эндобдж 9 0 объект > эндобдж 11 0 объект > эндобдж 12 0 объект > эндобдж 13 0 объект > эндобдж 14 0 объект > эндобдж 15 0 объект > эндобдж 16 0 объект > эндобдж 17 0 объект > эндобдж 18 0 объект > эндобдж 19 0 объект > эндобдж 20 0 объект > эндобдж 21 0 объект > эндобдж 22 0 объект > эндобдж 23 0 объект > эндобдж 24 0 объект > эндобдж 25 0 объект > эндобдж 26 0 объект > эндобдж 27 0 объект > эндобдж 28 0 объект > эндобдж 29 0 объект > эндобдж 30 0 объект > эндобдж 31 0 объект > эндобдж 32 0 объект > эндобдж 33 0 объект > эндобдж 34 0 объект > эндобдж 35 0 объект > эндобдж 36 0 объект > эндобдж 37 0 объект > эндобдж 38 0 объект > эндобдж 39 0 объект > эндобдж 40 0 объект > эндобдж 41 0 объект > эндобдж 42 0 объект > / ProcSet [/ PDF / Text / ImageC / ImageB / ImageI] >> эндобдж 43 0 объект > транслировать х ڝ Yˮ7 +.

Как правильно принимать BCAA аминокислоты

Аминокислоты SiS BCAA Perform Powder 250 г

Как принимать BCAA в порошке

Формула аминокислот SiS BCAA Perform Powder 255

Ассортимент вкусов

Для чего нужны BCAA и как их принимать, польза и вред, отзывы

Особенности незаменимых аминокислот

Для чего нужны BCAA

Для роста мышц

В качестве источника энергии

Для синтеза глютамина

Для жиросжигания

Формы выпуска

Особенности приема BCAA

Время и частота приема в дни тренировок

Время и частота приема в дни отдыха

Дозировка

Возможные противопоказания

Содержание BCAA в продуктах питания

Отзывы о ВСАА

Правила приема спортивного питания.

BCAA 2:1:1

Ограничение аминокислот серы индуцирует π-класс экспрессии глутатион-S-трансферазы в первичных гепатоцитах крыс | Журнал питания

РЕФЕРАТ

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Материалы.

Выделение и культивирование клеток.

SDS-PAGE и иммунодетекция.

Нозерн-блоттинг.

Биохимические анализы.

Статистический анализ.

РЕЗУЛЬТАТЫ

Влияние серных аминокислот на уровень белка GST Yp.

Влияние факторов роста на экспрессию белка GST Yp.

Уровень мРНК GST Yp и активность фермента.

Изменения клеточного белка и содержания GSH.

Влияние ограничения аминокислот на экспрессию изоферментов GST.

ОБСУЖДЕНИЕ

ЦИТИРОВАННАЯ ЛИТЕРАТУРА

Сокращения

Заметки автора

HSAA> Главная> CWP

hsaA — Флавин-зависимая монооксигеназа, субъединица оксигеназы HsaA — Mycobacterium tuberculosis (штамм ATCC 25618 / h47Rv)

Непрямой ELISA для Aβ

ELISA для конкурентного Aβ

Картирование эпитопов пептидами, синтезированными пятнами

Агрегация пептидов и β-поворот

Трансгенные мыши

Микроскопия и иммуноокрашивание

Иммуногистохимия на уровне светового микроскопа

Встраивание и иммуноцитохимия для электронной микроскопии

Статистический анализ

Использование экспериментальных животных

Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Что сохраняется в файле cookie?

Добавить комментарий Отменить ответ