Протеин вики: Недопустимое название — Викисловарь

Вакцинированные от COVID-19 становятся носителями инфекции и заражают окружающих

Проверка фейков в рамках партнерства с Facebook

Пользователи соцсетей распространяют информацию о том, что вакцинированные люди становятся носителями вируса и могут заражают окружающих. «Вакцина — это биологическое оружие. В частности спайк белок — биологически активное оружие, предназначенное для распространения от человека к человеку, передаваясь от вакцинированных для заражения непривитых», — говорится в подобных сообщениях. В других постах людей призывают «держаться подальше от вакцинированных».

Однако это неправда. Вакцины от коронавируса не содержат живых вирусов, поэтому привитые люди не могут распространять заболевания. Спайк белок не может передаваться от человека к человеку.

Спайк белок, о котором упоминают в сообщениях, содержится на поверхности вируса SARS-CoV-2. Он нужен для того, чтобы вирус мог попадать внутрь клетки. Вакцины с мРНК учат клетки человеческого организма производить этот спайк-белок, чтобы заставить иммунную систему вырабатывать антитела к коронавирусу.

мРНК попадает в иммунные клетки организма и помогает им сформировать часть спайк-белка. После этого клетка отражает белок на своей поверхности, а наша иммунная система начинает реагировать на это и вырабатывать антитела к SARS-CoV-2.

Однако сам по себе спайк-белок не способен генерировать вирусы или самовоспроизводиться.

В комментарии для Factcheck.org доктор Пол Офит, член комитета по вопросам вакцин Управления по контролю за продуктами и лекарствами США, объяснил, что вакцины против COVID-19 никак не могут распространять вирус или спайк-белок.

«Это лишь один спаечный белок из вируса, и все, что он может делать, это вызвать выработку антител к нему, поэтому вы потом производите антитела к этому белку. Вы не распространяете белки, не распространяете антитела. Поэтому это не может повлиять на другого — белки не выделяются», — говорит Пол Офит.

В подобных сообщениях также ссылаются на российского профессора Александра Редько, который в интервью для сайта «ОСН» заявил, что после прививки от коронавируса человек становится носителем инфекции и «выделяет» вирус.

Это неправда: ни одна из утвержденных в большинстве стран мира вакцин от COVID-19 не содержит живой вирус. В Центрах по контролю и профилактике заболеваний США отмечают, что вакцины от COVID-19 помогают выработать иммунитет, не вызывая заболевания. Поэтому вакцинированный человек не становится носителем инфекции и не может заражать других.

«Нет доказательств того, что вакцинированные против COVID-19 могут передавать вакцины другим или что прививка одного человека может оказать негативное влияние на здоровье для других», – также заявили в Национальном институте здравоохранения США.

О компании — GeneticLab Nutrition

Geneticlab Nutrition — бренд спортивного питания для людей, занимающихся спортом и желающих следить за своим здоровьем. Успех компании пришел благодаря зарекомендовавшему себя качеству вкупе с отличным вкусом и ценой продукции. Компания с первого дня создания нацелена на удовлетворение самого требовательного и грамотного клиента.

Благодаря тому, что у Geneticlab nutrition собственное производство на базе лицензированного фармакологического предприятия, компания контролирует неизменно высокое качество продукции. Технологи в собственной лаборатории разрабатывают все более совершенные рецептуры продукции из лучших, безвредных и самых совершенных и современных компонентов. Постоянно ведется работа над вкусами, которые не оставляют равнодушными ни одного клиента компании. Цена продукции так же привлекательна для клиентов и партнеров компании, так как собственное производство и большие закупки позволяют предоставлять лучшую цену на самый качественный товар.

Ваш выбор — Geneticlab nutrition. 

• Высокое качество, безопасность, эффективность, отличный вкус, и ценовая политика — все эти пункты определяют популярность и востребованность компании на рынке спортивного питания;
  
• В отличии от конкурентов мы не используем вредных компонентох, таких как : аспартам, глютен, сахар, опасные консерванты, усилители вкуса, соль;
  
• Мы не используем компоненты для удешевления продукции, как поступают недобросовестные производители, у нас нет: пустых наполнителей, кристалической целлюлозы, сои, сахара, сухого молока;
  
• Огромное количество независимых экспертиз доказали высокое качество Geneticlab nutrition, а так же подкрепляют уверенность в бренде сотни положительных отзывов клиентов.

Выгода приобретения Geneticlab — покупатель получает питание высочайшего качества, которое превосходит даже иностранные аналоги по выгодной и привлекательной цене. Geneticlab конкурирует с премьер брендами по качеству, оставаясь в среднем ценовом диапазоне. Для партнеров сотрудничество с Geneticlab приносит выгоду, так как продукция пользуется высоколой лояльностью у клиентов, и ни когда не залеживается на полках.

Rock The Cycle — Правильный отдых и питание после занятий сайклом

Сделай массаж
Растяни и помассируй мышцы (вот пара советов, как эффективнее всего тянуться после тренировки).

Восполни запасы энергии
Интенсивные тренировки истощают запасы энергии и стимулируют выработку кортизола (регулятор углеводного обмена организма, как любезно подсказывает нам «Википедия»). Углеводы помогут выработке гликогена, но вот где взять организму протеин — вопрос (и этот вопрос — тебе). Специалисты в области спортивного питания рекомендуют смесь сывороточного протеина и казеина: поможет остановить выработку кортизола и даст мышцам возможность восстановиться.

Выпей жидкость
Помни о важном: пить важно медленно, чтобы организм мог абсорбировать жидкость. Ощущения, конечно говорят об обратном («выпить бы сейчас литра 2 сразу!»), но из этого ничего хорошего не выйдет. Заодно силу воли потренируешь.

И самое интересное — сколько займет восстановление?
Любой универсальный совет обречен изначально, но мы все же попробуем:
2 часа, если 20 минут ты зажигал в диком, неистовом темпе;
2.5 часа, если спортивный угар длился полчаса;
Более 2.5 часов, если ты представлял себя участников Олимпийских игр около 40 минут;

На этом все: тренируйся, следи за самочувствием, получай удовольствие — это если кратко пересказывать написанное выше. Если уже забыл, за что отвечает кортизол, запомни хотя бы это!) До встречи на тренировках!

по материалам bicycling.com / фото: pinterest.com;

#RockTheCycle

Page 16 — Современные тенденции

Таблица 1 - Содержание питательных веществ в зеленой массе, % на
            абсолютно сухое вещество [16].
             Культура                   АСВ  Зола   Органическое   Сырой          Сырой  Сырая         БЭВ
                                                       вещество        протеин  жир        клетчатка
             Вика яровая                24,3    8,6         91,4         21,0       2,9       25,9     41,6
             Вика озимая                22,2    11,2        88,8         25,7       3,6       23,4     36,1
             Горох посевной             15,8    8,9         91,1         18,4       3,8       28,5     40,4
             Бобы кормовые              18,3    4,9         95,1         14,8       2,2       21,3     56,8
             Горох полевой              16,7    8,4         91,6         25,1       4,8       25,1     36,6
             (пелюшка)

                   Анализ  результатов  многочисленных  исследований  показывает,  что
            величина и качество зеленой массы озимых вико-злаковых смесей зависит от
            интенсивности  и  продолжительности  продукционного  процесса  у  растений
            каждой  из  культур,  их  соотношения  и  количества  на  единицу  площади,
            показателей структуры урожайности и содержания сухого вещества в клетках
            и тканях, определяемых генотипами растений.
                   Имеются  примеры  использования  вико-ржаной  смеси  с  осени  на
            подножный  корм.  В  исследованиях  В.  А.  Михеева  (1966)  данная  смесь
            оказалась более урожайной, чем в одновидовых посевах. Урожайность озимой
            ржи составила в пределах 28,3-38,3 ц/га, ржано-виковой смеси – от 58 до 79,5
            ц/га [17].
                   Озимая вика на зеленый корм в смеси высевается не только с озимой
            рожью, но и с озимой пшеницей, тритикале, ячменем, а также озимым рапсом
            и озимой сурепицей в зависимости от зоны возделывания [18-21].
                   Проблема белка в кормах в основном решается за счет возделывания
            высокобелковых            сельскохозяйственных              растений         в      полевом
            кормопроизводстве  –  зернобобовых,  однолетних  и  многолетних  бобовых
            культур.  Среди  них  ведущее  место  занимает  вика  мохнатая  (Vicia  villosa
            Roth.),  как  единственный  бобовый  компонент  в  смеси  с  озимой  рожью,
            тритикале и озимой пшеницей для использования в качестве ранней зеленой
            массы  для  подкормки  скота,  высококачественного  зерносенажа  и
            зернофуража.
                   Питательность вегетативной массы вики мохнатой отмечена во многих
            исследованиях как отечественных, так и зарубежных авторов, проведенных в
            разное время. Установлено, что по кормовым достоинствам эта культура не
            уступает  широко  распространенным  травам,  таким  как  люцерна,  клевер,
            эспарцет и др. (таблица 2).

                   Таблица  2  –  Химический  состав  сена  (в  %)  различных  кормовых
            трав [22]
             Культура                   Вода     Протеин        Жир        ВЭВ      Клетчатка       Зола
             Вика мохнатая              16,0        22,5        2,2        28,9        25,4          5,0
             Вика яровая                16,7        19,8        2,3        28,5        34,0          9,3
             Клевер                     16,5        13,5        2,9        37,1        24,0          6,0
             Люцерна                    16,5        14,2        2,8        29,5        29,5          8,0
             Эспарцет                   16,5        13,2        2,5        30,5        28,0          7,3 
  

О нас

Optimum Nutrition – является дочерней компанией ведущего производителя сыров и продуктов питания Glanbia. Свою продукцию ON выпускает под двумя брендами – Optimum Nutrition и American Body Building – предоставляя потребителю широчайшую линейку добавок различных категорий. У компании существует четыре современных складских и производственных помещения. ON позиционирует себя, как единственную компанию на рынке спортивного питания, которая охватила все возможные категории подобной продукции. Не так важно идет ли речь о питательных батончиках и шоколадках, протеине, готовых к употреблению спортивных миксах или витаминных комплексах, минеральных и растительных добавках, Optimum Nutrition способна обеспечить покупателей любым видом продукции спортивного питания. При поддержке компании Costello’s Health Distributors и американской дистрибьюторской сети ABB Optimum Nutrition создала мощную, быструю и высококачественную распределительную сеть поставок на территории США. Вместе Optimum Nutrition, American Body Build и Costello’s Health Distributors имеют доминирующее значение в индустрии спортивного питания благодаря высокому качеству продуктов, доступных в любых специализированных магазинах, в магазинах здорового питания и в тренажерных залах.

История

Optimum Nutrition была основана в 1986 году братьями Тони и Майклом Костелло. Первоначально компания называлась как «Costello’s Health Distributors«. Предприимчивые братья быстро почувствовали возможность значительно улучшить качество и внедрить инновации в индустрии спортивного питания. Бренд Optimum Nutrition был создан для удовлетворения этих требований, и после 22-х лет успешной работы был достигнут мировой успех. Один из доказательств успеха – это бестселлер 100% Whey Gold Standard, который остается протеином №1 во всем мире на протяжении семи лет с 2005 года. Позднее братья Костелло заключили соглашение о продаже акций компании «ON» международной компании Glanbia — сырного гиганта и производителя продуктов для повседневного питания.

Миссия

Optimum Nutrition стремится выпускать продукцию самого высокого качества. Сотрудники компании прилагают максимальные усилия для того, чтобы заранее предугадать потребности клиента и удовлетворить спрос быстроразвивающегося рынка спортивного питания на инновационные продукты. Также компания стремится поддерживать высочайший уровень сервисного обслуживания.

Доступность

Компания выступает за здоровый образ жизни и абсолютно уверена, что каждый, кто занимается спортом, должен быть в состоянии обеспечить себя продукцией премиум качества. Процесс дистрибуции нашей продукции находится под полным контролем, так что каждый может удостовериться в качестве наших продуктов.

Качество

Приверженность производителя к качеству видна на протяжении всего процесса разработки продукта. Мы тщательно выбираем поставщиков, которые поставляют сырье премиум качества. Все поставщики должны предоставлять сертификат анализа для каждого сырья. Все эти сертификаты, проверяются путем случайных внутренних и независимых лабораторных испытаний. На сложнейшем оборудовании мы ищем подтверждение итогов при всех испытаниях, чистоты и силы каждого ингредиента указанного на наших этикетках. Для дальнейшего уменьшения даже малейшего шанса физических, химических и микробиологических загрязнений, мы создали и внедрили собственную программу анализа рисков в критических контрольных точек (HACCP). Специалисты по качеству делают плановые проверки по всем запасам продуктов перед поступлением на склад. Вместе, эти процедуры позволяют Optimum Nutrition постоянно производить первоклассные спортивные пищевые добавки под самым строгим контролем качества стандартов. Компания аккредитована как надлежащая производственная компания (cGMPs).

Удовлетворенность клиентов

С момента основания компании Optimum Nutrition клиенты являлись приоритетом номер один в её деятельности. Строгий контроль за качеством производства и лабораторные тесты – лишь пара важных пунктов, за которыми следят специалисты компании ради удовлетворения потенциальных и давних покупателей. В ON гордятся тем, что большинство клиентов, выбравших компанию впервые, всё чаще становятся постоянными клиентами. Вы можете быть уверены, что состав продуктов тщательно продуман и множество раз протестирован.

что это, зачем нужен, как принимать

Красивые рельефные мышцы требуют регулярного поступления в организм большого количества белка. И поможет нам с вами в этом, уважаемые покупатели, изолят сывороточного протеина.

Что он собой представляет?

Этот продукт производят путем переработки молочной сыворотки. Ее обезвоживают, чтобы образовался белковый концентрат, который затем пропускают через микрофильтры для удаления лактозы и жира. Чем отличается изолят от обычного протеина: он тщательно очищен от других веществ и калорийность его сравнительно мала. А вот питательная ценность высока: чтобы получить столько же белка, сколько из 100 г изолята, необходимо съесть 400 г куриного филе, либо 600 г творога, либо 14 яиц.

Достоинства продукта

Изолят сывороточного протеина благодаря очищенному составу очень быстро усваивается, а поэтому является практически идеальным строительным материалом для мышц. Эта особенность позволяет результативно использовать его как в спортивном питании, так и в программах похудения.

Кроме того, изолят протеина оказывает положительное влияние на здоровье человека в целом, а именно:

• помогает справляться со стрессом;
• способствует производству серотонина – гормона радости;
• благотворно воздействует на работу печени;
• помогает понизить кровяное давление.

Как правильно принимать изолят

В программах похудения его используют вместо одного приема пищи: две столовые ложки изолята сывороточного протеина размешивают в 0,5 л воды, нежирного молока или кефира. Это позволяет снизить суточное количество потребляемых калорий. Принимать белок следует вместе с витаминно-минеральными комплексами, которые способствуют активизации обменных процессов, и аминокислотами – они предотвращают уменьшение мышечной массы.

В спортивных целях изолят протеина употребляют после тренировки, когда мускулы особенно нуждаются в строительном материале. Отличных результатов можно достичь, если одновременно принимать витамины-минералы и BCAA – комплекс аминокислот, стимулирующих выработку организмом собственного белка. Для улучшения выносливости и мышечной силы добавляют креатин.
Обратите внимание: быстрое усвоение белковых веществ может вызвать обострение хронических почечных заболеваний. Для людей с подобными недугами необходим изолят не сывороточного, а соевого протеина.

Что найдется в ассортименте «Фитомаркета Эвалар»?

Наш магазин предлагает вам, дорогие покупатели, продукцию от известных производителей – QNT, SteelPower, VPLab Nutrition. Их изолят протеина отличается действительно высокой степенью очистки.
Все товары имеют российские и международные сертификаты (в том числе ISO), а качество БАД также отвечает требованиям стандарта GMP.

В КАТАЛОГ — ИЗОЛЯТ ПРОТЕИНА ВСЕХ ПРОИЗВОДИТЕЛЕЙ

Оранжевый каротиноид-протеин — Вики

Оранжевый каротиноид-протеин (ОКП) — водорастворимый протеин, который у различных цианобактерий служит белком-тушителем, уменьшающим на интенсивном свету передачу энергии от фикобилисом к хлорофиллу в пигментном аппарате фотосинтеза у цианобактерий^[1]. Это единственный из известных фотоактивных белков, в котором в качестве фоточувствительных хромофоров используются каротиноиды. Белок состоит из двух доменов, между которыми нековалентно закреплена единственная молекула кето-каротиноида. Это очень эффективный тушитель энергии возбуждения, поглощённой основным светособирающим антенным комплексом цианобактерий — фикобилисомами. Тушение происходит под действием сине-зеленого света. ОКП также способен предотвращать окислительное повреждение, осуществляя тушение энергии возбуждения синглетного кислорода (¹O₂).

История

ОКП был впервые описан в 1981 году Холтом и Крогманном, которые изолировали его из цианобактерии Arthrospira maxima^[2]. Функции белка оставались не ясны вплоть до 2006 года. Пространственная структура ОКП была получена в 2003 году. Из неё следовало, что белок является эффективным тушителем синглетного кислорода^[3]. В 2000 году было показано, что цианобактерии могут осуществлять фотозащитное тушение флуоресценции независимо от фазового перехода мембраны, перепада трансмембранного рН и температуры^[4]. Спектр действия процесса тушения указывал на причастность каротиноидов^[5], а конкретное участия ОКП было позже продемонстрировано Д. Кириловски и коллегами в 2006 году^[6]. В 2008 было показано, что для осуществления фотозащитной функции оранжевый каротиноид-протеин должен быть активирован сильным сине-зелёный светом^[7].

Физиологическое значение

Долгое время цианобактерии считались неспособными к нефотохимическому тушению, вместо этого предполагалось, что они полагаются на механизм перераспределения энергии между двумя фотосинтетические реакционными центрами, ФСII и ФСI, известный как механизм «переходных состояний»^[8].

Оранжевый каротиноид-протеин присутствует в большинстве геномов цианобактерий^[1] и обладает невероятно консервативной первичной структурой, что по-видимому объясняется важностью такой аминокислотной последовательности для сохранения функции протеина. Мутантные клетки с делетированным ОКП выцветали на ярком свету^[6], а их фотоингибирование под действием вспышек света наступает быстрее^[9]. В условиях недостатка питательных веществ, что является нормой в морских местообитаниях, механизм фотозащиты, такой как ОКП, становится важным даже при низкой освещённости^[10].

Этот белок не обнаружен в хлоропластах, и по-видимому характерен только для цианобактерий.

Функция

Фотоактивация

При освещении зелёно-голубым светом оранжевый каротиноид-протеин переключается из оранжевой формы (ОКП^О) в красную (ОКП^R). Возврат ОКП^R в ОКП^О не зависит от освещения и медленно, самопроизвольно происходит в темноте. Обратимость процесса в клетках обеспечивает низкомолекулярный (13 кДа) белок, FRP (англ. Fluorescence recovery protein). ОКП^О считается темновой, стабильной формой этого белка, она не способствует тушению фикобилисом, а вот форма ОКП^R активна и участвует в этом процессе. Переход из оранжевой в красную форму происходит на свету и идёт с низкой эффективностью (очень низкий квантовый выход). Такой механизм даёт возможность белку быть активным только при высокой освещённости; в противном случае нефотохимическое тушение, осуществляемое белком, мешало бы фотосинтезу в условиях низкого освещения.

Тушение

Снижение флуоресценции свидетельствует, что красная форма ОКП рассеивает поглощённую фикобилисомами энергию света (энергию возбуждения). Согласно измерениям, при активации ОКП около 30-40 % энергии, поглощаемой фикобилисомами не достигает реакционных центров^[11]. Точный механизм тушения и сайты связывания каротиноидов и фикобилисом по-прежнему остаются не известными. Известно что линкерный полипептид ApcE в аллофикоцианиновом ядре фикобилисом важен для этого процесса^[6][12], но он не является сайтом тушения^[13]. Различные доказательства указывают на то, что тушению подвергается полоса флуоресценции аллофикоцианинового ядра с длинной волны в 660 нм^[11][13][14]. Температурная зависимость скорости тушения флуоресценции похожа на кривую сворачивания оранжевого каротиноид-протеина^[15], что поддерживает гипотезу о том, что ОКП^О слегка денатурирует, когда превращается в ОКП^R.

Тушение синглетного кислорода

Кроме всего прочего ОКП способен тушить синглетный кислород при облучении сильным оранжево-красным светом, когда он не может фотоактивироваться и выполнять свою фотозащитную функцию тушения фикобилисом^[16]. Это факт весьма существенен, поскольку все оксигенные фототрофы имеют определённый риск окислительного повреждения синглетным кислородом (¹О₂), который вырабатывается, когда их собственные светособирающего пигменты действуют как фотосенсибилизаторы^[17].

Структура

Трёхмерная структура

Трехмерные структуры ОКП (в форме ОКП^О) была расшифрована в 2003 году, до того как стала понятна его фотозащитная функция^[3]. Этот белок весом в 35 кДа состоит из двух структурных доменов: полностью α-спирального N-концевого домена, построенного из двух чередующихся четырёхспиральных пучков, и смешанного α/β С-концевого домена. Два домена соединены длинным пептидным линкером. На трёхмерной структуре ОКП^О каротиноиды пересекают оба домена, которые у этой формы белка тесно связаны между собой.

Белок-белковые взаимодействия

Оранжевый каротиноид-протеин участвует в ключевых белок-белковых взаимодействях, которые имеют решающее значение для его фотозащитной функции. Активированная форма ОКП^R связывается c aллофикоцианиновым ядром и инициирует механизм тушения. Другой белок, FRP, взаимодействует с C-концевым доменом ОКП^R и катализирует реакцию превращения его обратно в ОКП^О форму^[18]. Поскольку ОКП^О не может связываться с фикобилисомами, FRP может эффективно отсоединять ОКП от светособирающих комплексов и восстанавливать их способность к передачи энергии света в реакционные центры.

Гены

Первичная структура (аминокислотная последовательность) очень консервативна среди различных ОКП, а ген белка на бактериальной хромосоме, как правило, расположен в соседнем локусе с белком FRP^[1]. Довольно часто рядом расположены гены, ответственные за биосинтез кетокаротиноидов. Такие консервативные функциональные связи подчеркивают эволюционное значение механизма фотозащиты основанного на ОКП для многих цианобактерий.

Существует также множество эволюционно-родственных генов, которые кодируют белки состоящие только из одного из двух доменов, характерных для ОКП. N-концевой домен, Carot_N, встречается только у цианобактерий, но проявляет значительный уровень дупликации. С-концевой домен гомологичен широко распространённому суперсемейству NTF2, все члены которого обладаю укладкой аналогичной белку NTF2 (фактор ядерного транспорта 2), а также примерно 20 другим белковым подсемействам с разнообразными функциями: лимонен-1,2-эпоксидгидролазы, SnoаL-полекетидциклазы и дельта-5-3-кетостероидизомеразы. Большинство если не все члены суперсемейства NTF2 образуют олигомеры, часто используя поверхность бета-листа, чтобы взаимодействовать друг с другом и другими белками.

Практические применения

Растворимость в воде вместе со статусом единственного известного фотоактивного белка, содержащего каротиноиды, делает ОКП ценной моделью для изучения энергетических и фотофизических свойств каротиноидов в растворах. Кроме того, каротиноиды широко известны как антиоксиданты, и таким образом белок может служить упаковкой для доставки каротиноидов в организм в лечебных целях.

Благодаря высокой эффективности тушения флуоресценции в сочетании с низким квантовым выходом фотоактивации с помощью специфических длин волны света, ОКП обладает всеми качествами идеального фотопереключателя, в связи с чем было предложено его использование в качестве новой системы для развивающихся оптогенетических технологий^[1]. В будущем он может получить и другие применения в оптофлюидике и биофотонике.

См. также

Примечания

1. ↑ ^{1 2 3 4} Kirilovsky Diana, Kerfeld Cheryl A. The Orange Carotenoid Protein: a blue-green light photoactive protein (англ.) // Photochemical and Photobiological Sciences (англ.)русск. : journal. — 2013. — Vol. 12, no. 7. — P. 1135—1143. — ISSN 1474-905X. — doi:10.1039/c3pp25406b. — PMID 23396391.
2. ↑ Kay Holt, Thomas Krogmann, David W. A carotenoid-protein from cyanobacteria (англ.) // Biochimica et Biophysica Acta (англ.)русск. : journal. — 1981. — Vol. 637, no. 3. — P. 408—414. — ISSN 0005-2728. — doi:10.1016/0005-2728(81)90045-1.
3. ↑ ^{1 2} Kerfeld, Cheryl A; Sawaya, Michael R; Brahmandam, Vishnu; Cascio, Duilio; Ho, Kwok Ki; Trevithick-Sutton, Colleen C; Krogmann, David W; Yeates, Todd O. The Crystal Structure of a Cyanobacterial Water-Soluble Carotenoid Binding Protein (англ.) // Structure : journal. — 2003. — Vol. 11, no. 1. — P. 55—65. — ISSN 0969-2126. — doi:10.1016/S0969-2126(02)00936-X. — PMID 12517340.
4. ↑ El Bissati K. Delphin E. Murata N. Etienne A.-L. Kirilovsky D. Photosystem II fluorescence quenching in the cyanobacterium Synechocystis PCC 6803: involvement of two different mechanisms (англ.) // Biochimica et Biophysica Acta (англ.)русск. : journal. — 2000. — Vol. 1457, no. 3. — P. 229—242. — ISSN 0005-2728. — doi:10.1016/S0005-2728(00)00104-3.
5. ↑ Rakhimberdieva =Marina G. Stadnichuk Igor N. Elanskaya Irina V. Karapetyan Navassard V. Carotenoid-induced quenching of the phycobilisome fluorescence in photosystem II-deficient mutant of Synechocystis sp. (англ.) // FEBS Letters (англ.)русск. : journal. — 2004. — Vol. 574, no. 1—3. — P. 85—88. — ISSN 0014-5793. — doi:10.1016/j.febslet.2004.07.087.
6. ↑ ^{1 2 3} Wilson A., Ajlani G., Verbavatz J.M., Vass I., Kerfeld C.A., Kirilovsky D. A soluble carotenoid protein involved in phycobilisome-related energy dissipation in cyanobacteria. (англ.) // The Plant Cell : journal. — 2006. — Vol. 18, no. 4. — P. 992—1007. — doi:10.1105/tpc.105.040121. — PMID 16531492.
7. ↑ Wilson A., Punginelli C., Gall A., Bonetti C., Alexandre M., Routaboul J.M., etal. A photoactive carotenoid protein acting as light intensity sensor. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2008. — Vol. 105, no. 33. — P. 12075—12080. — doi:10.1073/pnas.0804636105. — PMID 18687902.
8. ↑ Biggins John, Bruce Doug. Regulation of excitation energy transfer in organisms containing phycobilins (англ.) // Photosynthesis Research : journal. — 1989. — Vol. 20, no. 1. — P. 1—34. — ISSN 0166-8595. — doi:10.1007/BF00028620.
9. ↑ Boulay Clémence, Abasova Leyla, Six Christophe, Vass Imre, Kirilovsky Diana. Occurrence and function of the orange carotenoid protein in photoprotective mechanisms in various cyanobacteria (англ.) // Biochimica et Biophysica Acta (англ.)русск. : journal. — 2008. — Vol. 1777, no. 10. — P. 1344—1354. — ISSN 0005-2728. — doi:10.1016/j.bbabio.2008.07.002.
10. ↑ Wilson A. Boulay C. Wilde A. Kerfeld C. A. Kirilovsky D. Light-Induced Energy Dissipation in Iron-Starved Cyanobacteria: Roles of OCP and IsiA Proteins (англ.) // THE PLANT CELL ONLINE : journal. — 2007. — Vol. 19, no. 2. — P. 656—672. — ISSN 1040-4651. — doi:10.1105/tpc.106.045351. — PMID 17307930.
11. ↑ ^{1 2} Rakhimberdieva Marina G. Elanskaya Irina V. Vermaas. Carotenoid-triggered energy dissipation in phycobilisomes of Synechocystis sp. PCC 6803 diverts excitation away from reaction centers of both photosystems (англ.) // Biochimica et Biophysica Acta (англ.)русск. : journal. — 2010. — Vol. 1797, no. 2. — P. 241—249. — ISSN 0005-2728. — doi:10.1016/j.bbabio.2009.10.008.
12. ↑ Rakhimberdieva Marina G. Vavilin Dmitrii V. Vermaas Wim F.J. Elanskaya; Irina V. Karapetyan Navassard V. Phycobilin/chlorophyll excitation equilibration upon carotenoid-induced non-photochemical fluorescence quenching in phycobilisomes of the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 (англ.) // Biochimica et Biophysica Acta (англ.)русск. : journal. — 2007. — Vol. 1767, no. 6. — P. 757—765. — ISSN 0005-2728. — doi:10.1016/j.bbabio.2006.12.007.
13. ↑ ^{1 2} Jallet D., Gwizdala M., Kirilovsky D. ApcD, ApcF and ApcE are not required for the Orange Carotenoid Protein related phycobilisome fluorescence quenching in the cyanobacterium Synechocystis PCC 6803. (англ.) // Biochimica et Biophysica Acta (англ.)русск. : journal. — 2012. — Vol. 1817, no. 8. — P. 1418—1427. — doi:10.1016/j.bbabio.2011.11.020. — PMID 22172739.
14. ↑ Kuzminov F.I. Bolychevtseva Yu.V. Elanskaya I.V. Karapetyan N.V. Effect of APCD and APCF subunits depletion on phycobilisome fluorescence of the cyanobacterium Synechocystis PCC 6803 (англ.) // Journal of Photochemistry and Photobiology (англ.)русск. : journal. — 2014. — Vol. 133. — P. 153—160. — ISSN 1011-1344. — doi:10.1016/j.jphotobiol.2014.03.012.
15. ↑ Rakhimberdieva Marina G. Bolychevtseva Yulia V. Elanskaya Irina V. Karapetyan Navassard V. Protein–protein interactions in carotenoid triggered quenching of phycobilisome fluorescence in Synechocystis sp. PCC 6803 (англ.) // FEBS Letters (англ.)русск. : journal. — 2007. — Vol. 581, no. 13. — P. 2429—2433. — ISSN 0014-5793. — doi:10.1016/j.febslet.2007.04.056.
16. ↑ Sedoud A., López-Igual R., Ur Rehman A., Wilson A., Perreau F., Boulay C., etal. The Cyanobacterial Photoactive Orange Carotenoid Protein Is an Excellent Singlet Oxygen Quencher. (англ.) // The Plant Cell : journal. — 2014. — Vol. 26, no. 4. — P. 1781—1791. — doi:10.1105/tpc.114.123802. — PMID 24748041.
17. ↑ Krieger-Liszkay Anja, Fufezan Christian, Trebst Achim. Singlet oxygen production in photosystem II and related protection mechanism (англ.) // Photosynthesis Research : journal. — 2008. — Vol. 98, no. 1—3. — P. 551—564. — ISSN 0166-8595. — doi:10.1007/s11120-008-9349-3. — PMID 18780159.
18. ↑ Sutter, M.; Wilson, A.; Leverenz, R. L.; Lopez-Igual, R.; Thurotte, A.; Salmeen, A. E.; Kirilovsky, D.; Kerfeld, C. A. Crystal structure of the FRP and identification of the active site for modulation of OCP-mediated photoprotection in cyanobacteria (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2013. — Vol. 110, no. 24. — P. 10022—10027. — ISSN 0027-8424. — doi:10.1073/pnas.1303673110.

Simple English Wikipedia, бесплатная энциклопедия

Белки — это длинноцепочечные молекулы, построенные из небольших единиц, известных как аминокислоты. Они соединены вместе пептидными связями.

Это биохимические соединения, состоящие из одного или нескольких полипептидов, свернутых в круглую или волокнистую форму. ^[1]

Полипептид представляет собой одну линейную полимерную цепь аминокислот. Последовательность аминокислот в полипептиде происходит из последовательности ДНК гена. ^[2] Генетический код определяет 20 стандартных аминокислот. Вскоре после синтеза некоторые аминокислоты химически модифицируются. Это изменяет укладку, стабильность, активность и функцию белка. Иногда к белкам присоединены непептидные группы в качестве кофакторов.

Белки необходимы всем клеткам. Как и другие биологические макромолекулы (полисахариды и нуклеиновые кислоты), белки принимают участие практически во всех процессах в клетках:

1. Многие белки представляют собой ферменты, которые катализируют (помогают происходить) биохимические реакции и жизненно важны для обмена веществ.
2. Другие белки выполняют структурные или механические функции, например, в мышцах и клетках. Цитоскелет — это система каркаса, которая сохраняет форму клетки.
3. Другие белки важны для передачи сигналов, иммунных ответов и деления клеток

Белки образуются с помощью процесса, называемого «Синтез белка». В этом процессе клетка считывает генетическую информацию ДНК и переводит ее в белок. У эукариот этот процесс начинается в ядре и заканчивается на рибосоме.У прокариот все это происходит в цитоплазме. Общая концепция одинакова для всех живых существ.

Белки выполняют разные функции в зависимости от их формы. Их можно найти в мясе или мышцах. Они используются для роста и восстановления, а также для укрепления костей. Они помогают создавать ткани и клетки. Они есть у животных, растений, грибов, бактерий, а также в организме человека.

Мышцы содержат много белка.Когда белок переваривается, он расщепляется на аминокислоты. Затем эти аминокислоты можно использовать для создания нового белка. Белки составляют важную часть таких продуктов, как молоко, яйца, мясо, рыба, бобы, шпинат и орехи. Есть четыре фактора, которые определяют, что будет делать белок. Первый — это порядок аминокислот. Есть 20 различных типов аминокислот. Во-вторых, маленькие изгибы цепи. Третий — как складывается вся конструкция. Четвертый — состоит ли он из разных подразделений.Например, молекулы гемоглобина состоят из четырех субъединиц.

Повреждающие мутации [изменить | изменить источник]

Большинство белков являются ферментами, и мутации могут замедлить или остановить их работу. 50% случаев рака у человека вызваны мутациями в супрессоре опухоли p53. ^{[3] [4]} p53 — это белок, регулирующий деление клеток. ^[5]

Незаменимые аминокислоты [изменить | изменить источник]

Белки необходимы в рационе животных, поскольку животные не могут вырабатывать все необходимые им аминокислоты (они могут вырабатывать их большую часть).Они должны получать определенные аминокислоты из пищи. Их называют незаменимыми аминокислотами . В процессе пищеварения животные расщепляют проглоченный белок на свободные аминокислоты. Затем аминокислоты используются в метаболизме для создания ферментов и структур, необходимых организму.

Существует девять незаменимых для человека аминокислот, которые получают с пищей. Девять незаменимых аминокислот: гистидин, изолейцин, лейцин, лизин, метионин, фенилаланин, треонин, триптофан и валин. ^[6] Мясо содержит все необходимые человеку незаменимые аминокислоты; большинство растений этого не делают. Однако употребление в пищу смеси растений, таких как арахисовое масло пшеницы и или рисовые бобы и , обеспечивает все необходимые незаменимые аминокислоты. Соевые продукты, такие как тофу, содержат все незаменимые аминокислоты, как и киноа, но это не единственный способ получить необходимый человеку белок.

Ученый Йонс Якоб Берцелиус дал белкам название ^[7] , но многие другие ученые изучали белки.

• Белок из Гарвардской школы общественного здравоохранения

Веб-сервер аннотированных белковых взаимодействий человека для помощи в открытии функции белков

Abstract

Белковые взаимодействия (ИПП) лежат в основе биологических функций. Знание взаимодействия белка может помочь понять его молекулярную функцию и его связь с различными биологическими процессами и путями. Несколько общедоступных баз данных предоставляют исчерпывающую информацию об отдельных белках, например об их последовательности, структуре и функциях.Существуют также базы данных, которые созданы исключительно для предоставления ИЦП путем их сбора из опубликованной литературы. Информация, представленная на этих веб-ресурсах, ориентирована на белок, а не на ИЦП. PPI обычно представлены в виде списков взаимодействий данного гена со ссылками на взаимодействующих партнеров; они не дают исчерпывающего представления о природе обоих белков, участвующих во взаимодействиях. Веб-база данных, позволяющая осуществлять поиск и извлечение на основе биомедицинских характеристик ИЦП, отсутствует и необходима.Мы представляем Wiki-Pi (читай Wiki-π), веб-интерфейс к базе данных человеческих ИЦП, который позволяет пользователям извлекать взаимодействия по их биомедицинским атрибутам, таким как их связь с болезнями, путями, лекарствами и биологическими функциями. Каждый извлеченный PPI показан рядом с аннотациями обоих белков-участников, что создает основу для гипотезы о биологической функции, которой способствует взаимодействие. По сути, это поисковая машина для PPI, аналогичная PubMed для научной литературы.Его полезность для создания новых научных гипотез продемонстрирована путем изучения IGSF21, малоизвестного гена, который недавно был идентифицирован как связанный с диабетической ретинопатией. Используя Wiki-Pi, мы делаем вывод, что его связь с диабетической ретинопатией может быть опосредована через его взаимодействия с генами HSPB1, KRAS, TMSB4X и DGKD, и что он может участвовать в клеточном ответе на внешние стимулы, организации цитоскелета и регуляции молекулярной активности. . Веб-сайт также предоставляет вики-подобные возможности, позволяющие пользователям описывать или обсуждать взаимодействие.Wiki-Pi доступен публично и бесплатно по адресу http://severus.dbmi.pitt.edu/wiki-pi/.

Образец цитирования: Orii N, Ganapathiraju MK (2012) Wiki-Pi: веб-сервер аннотированных белковых взаимодействий человека для помощи в открытии функции белков. PLoS ONE 7 (11): e49029. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0049029

Редактор: Питер Чермели, Университет Земмельвейса, Венгрия

Поступила: 16.06.2012; Одобрена: 3 октября 2012 г .; Опубликовано: 28 ноября 2012 г.

Авторские права: © 2012 Ории и Ганапатхираджу.Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Финансирование: Эта работа была поддержана грантом Biobehavioral Research Awards for Innovative New Scientists (BRAINS) Национального института психического здоровья Национального института здравоохранения США (номер гранта MH094564, предоставленный MG).Информацию о гранте можно просмотреть на http://projectreporter.nih.gov/project_info_results.cfm?aid=8304920&icde=12774120. Финансирующие организации не играли никакой роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.

Конкурирующие интересы: Авторы заявили об отсутствии конкурирующих интересов.

Введение

Аннотации белков, такие как их последовательность, структура, взаимодействия и функции или их связь с заболеваниями и лекарствами, предоставляются рядом баз данных в Интернете, таких как Uniprot [1], HPRD [2], Gene Cards [3], Онтология генов [4], KEGG [5], PDB [6], OMIM [7] и REACTOME [8].Некоторые базы данных, такие как BioGRID [9], STRING [10], DIP [11], MINT [12], InnateDB [13] и IntAct [14], разработаны исключительно для предоставления информации о межбелковых взаимодействиях (PPI)). Эти базы данных PPI предоставляют ценный ресурс, отслеживая экспериментально известные взаимодействия, и стали золотым стандартом источников данных для ряда биоинформатических исследований, таких как прогнозирование белок-белковых взаимодействий и функций белков, приоритезация генов и другие исследования системной биологии.Вкладом большинства этих веб-сайтов является представление наборов данных, которые тщательно собираются кураторами из литературы. Напротив, краудсорсинговая модель для создания аннотаций белков была исследована WikiGenes [15]. Подобно Википедии, пользователи могут совместно создавать, редактировать и обновлять статьи на сайте. Таким образом, вместо небольшой группы создателей исследователи со всего мира могут внести свой вклад в эту базу знаний. Тем не менее, все эти веб-ресурсы данных обеспечивают генно-ориентированное представление о взаимодействиях.То есть «центральными игроками» этих баз данных являются гены, а не взаимодействия. В большинстве этих веб-ресурсов взаимодействия представлены просто в виде списков по отношению к конкретному белку, и любая информация о взаимодействиях, если таковая предоставляется, относится к типу взаимодействия или экспериментальному методу или публикации, в которой сообщается об указанном взаимодействии. Хотя информация о существовании взаимодействия между двумя белками полезна сама по себе, она может быть недостаточной с точки зрения биомедицинского исследователя.Биомедицинские исследователи часто имеют один или несколько белков, которые они изучают подробно, и для изучения взаимодействий этих белков требуются подробные аннотации о взаимодействующих партнерах, чтобы определить взаимодействие, имеющее отношение к их исследованию, а именно взаимодействие, которое потенциально может привести к для дальнейших экспериментов в собственной лаборатории.

В настоящее время не существует поисковой системы, которая позволяла бы извлекать ИЦП по их биомедицинским ассоциациям. Существующие базы данных в первую очередь позволяют пользователю искать взаимодействия по символу гена или другим широко используемым идентификаторам, будь то имя белка / гена, идентификатор гена Entrez или идентификатор Ensembl.Однако биологи, специализирующиеся на изучении определенного заболевания или пути, могут быть заинтересованы в выявлении взаимодействий, связанных с этим заболеванием или путем, а не с одним геном. Например, исследователь, изучающий диабет, не может определить ИПП, связанные с диабетом, с использованием любой из существующих баз данных по ИПП (хотя иногда могут существовать специализированные базы данных для нескольких хорошо изученных заболеваний). InnateDB и IntAct предоставляют функции поиска, и пользователи могут искать PPI по экспериментальным деталям, но не по биомедицинским атрибутам белков.

PPI могут способствовать открытию биологической функции гена. Примером, где PPI внесли свой вклад в открытие функции гена, является Disrupted in Schizophrenia 1 (DISC1), новый белок, открытый в 2000 году, у человека неизвестный гомолог. Было установлено, что DISC1 связан с шизофренией; хотя он имеет хорошо охарактеризованные белковые домены, такие как домены спиральной спирали, домены лейциновой застежки-молнии, а также сигналы ядерной локализации и экспорта, ничего не было сделано относительно его функции [16], [17].Чтобы понять функцию DISC1, были определены PPI с использованием дрожжевой 2-гибридной технологии [18], [19]. Доступность этого «DISC1-интерактома» привела к большому количеству исследований, которые пришли к выводу о связи DISC1 с передачей сигналов цАМФ, удлинением аксонов и миграцией нейронов, и ускорили исследования, относящиеся к шизофрении в целом и DISC1 в частности [20]. Поэтому полезно иметь веб-ресурс PPI, который отображает не только символы взаимодействующих партнеров, но и исчерпывающую информацию о том, что взаимодействующие партнеры гена могут рассказать о самом гене.

Мы разработали веб-ресурс Wiki-Pi, который решает указанные выше проблемы. Он предоставляет эффективные средства для поиска и извлечения интересующих взаимодействий и отображает полученные взаимодействия с аннотациями их биомедицинских ассоциаций, чтобы сделать возможным дальнейшие открытия. Поиск взаимодействий может осуществляться путем указания биологических и связанных с заболеванием аннотаций генов. Wiki-Pi предоставляет исходную информацию, необходимую для открытия функций генов, легко представляя аннотации гена под рукой, а также аннотации его взаимодействующих партнеров.Кроме того, Wiki-Pi способствует созданию знаний с помощью краудсорсинга . Это позволяет пользователям обсуждать или описывать свою гипотезу или другие известные факты, не являющиеся частью существующей базы данных, в вики-части каждого взаимодействия. Веб-сайт находится в свободном доступе по адресу http://severus.dbmi.pitt.edu/wiki-pi и доступен для просмотра во всех основных браузерах, в том числе на смартфонах и электронных книгах.

Данные и функциональность

Wiki-Pi — это веб-ресурс, который фокусируется на рассказе истории каждого взаимодействия в человеческом интерактоме.Представлены только бинарные биофизические взаимодействия. Каждое взаимодействие можно просмотреть на отдельной веб-странице (рис. 1). Механизм доступа к индивидуализированным страницам PPI осуществляется с помощью функции поиска, представленной на домашней странице (рис. 2), или с помощью поля поиска, расположенного удобно в верхней части любой страницы.

Источники данных

Бинарные биофизические взаимодействия человеческого интерактома были получены из HPRD и BioGRID. В настоящее время Wiki-Pi содержит 48 419 уникальных взаимодействий между 10 492 белками.Источники данных для аннотаций приведены в таблице 1. За исключением HPRD, все данные из баз автоматически обновляются ежемесячно. Вручную обновляются только данные из HPRD (отметим, что HPRD не обновляла свою базу данных с 13 апреля 2010 г.). Мы полагаемся на эти базы данных для создания курируемых PPI и не курируем их сами из других ресурсов. База данных взаимодействий и другие аннотации загружаются в MySQL.

Индивидуальная страница для каждого PPI

Веб-страница PPI состоит из двух разделов: автоматически сгенерированного раздела аннотации с подробными аннотациями, описывающего взаимодействие и его участвующие белки, и раздела вики , где пользователи могут обсуждать взаимодействие.Детали раздела аннотаций сверху вниз следующие (см. Рисунок 1).

Биомедицинские аннотации.

Вверху раздела дается ссылка на запись PubMed исходной публикации, сообщающей о взаимодействии; этот источник публикации получен от HPRD или BioGRID. После этого отображается количество статей, цитирующих эту публикацию; это количество получено из PubMed. Количество цитирований дано, чтобы дать представление о степени научного воздействия этого взаимодействия.Иногда исходная публикация цитируется больше из-за экспериментального метода, чем из-за самого взаимодействия, но это можно легко сделать, перейдя по ссылке PubMed на исходную публикацию. Затем показаны биологически и медицински значимые характеристики двух участвующих белков, если они доступны: идентификаторы и структура PDB, клеточный компонент генной онтологии, молекулярная функция и термины биологических процессов на уровне GO Slim, связанные пути из REACTOME, связанные заболевания из KEGG и связывающиеся с этим белком препараты из DrugBank [21].Эти аннотации предоставляют полезную информацию для анализа биологической функции данного взаимодействия. Кроме того, предоставляются ссылки на соответствующие страницы генов в других базах данных, а именно, ген Entrez [22], HPRD, Ensembl [23] и Uniprot.

Условия GO расширены среди взаимодействующих партнеров.

Уникальной особенностью этого веб-ресурса является то, что он предоставляет для каждого гена, участвующего во взаимодействии, список терминов биологического процесса Gene Ontology , статистически обогащенный среди взаимодействующих партнеров.Расширенные термины вычисляются с помощью плагина BiNGO в Cytoscape [24], [25]. Используется гипергеометрический статистический тест значимости с поправкой на коэффициент ложного обнаружения (FDR) по Бенджамини и Хохбергу при уровне значимости 0,05. Например, при расчете расширенных терминов для гена «а» (см. Рисунок 3) исследовательская группа состоит из взаимодействующих партнеров b ₁ , b ₂ ,…, b _n , а эталонный набор состоит из n генов, выбранных случайным образом из всего генома.Затем BiNGO собирает термины биологического процесса GO: b ₁ , b ₂ ,…, b _n . Для каждого из терминов в коллекции он вычисляет, действительно ли количество генов, связанных с этим термином, значительно больше среди взаимодействующих партнеров по сравнению с числом в случайном наборе. Методология подробно описана в оригинальной публикации BiNGO [24]. Для данного гена («a»), если среди взаимодействующих партнерских ассоциаций обнаруживается обогащение более чем 50 терминов, на веб-сайте отображаются только 50 лучших обогащенных терминов в порядке увеличения p-значения или уменьшения статистической значимости.Например, при просмотре аннотаций для взаимодействия между DISC1 и другим белком отображаются термины биологического процесса GO, которые значительно преобладают во взаимодействующих партнерах DISC1. Просмотр этих терминов поможет биологам определить любые новые ассоциации этого гена с конкретными биологическими процессами или заболеваниями. Эти термины особенно полезны, когда для белка известно много взаимодействий, но его функциональные характеристики неизвестны [26].

Рисунок 3.Принципиальная схема расчета обогащения терминов ГО.

Ген а взаимодействует с генами, -. Термины GO t _и каждого взаимодействующего партнера показаны справа. BiNGO вычисляет статистически обогащенные термины GO (функциональные категории, которыми обогащены гены, и обнаруживает, что статистически обогащенные термины GO: t ₂₀ , t ₃₀ и t ₁₂ . Подробнее см. Методы в [24]). расчета.

https://doi.org/10.1371 / journal.pone.0049029.g003

Облака тегов из рефератов.

Чтобы дать обзор тем, с которыми связан каждый из этих генов, представлены облаков тегов , которые построены из отрывков статей, связанных с каждым белком, как это предоставлено pubmed2ensembl [26]. Взаимодействие может быть более интересным, если оно соединяет два разных процесса вместе, тогда как оно может быть менее новым, если взаимодействие происходит между двумя белками, которые участвуют в одном и том же биологическом процессе.Следовательно, в дополнение к вышеупомянутым облакам тегов для каждого белка отображается другое облако тегов, состоящее из слов, которые связаны с одним белком, но не с другим. Облако тегов для данного гена рассчитывается следующим образом. Сначала идентификатор Ensembl данного гена отображается в PMID (идентификатор PubMed), как указано в данных pubmed2ensembl (http://www.pubmed2ensembl.org/). Получен реферат указанной публикации, и он рассматривается как документ, представляющий этот конкретный ген. Начиная со всех отрывков в виде корпуса, стоп-слова (такие как «for», «it», «the» и т. Д.) Удаляются, а основание выполняется для оставшихся слов.Вычисляется Tf-idf, который является мерой релевантности, используемой при поиске информации. tf обозначает частоту термина, а idf обозначает обратную частоту документа, а tf-idf дает значение термина для данного документа ([27]). Размер слова в облаке тегов соответствует значениям tf-idf для этого термина по отношению к документу.

Wiki для дальнейших аннотаций пользователей.

Второй раздел страницы взаимодействия — это вики, где пользователям предлагается делиться своими идеями и обсуждать прогнозы относительно значимости взаимодействия в биологическом процессе, заболевании или пути.Раздел вики может использоваться для краудсорсинга не только знаний , курирования , но и создания знаний о каждом взаимодействии.

Навигация по поиску

Пользователи перемещаются по Wiki-Pi в основном с помощью интерфейса поиска. Wiki-Pi позволяет выполнять полнотекстовый поиск, а также поиск по конкретным областям; он не требует от пользователей знания каких-либо форм языка запросов, таких как язык структурированных запросов (SQL).

Индексирование для поиска информации.

Индекс для поиска по произвольному тексту состоит из символов генов, названий генов, аннотаций GO, путей, лекарств и болезней (но не обогащенных терминов GO и отрывков). Стоп-слова удаляются, а определение корней выполняется для всего контента до индексации. Основа в контексте поиска информации — это процесс, с помощью которого такие слова, как «воспаление» и «воспалительный», сопоставляются с их основой «воспаление». Когда запрашивается слово, извлекаются все взаимодействия, аннотации которых (для любого гена) содержат это слово.Функциональность поиска создается с помощью поисковой системы с открытым исходным кодом Sphinx (http://sphinxsearch.com/).

Функция поиска.

Взаимодействия могут быть получены с помощью простого поиска, при котором любой проиндексированный контент отображается в поле поиска. Например, запрос может быть просто символом гена (например, AKT1) или любым термином, который появляется среди аннотаций гена (например, «кровь», «цитокин», «гемостаз»). Так как определение корней было выполнено для всех слов до индексации, поиск по запросу «воспаление» приведет к поиску взаимодействий, которые содержат не только слово воспаление , но и слово воспаление .Позволяя пользователям искать взаимодействия на основе таких полей, как GO-термины, пути, заболевания и лекарства, исследователи, не имеющие в виду конкретный белок, могут успешно извлекать интересующие их взаимодействия. Когда в простом поле поиска вводится несколько слов, извлекаются взаимодействия, содержащие все слова. Также предоставляется страница расширенного поиска для получения взаимодействий с более сложными запросами. Здесь пользователи могут создавать такие запросы, как «DISC1, но не иммунитет», «взаимодействия любого из этих белков: TLR1, TLR2,…», «гены, связанные с шизофренией, которые взаимодействуют с генами, связанными с иммунитетом» и так далее.Пример показан на рисунке 4, где запрос следующий: «взаимодействие, при котором один ген участвует в пути иммунитета, в то время как другой ген содержит термин« рак »в любом месте аннотации, но не слово« иммунитет »». Обратите внимание, что пользователи не вводят такие предложения на естественном языке, но будут вводить слова запроса в соответствующие поля на странице расширенного поиска. Расширенный поиск также позволяет пользователям ограничивать поиск любым из этих полей: болезнь, путь, лекарство, символ, имя гена, термины GO или идентификатор Entrez (например,грамм. «Заболевание: диабет», «путь: гемостаз» или «лекарство: дифлунисал»).

Отображение результатов поиска.

Результаты поиска представлены в табличной форме с отображением символов генов, названий, путей, болезней и лекарственных препаратов участвующих генов (рисунки 5 и 6). Строки сортируются по количеству атрибутов, связанных с генами. По каждому взаимодействию можно щелкнуть, чтобы просмотреть страницу подробных аннотаций взаимодействия (рисунок 1).

Результаты и обсуждение

Формулировка новых гипотез, уникально поддерживаемая Wiki-Pi

Уникальные функции, доступные в Wiki-Pi, позволяют решать научные запросы, которые иначе невозможно выполнить с помощью других инструментов.Без Wiki-Pi ученый-биомедик вынужден вручную обрабатывать информацию из нескольких источников без гарантии нахождения исходных доказательств, необходимых для кристаллизации новой гипотезы. Сравнение функциональности Wiki-Pi и других существующих баз данных PPI приведено в таблице 2. Обратите внимание, что Wiki-Pi — единственная база данных, которая позволяет пользователю выполнять поиск, задавая условия около и белков, участвующих в данном взаимодействии. . Введение жестких условий взаимодействия фактически сужает область поиска ИЦП; это очень важно, поскольку в существующих базах данных доступны десятки тысяч PPI.Эта способность неоценима при выдвижении гипотезы о недостаточно изученных функциях генов.

Wiki-Pi особенно полезен сегодня, так как несколько исследований ассоциации генома (GWAS) публикуются. Исследования GWAS не основаны на современных научных знаниях (т.е.они не имеют предвзятости, связанной с литературой), и часто предполагают, что гены с неизвестными в настоящее время биологическими функциями связаны с изучаемым заболеванием. Количество исследований GWAS быстро увеличилось за последние пару лет.На данный момент в 1309 публикациях представлены результаты GWAS по 674 признакам или заболеваниям (www.genome.gov/gwastudies [28], по состоянию на 17 июля 2012 г.). Хотя проводится обширная работа по идентификации общих генетических вариантов, которые влияют на различные заболевания или признаки через GWAS, роль этих генов и точный механизм их действия еще предстоит выяснить. Доступно очень мало информации о некоторых генах, идентифицированных GWAS, с точки зрения их молекулярной функции и биологического процесса.Wiki-Pi позволяет исследовать каждый из этих генов и предоставляет новые идеи, которые иначе не могут материализоваться, за исключением случаев, когда ученый знает все многочисленные задействованные специализированные области.

Возможная функция IGSF21 и вероятных медиаторов его ассоциации с диабетической ретинопатией.

Используя Wiki-Pi, мы проанализировали член суперсемейства 21 иммуноглобина (IGSF21), который был идентифицирован в ходе недавнего исследования GWAS как связанный с диабетической ретинопатией, когда новые кровеносные сосуды образуются в задней части глаза, вызывая кровотечение и нечеткость зрения [ 29].В настоящее время нет информации о IGSF21, за исключением белок-белковых взаимодействий, определенных в ходе высокопроизводительных экспериментов, и того, что это внеклеточный белок. Поиск на Wiki-Pi взаимодействий IGSF21, а затем просмотр списка терминов GO, обогащенных среди его взаимодействующих партнеров, показывает, что этот внеклеточный белок может участвовать в регулировании метаболических процессов, каталитической активности, а также в организации цитоскелета и реакции на внешние раздражители (см. Рисунок 7 и файл S1, сгенерированный путем вставки списка взаимодействующих партнеров IGSF21 в плагин Cytoscape BiNGO [24]).Хотя этот расширенный расчет термина показывает, что IGSF21 может участвовать в сигнальных механизмах в ответ на внешние стимулы, особенно в организации цитоскелета, он не раскрывает его связи с диабетической ретинопатией. Его связь конкретно с диабетической ретинопатией раскрывается далее с помощью функции расширенного поиска Wiki-Pi, которая может использоваться для поиска взаимодействий, когда один ген — IGSF21, а другой ген включает термин «кровь» в любой из своих аннотаций (http: //severus.dbmi.pitt.edu/wiki-pi/index.php/search/adv?a-all=symbol%3Aigsf21&b-all=blood). Этот запрос приводит к четырем взаимодействиям, а именно с (i) белком 1 теплового шока 27 кДа (HSPB1), (ii) v-Ki-ras2, гомологом вирусного онкогена саркомы крыс Кирстен (KRAS), (iii) тимозином бета 4 Х-сцепленным ( TMSB4X) и (iv) диацилглицеринкиназа дельта 130 кДа (DGKD). Аннотации этих четырех взаимодействующих партнеров на соответствующих страницах взаимодействия на Wiki-Pi показывают, что HSPB1 участвует в миграции эндотелиальных клеток кровеносных сосудов , а остальные три, а именно KRAS, TMSB4X и DGKD, все участвуют в свертывании крови .Кроме того, аннотации KRAS показывают, что он участвует в сигнальном пути рецептора инсулина (биологический процесс GO). Исследования этих генов вне Wiki-Pi (например, в PubMed) также показали, что (i) TMSB4X может играть роль в диабетической неоваскуляризации сетчатки в контексте пролиферативной диабетической ретинопатии [30], и что (ii) дефицит DGKD вызывает периферическую инсулинорезистентность и метаболическую негибкость [31]. Мы пришли к выводу, что IGSF21 может участвовать в передаче сигналов клеточного ответа на внешние стимулы, в частности, запускать организацию цитоскелета и регуляцию метаболической и каталитической активности, и что его связь с диабетической ретинопатией может быть опосредована через его взаимодействия с генами HSPB1, KRAS, TMSB4X и DGKD. которые участвуют в свертывании крови.

Рисунок 7. Статистически обогащенные термины биологического процесса Gene Ontology ИПП IGSF21.

Веб-сайт Wiki-Pi предоставляет только список, а не изображение расширенных терминов биологического процесса GO. Для пояснения, эта сетевая диаграмма была сгенерирована с помощью подключаемого модуля BiNGO Cytoscape [24] для терминов биологического процесса GO, с гипергеометрическим статистическим тестом значимости и поправкой Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR) на уровне значимости 0.05, вставив список взаимодействующих партнеров (символы генов) из Wiki-Pi. Статистическая значимость узла (термин GO) показана цветом, причем более темный цвет указывает на более высокую значимость. Изображение высокого разрешения с метками узлов доступно в виде файла S1.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0049029.g007

Выводы

Wiki-Pi предоставляет средства для эффективного поиска и изучения белок-белковых взаимодействий человека. Сами данные не курируются нами, но извлекаются из других широко используемых баз данных информации о человеческих белках (таблица 1).Wiki-Pi представляет эту информацию таким образом, чтобы биологи могли легко ее найти и усвоить. База данных актуальна еще и потому, что за последние несколько лет было завершено несколько полногеномных ассоциативных исследований, в результате которых были идентифицированы гены, связанные с конкретными заболеваниями или признаками. Биологическая роль многих из этих генов в настоящее время неизвестна или полностью не охарактеризована. Если какой-либо такой ген имеет известные PPI, биологическая роль гена может быть определена на основе функций его взаимодействующих партнеров.

Wiki-Pi способствует обнаружению молекулярных взаимосвязей, если таковые имеются, между кажущимися несвязанными биологическими процессами, которые управляют человеческим телом: например, психологический стресс и воспаление [32], [33], [34], [35], [36], [37], [38] или шизофрения и иммунитет [32], [39], [40], [41] ]; хотя предполагается, что эти процессы связаны между собой, молекулярные пути, связывающие эти процессы, недостаточно изучены. Wiki-Pi позволяет искать взаимодействия, связывающие эти процессы.

Биологи обычно делают выводы, собирая информацию о белках, формулируют гипотезы и проводят эксперименты для их проверки; Wiki-Pi значительно упрощает усвоение такой информации, предоставляя все или большую часть необходимых аннотаций под рукой. Wiki-Pi дополняет традиционные базы данных, продвигая исследования в области молекулярной биологии и биомедицинской информатики белков человека. Будущие разработки включают интеграцию дополнительных источников данных (как взаимодействий, так и аннотаций) и добавление отслеживания авторства для вики.

Вспомогательная информация

Файл S1.

Статистически обогащенные термины биологического процесса генетической онтологии ИПП IGSF21. Этот рисунок создан аналогично рисунку 6, но показаны метки узлов и изображение с высоким разрешением. Статистическая значимость узла (термин GO) показана цветом, причем более темный цвет указывает на более высокую значимость.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0049029.s001

(PDF)

Благодарности

MG благодарит Роберта Свита и Саумендру Саркара за ценные обсуждения во время разработки веб-сайта.Авторы благодарят Адама Хандена (студента Рочестерского технологического института) за создание основных компонентов серверной базы данных и Эмили Кокко (старшеклассницу) за изучение удобства использования веб-сайта.

Вклад авторов

Задумал и спроектировал эксперименты: MG. Проанализированы данные: NO MG. Написал бумагу: MG NO. Разработанное программное обеспечение: НЕТ.

Ссылки

1. 1. Apweiler R, Bairoch A, Wu CH, Barker WC, Boeckmann B, et al.(2004) UniProt: база знаний Universal Protein. Nucleic Acids Res 32: D115–119.
2. 2. Prasad TS, Kandasamy K, Pandey A (2009) Справочная база данных по белкам человека и Human Proteinpedia как инструменты открытия для системной биологии. Методы Мол Биол 577: 67–79.
3. 3. Ребхан М., Чалифа-Каспи В., Прилуски Дж., Ланцет Д. (1998) GeneCards: новый справочник по функциональной геномике с автоматическим анализом данных и поддержкой переформулирования запросов. Биоинформатика 14: 656–664.
4. 4. Эшбернер М., Болл К.А., Блейк Дж. А., Ботштейн Д., Батлер Н. и др. (2000) Генная онтология: инструмент для объединения биологии. Консорциум генных онтологий. Нат Генет 25: 25–29.
5. 5. Kanehisa M, Goto S (2000) KEGG: Киотская энциклопедия генов и геномов. Nucleic Acids Res 28: 27–30.
6. 6. Берман Х.М., Вестбрук Дж., Фенг З., Гиллиланд Дж., Бхат Т.Н. и др. (2000) Банк данных о белках. Nucleic Acids Res 28: 235–242.
7. 7. Hamosh A, Scott AF, Amberger JS, Bocchini CA, McKusick VA (2005) Менделирующее наследование в Интернете в человеке (OMIM), база знаний о генах человека и генетических нарушениях.Nucleic Acids Res 33: D514–517.
8. 8. Vastrik I, D’Eustachio P, Schmidt E, Gopinath G, Croft D, et al. (2007) Reactome: база знаний о биологических путях и процессах. Геном Биол 8: R39.
9. 9. Старк С., Брайткройц Б.Дж., Регули Т., Буше Л., Брайткройц А. и др. (2006) BioGRID: общий репозиторий для наборов данных взаимодействия. Nucleic Acids Res 34: D535–539.
10. 10. фон Меринг С., Йенсен Л.Дж., Снел Б., Хупер С.Д., Крупп М. и др. (2005) STRING: известные и предсказанные белковые ассоциации, интегрированные и передаваемые между организмами.Nucleic Acids Res 33: D433–437.
11. 11. Xenarios I, Salwinski L, Duan XJ, Higney P, Kim SM, et al. (2002) DIP, База данных взаимодействующих белков: исследовательский инструмент для изучения клеточных сетей взаимодействия белков. Nucleic Acids Res 30: 303–305.
12. 12. Chatr-aryamontri A, Ceol A, Palazzi LM, Nardelli G, Schneider MV и др. (2007) MINT: база данных Molecular INTeraction. Нуклеиновые кислоты Res 35: D572–574.
13. 13. Корб М., Руст А.Г., Торссон В., Баттейл С., Ли Б. и др.(2008) База данных врожденного иммунитета (IIDB). BMC Immunol 9: 7.
14. 14. Hermjakob H, Montecchi-Palazzi L, Lewington C, Mudali S, Kerrien S и др. (2004) IntAct: база данных молекулярных взаимодействий с открытым исходным кодом. Nucleic Acids Res 32: D452–455.
15. 15. Hoffmann R (2008) Wiki для наук о жизни, где авторство имеет значение. Нат Генет 40: 1047–1051.
16. 16. Харрисон П.Дж., Вайнбергер Д.Р. (2005) Гены шизофрении, экспрессия генов и невропатология: по вопросу об их конвергенции.Мол Психиатрия 10: 40–68; изображение 45.
17. 17. Миллар Дж. К., Кристи С., Андерсон С., Лоусон Д., Сяо-Вей Ло Д. и др. (2001) Геномная структура и локализация в горячей точке сцепления Disrupted In Schizophrenia 1, гена, нарушенного транслокацией, расщепляющейся с шизофренией. Мол Психиатрия 6: 173–178.
18. 18. Камарго Л. М., Коллура В., Рейн Дж. К., Мизугучи К., Хермякоб Х. и др. (2007) Disrupted in Schizophrenia 1 Interactome: доказательства тесной связи генов риска и потенциальной синаптической основы для шизофрении.Мол Психиатрия 12: 74–86.
19. 19. Ван Кью, Яаро-Пелед Х, Сава А., Брэндон Нью-Джерси (2008) Как DISC1 способствовал открытию лекарств? Mol Cell Neurosci 37: 187–195.
20. 20. Камарго Л.М., Ван К., Брэндон Н.Дж. (2008). Чему мы можем научиться из нарушенного интерактома при шизофрении 1: уроки по идентификации цели и биологии болезни? Novartis Found Symp 289: 208–216; обсуждение 216–221, 238–240.
21. 21. Wishart DS, Knox C, Guo AC, Cheng D, Shrivastava S и др.(2008) DrugBank: база знаний о наркотиках, действиях с наркотиками и мишенях для наркотиков. Nucleic Acids Res 36: D901–906.
22. 22. Maglott D, Ostell J, Pruitt KD, Tatusova T (2011) Entrez Gene: ген-центрированная информация в NCBI. Нуклеиновые кислоты Res 39: D52–57.
23. 23. Хаббард Т., Баркер Д., Бирни Э., Камерон Дж., Чен И. и др. (2002) Проект базы данных генома Ensembl. Nucleic Acids Res 30: 38–41.
24. 24. Maere S, Heymans K, Kuiper M (2005) BiNGO: плагин Cytoscape для оценки чрезмерной представленности категорий генной онтологии в биологических сетях.Биоинформатика 21: 3448–3449.
25. 25. Шеннон П., Маркиэль А., Озьер О., Балига Н.С., Ван Дж. Т. и др. (2003) Cytoscape: программная среда для интегрированных моделей сетей биомолекулярного взаимодействия. Genome Res 13: 2498–2504.
26. 26. Баран Дж, Гернер М., Хаусслер М., Ненадич Г., Бергман С.М. (2011) pubmed2ensembl: Ресурс для изучения биологической литературы по генам. PLoS One 6: e24716.
27. 27. Manning CD, Raghavan P, Schütze H (2008) Введение в поиск информации.Нью-Йорк: Издательство Кембриджского университета. xxi, 482 п.
28. 28. Hindorff LA, Sethupathy P, Junkins HA, Ramos EM, Mehta JP, et al. (2009) Возможные этиологические и функциональные последствия полногеномных ассоциативных локусов для болезней и признаков человека. Proc Natl Acad Sci U S A 106: 9362–9367.
29. 29. Грасси М.А., Тихомиров А., Рамалингам С., Бед Дж. Э., Кокс Н. Дж. И др. (2011) Полногеномный метаанализ тяжелой диабетической ретинопатии. Hum Mol Genet 20: 2472–2481.
30. 30.Wang JY, Lu Q, Tao Y, Jiang YR, Jonas JB (2011) Внутриглазная экспрессия тимозина бета4 при пролиферативной диабетической ретинопатии. Acta Ophthalmol 89: e396–403.
31. 31. Чибалин А.В., Ленг Й., Виейра Э., Крук А., Бьорнхольм М. и др. (2008) Подавление дельта диацилглицерин киназы способствует развитию инсулинорезистентности, индуцированной гипергликемией. Ячейка 132: 375–386.
32. 32. Арион Д., Унгер Т., Льюис Д.А., Левитт П., Мирникс К. (2007) Молекулярные доказательства повышенной экспрессии генов, связанных с иммунной и шаперонной функцией в префронтальной коре при шизофрении.Биологическая психиатрия 62: 711–721.
33. 33. Jia P, Wang L, Meltzer HY, Zhao Z (2010) Общие варианты, связанные с риском шизофрении: анализ путей данных GWAS. Schizophr Res 122: 38–42.
34. 34. Esch T, Stefano GB, Fricchione GL, Benson H (2002) Роль стресса в нейродегенеративных заболеваниях и психических расстройствах. Neuro Endocrinol Lett 23: 199–208.
35. 35. Голд С.М., Ирвин М.Р. (2009) Депрессия и иммунитет: воспаление и депрессивные симптомы при рассеянном склерозе.Immunol Allergy Clin North Am 29: 309–320.
36. 36. Леонард Б.Е., Мьинт А (2009) Психонейроиммунология депрессии. Hum Psychopharmacol 24: 165–175.
37. 37. Lutgendorf SK (2009) Положительный эффект и воспаление, вызванное облучением: понимание регуляции воспалительного процесса? Иммунное поведение мозга 23: 1066–1067.
38. 38. Скиннер Р., Джорджиу Р., Торнтон П., Ротвелл Н. (2009) Психонейроиммунология инсульта. Immunol Allergy Clin North Am 29: 359–379.
39. 39. Brown AS, Derkits EJ (2010) Пренатальная инфекция и шизофрения: обзор эпидемиологических и трансляционных исследований. Am J Psychiatry 167: 261–280.
40. 40. Jabocs K (2006) Шизофрения и иммунная система. Harvard Science Review Spring 2006: 46–48.
41. 41. Crack PJ, Bray PJ (2007) Толл-подобные рецепторы в головном мозге и их потенциальная роль в невропатологии. Immunol Cell Biol 85: 476–480.

Wiki слюнных белков может изменить диагностическое тестирование

Чтобы улучшить разработку новых диагностических тестов на основе слюны и персонализированной медицины, Национальный институт стоматологических и черепно-лицевых исследований (NIDCR) поддержал разработку вики-сайта Human Salivary Proteome Wiki, первой общедоступной платформы, которая каталогизирует и хранит данные по каждому из тысячи белков в человеческой слюне.

Подробно в статье, опубликованной во вторник, 25 мая 2021 г., в Journal of Dental Research, вики предоставляет исследователям и клиницистам богатые, объективные данные из многочисленных независимых исследований, которые помогают изучить динамическую и сложную природу слюны, а также аналитические инструменты для поиска данных по типу ткани, заболеванию и т. д.

«Эта основанная на сообществе база данных и знаний проложит путь к использованию всего потенциала протеома слюны для диагностики, прогнозирования рисков и терапии стоматологических и системных заболеваний, а также повысит готовность к будущим возникающим заболеваниям и пандемиям», — говорит Стефан. Рул, доктор медицинских наук, доктор философии, ведущий исследователь исследования, куратор вики-сайта по протеому слюны человека и профессор биологии полости рта в Университете Школы стоматологической медицины Буффало.

Передовая защита от болезней

Слюна облегчает пищеварение, вкус, глотание и речь, а также служит первой линией защиты от патогенов во рту, защищая организм от вредных микробов. Роль слюны в иммунных реакциях, а также легкость, с которой ее можно получить в виде образца жидкости, делают ее желательным инструментом в точной медицине и неинвазивной диагностике. Во время пандемии COVID-19 его широко использовали для обнаружения вируса и отслеживания иммунного ответа организма.

Однако проблемой при исследовании слюны является высокий уровень вариабельности тысяч белков слюны. Следовательно, необходимо установить нормальные диапазоны для состава слюны, чтобы определить состояние здоровья, говорит Рул, который в 2020 году стал соавтором исследования о том, как образуется слюна, точно определив происхождение белков в слюне человека до их источников.

«Слюна стала привлекательной жидкостью организма для локального, удаленного и в режиме реального времени мониторинга состояния полости рта и общего состояния здоровья.Научному сообществу нужна информационная платформа, ориентированная на слюну, которая идет в ногу с быстрым накоплением новых данных и знаний », — говорит Уильям Лау, доктор философии Национального института здоровья (NIH) и первый автор исследования.

«Вики-сайт Human Salivary Proteome Wiki улучшит науку о слюне, диагностику на основе слюны, точную медицину и стоматологию и, в конечном итоге, упростит индивидуальное лечение как стоматологических, так и системных заболеваний», — говорит Прити Чандер, доктор философии, программный директор NIDCR Salivary Biology and Immunology. Программа.

 # Расширьте "объект" вокруг его "выделения", отсекая Ангстремы и
# к новым объектам добавляйте префикс '' prefix ''.префикс symexp, объект, выделение, отсечка [, сеги]
 

 symexp name_for_new_objects, asymmetric_name, (asymmetric_name), distance
 

 получить 1ГВФ
 

 <префикс> AAXXYYZZ